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2009 年度 実績報告書

天然変性蛋白質の動的構造解析

計画研究

研究領域天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
研究課題/領域番号 21113003
研究機関横浜市立大学

研究代表者

明石 知子  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (10280728)

研究分担者 水口 峰之  富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 教授 (30332662)
菅瀬 謙治  サントリー生物有機科学研究所, 主任研究員 (00300822)
西村 善文  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (70107390)
キーワード蛋白質 / 生体分子 / NMR / 質量分析 / 天然変性
研究概要

ヒストンタンパク質、転写因子、スプライシング関連因子の動的構造をNMRやMSを用いて解析した。
・ ヒストンH2A/H2BおよびH2Aについてシトルリン化を行い、修飾によりもたらされる安定性や動的構造の変化、および修飾されたArg部位の同定についてMSで解析した。またイオンモビリティ質量分析装置を導入し、ヒストンタンパク質をはじめとする天然変性タンパク質の測定条件の検討を行った。
・ PQBP-1のC末端43残基からなるフラグメント(PQBP-1-CT43)を用いて、Q241C変異体とQ264C変異体の発現・精製を行い、それぞれに常磁性標識試薬であるMTSLを導入した。PQBP-1-CT43と^<15>NラベルしたU5-15kDとの結合をNMRによって検出したところ、PQBP-1はU5-15kDの分子表面にある疎水性領域に局在していることがわかった。
・ これまでの天然変性蛋白質の動的構造解析で実績のある緩和分散を簡便に解析できるプログラムを完成させた。またNMRによる天然変性蛋白質の解析では、シグナルの重なりが問題となるが、緩和分散を示す(揺らいでいる)残基のシグナルだけを残して測定する新しい手法の開発に着手し、予備実験では上手く測定が出来ることを確認した。
・ ヒストンの大腸菌発現系を用いてヒストンH2Aを13Cと15Nでラベルし非ラベルのH2Bとの複合体を調製しNMRの測定をおこなった。H2AのN末のフレキシブルアームのNMRによる解析を行った。基本転写因子のTFIIEとTFIIHの相互作用に関してはTFIIEのαサブユニットのC末酸性ドメインとTFIIHのp62サブユニットが複合体構造に基づいて動的構造の解析を開始した。

  • 研究成果

    (37件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (31件)

  • [雑誌論文] The structure of the N-tenninal regulatory domain of a plant NADPH oxidase and its functional implications2010

    • 著者名/発表者名
      Oda, T., Hashimoto, H., Kuwabara, N., Akashi, S., Hayashi, K., Kojima, C., Wong, H.L., Kawasaki, T., Shimamoto, K., Sato, M., ^*Shimizu, T.
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 285

      ページ: 1435-1445

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Self-Assembled Protein Nanotube with High Aspect Ratio.2009

    • 著者名/発表者名
      Miranda, F.F., Iwasaki, K., Akashi, S., Sumitomo, K., Kobayashi, M., Yamashita, I., ^*Tame, J.R., ^*Heddle, J.G.
    • 雑誌名

      Small 5

      ページ: 2077-2084

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of human REV7 in complex with a REV3 fragment2009

    • 著者名/発表者名
      Hara, K., Shimizu, T., Unzai, S., Akashi, S., Sato, M., ^*Hashimoto, H.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. F65

      ページ: 1302-1305

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polyglutamine tract binding protein-1 is an intrinsically unstructured protein.2009

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, M., Mizuguchi, M., et al.
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta 1794

      ページ: 936-943

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Calcitonin in a protochordate, Ciona intestinalis--the prototype of the vertebrate calcitonin/calcitonin gene-related peptide superfamily.2009

    • 著者名/発表者名
      Sekiguchi T, Suzuki N, Fujiwara N, Aoyama M, Kawada T, Sugase K, Murata Y, Sasayama Y, Ogasawara M, Satake H
    • 雑誌名

      FEBS J. 276

      ページ: 4437-4447

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 巨大タンパク質の質量分析2009

    • 著者名/発表者名
      明石知子
    • 雑誌名

      ぶんせき

      ページ: 422-427

  • [学会発表] NMR Experiments on Drug Candidates for the Sin3 Corepressor Bound to the Neural Repressor2010

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      PepCon2010
    • 発表場所
      北京(中国)
    • 年月日
      20100320-20100323
  • [学会発表] 転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2010

    • 著者名/発表者名
      長土居有隆、奥田昌彦、明石知子、西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
    • 発表場所
      新神戸(兵庫県)
    • 年月日
      20100316-20100317
  • [学会発表] 基本転写因子TFIIEとそれと相互作用するタンパク質群の機能解析2010

    • 著者名/発表者名
      田中亜紀、水田翔子、奥田昌彦、西村善文、大熊芳明
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
    • 発表場所
      新神戸(兵庫県)
    • 年月日
      20100316-20100317
  • [学会発表] クロマチン上での基本転写因子、転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2010

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
    • 発表場所
      新神戸(兵庫県)
    • 年月日
      20100316-20100317
  • [学会発表] 転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2010

    • 著者名/発表者名
      長土居有隆、奥田昌彦、明石知子、西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム研究交流会
    • 発表場所
      東京国際フォーラム(東京都)
    • 年月日
      2010-03-05
  • [学会発表] 基本転写因子TFIIEとそれと相互作用するタンパク質群の機能解析2010

    • 著者名/発表者名
      田中亜紀、水田翔子、奥田昌彦、西村善文、大熊芳明
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム研究交流会
    • 発表場所
      東京国際フォーラム(東京都)
    • 年月日
      2010-03-05
  • [学会発表] 動きの面から見た核内タンパク質の機能2010

