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2013 年度 研究成果報告書

タンパク質天然変性状態の情報基盤の確立と展開

計画研究

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研究領域天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
研究課題/領域番号 21113007
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関名古屋大学

研究代表者

太田 元規  名古屋大学, 情報科学研究科, 教授 (40290895)

研究分担者 福地 佐斗志  前橋工科大学, 工学部, 准教授 (70360336)
廣明 秀一  名古屋大学, 創薬科学研究科, 教授 (10336589)
研究期間 (年度) 2009-07-23 – 2014-03-31
キーワードデータベース / バイオインフォマティクス / 構造・機能予測 / 変性とフォールディング
研究概要

生理的条件下であっても孤立状態では立体構造を保持しないタンパク質があり,それらは天然変性タンパク質と呼ばれている.天然変性タンパク質は90年代に着目されだしたため情報は豊富とは言えないが,転写活性やシグナル伝達など重要な高次機能に関連している.そこで,これらについて,質・量ともに充実したデータベースを作成することで研究基盤の確立を図った.UniProtとPDBのデータを出発点とし,アノテーションの仕組みやツールを整えながら,人の手を介したデータ収集を実施し,IDEALデータベースを構築,公開した.天然変性領域に含まれる機能部位をProtean segmentとして積極的に登録した.

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2014 2013 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (6件) 図書 (1件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners2014

    • 著者名/発表者名
      S.Fukuchi, H.Hiroaki, M.Ota, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 42巻 ページ: D320-D325

    • DOI

      10.1093/nar/gkt1010

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures2013

    • 著者名/発表者名
      M.Ota, H.Hiroaki, S.Fukuchi, et al.
    • 雑誌名

      J. Struct. Biol.

      巻: 181巻 ページ: 29-36

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2012.10.017

    • 査読あり
  • [雑誌論文] IDEAL : intrinsically disordered proteins with extensive annotations and literature2012

    • 著者名/発表者名
      S.Fukuchi.H.Hiroaki, M.Ota, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 40巻 ページ: D507-D511

    • DOI

      10.1093/nar/gkr884

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Actin capping protein and its inhibitor CARMIL : how intrinsically disordered regions function2011

    • 著者名/発表者名
      S.Takeda, M.Ota, et al.S.Takeda, M.Ota, et al.
    • 雑誌名

      Phys. Biol.

      巻: 8巻 ページ: 035005

    • DOI

      10.1088/1478-3975/8/3/035005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Binary classification of protein molecules into intrinsically disordered and ordered segments2011

    • 著者名/発表者名
      S.Fukuchi, et al.
    • 雑誌名

      BMC Structural Biology.

      巻: 11巻 ページ: 29

    • DOI

      10.1186/1472-6807-11-29

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Simplified Recipe for Assigning Amide NMR Signals Using Combinatorial 14N Amino Acid Inverse-Labeling2011

    • 著者名/発表者名
      H.Hiroaki, et al.
    • 雑誌名

      J Structural Functional Genomics.

      巻: 12巻 ページ: 167-174

    • DOI

      10.1007/s10969-011-9116-0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The GTOP database in 2009 : updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions2009

    • 著者名/発表者名
      S.Fukuchi, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 37巻 ページ: D333-337

    • DOI

      10.1093/nar/gkn855

    • 査読あり
  • [学会発表] 天然変性タンパク質データベースIDEAL の機能拡張 ―PPI ネットワーク2013

    • 著者名/発表者名
      T.Amemiya, H.Hiroaki, M.Ota & S.Fukuchi, et al.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-10-28
  • [学会発表] Structural analysis of protean segments (ProSs) in intrinsically disordered proteins (IDPs)2013

    • 著者名/発表者名
      D.Shaji, T.Amemiya, S