    • 著者名/発表者名
      菅瀬謙治
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム第3回研究交流会
    • 発表場所
      東京大学(東京)
    • 年月日
      2010-03-04
  • [学会発表] 転写関連因子の天然変性状態2010

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム研究交流会
    • 発表場所
      東京大学山上会館(東京都)
    • 年月日
      2010-03-04
  • [学会発表] 天然変性タンパク質の構造解析-質量分析によるアプローチ2010

    • 著者名/発表者名
      明石知子
    • 学会等名
      新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第1回公開シンポジウム
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2010-01-19
  • [学会発表] 天然変性タンパク質による転写調節機構(ワークショップテーマ)2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会(MBSJ)
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      20091209-20091212
  • [学会発表] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      森脇義仁、佐藤昌彦、長土居有隆、西村善文
    • 学会等名
      平成21年度 日本分光学会年次講演会
    • 発表場所
      東京工業大学百年記念館(東京都)
    • 年月日
      20091116-20091118
  • [学会発表] ヒストンアセチルトランスフェラーゼEsalのクロモドメインの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      下條秀朗, 佐野徳彦, 森脇義仁, 奥田昌彦, 堀越正美, 西村善文
    • 学会等名
      平成21年度 日本分光学会年次講演会
    • 発表場所
      東京工業大学百年記念館(東京都)
    • 年月日
      20091116-20091118
  • [学会発表] ヒト基本転写因子TFIIE alhpa酸性ドメインの動的構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      小松正史, 奥田昌彦, 長土居有隆, 菅瀬謙治, 西村善文
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡県)
    • 年月日
      20091110-20091112
  • [学会発表] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      森脇義仁、佐藤昌彦、長土居有隆、西村善文
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡県)
    • 年月日
      20091110-20091112
  • [学会発表] ヒストンアセチルトランスフェラーゼEsalのクロモドメインの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      下條秀朗, 佐野徳彦, 森脇義仁, 奥田昌彦, 堀越正美, 西村善文
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡県)
    • 年月日
      20091110-20091112
  • [学会発表] Intrinsically Disordered Transcription-related Proteins2009

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Okuda, Aritaka Nagadoi, Masashi Komatsu, Yoshifumi Nishimura
    • 学会等名
      第3回アジア-太平洋NMRシンポジウム(APNMR)
    • 発表場所
      Ramada Plaza Jeju Hotel(韓国)
    • 年月日
      20091025-20091028
  • [学会発表] 天然変性転写関連タンパク質2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      森脇義仁、佐藤昌彦、長土居有隆、西村善文
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] ヒストンアセチルトランスフェラーゼEsa1のクロモドメインの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      下條秀朗, 佐野徳彦, 森脇義仁, 奥田昌彦, 堀越正美, 西村善文
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] クロマチン上での基本転写因子、転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク全体交流会
    • 発表場所
      ウエスティン都ホテル京都(京都府)
    • 年月日
      20090831-20090901
  • [学会発表] 核内天然変性タンパク質の分子認識機構2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
    • 年月日
      20090520-20090522
  • [学会発表] 生命のメカニズムに迫るESI-MS-X線結晶構造解析とのcollaborationで見えてくる生体超分子の構造-2009

    • 著者名/発表者名
      明石知子
    • 学会等名
      第57回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      大阪国際交流センター(大阪府)
    • 年月日
      20090513-20090515
  • [学会発表] 核内タンパク質の構造的柔軟性と機能発現2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第36回構造生物応用研究会
    • 発表場所
      御殿場高原ホテル(静岡県)
    • 年月日
      20090403-20090404
  • [学会発表] 天然変性状態と機能の相関2009

    • 著者名/発表者名
      菅瀬謙治
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] NMR Studies on Nuclear Proteins2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      よこはまNMR構造生物学研究会 第39回ワークショップ「RNAの構造生物学」
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2009-11-12
  • [学会発表] Elucidation of protein-protein interactions by relaxation NMR spectroscopy2009

    • 著者名/発表者名
      菅瀬謙治
    • 学会等名
      The 3rd APNMR Biannual Asia-Pacific NMR Symposium
    • 発表場所
      Ramada hotel (Jeju, Korea)
    • 年月日
      2009-10-27
  • [学会発表] シトルリン化によるヒストンH2A/HBの構造変化2009

    • 著者名/発表者名
      下山真吾、長土居有隆、立和名博昭、山田道之、佐藤衛、胡桃坂仁志、西村善文、明石知子
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      2009-10-21
  • [学会発表] 天然変性タンパク質の構造と機能の最前線2009

    • 著者名/発表者名
      菅瀬謙治
    • 学会等名
      第49回 生命科学 夏の学校
    • 発表場所
      神戸セミナーハウス(三田)
    • 年月日
      2009-08-30
  • [学会発表] 天然変性タンパク質と結合化合物のスクリーニング2009

    • 著者名/発表者名
      西村義文
    • 学会等名
      サントリー生有研フォーラム
    • 発表場所
      大阪府
    • 年月日
      2009-08-20
  • [学会発表] ヒストンアセチル化酵素Esa1のRNA認識2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      よこはまNMR構造生物学研究会 第37回ワークショップ「RNAの構造生物学」
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2009-07-24
  • [学会発表] 遺伝子のスイッチに働くタンパク質2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      サタデーサイエンス~高校生のための「生命科学シンポジウム」
    • 発表場所
      横浜サイエンスフロンティア高校(神奈川県)
    • 年月日
      2009-05-16

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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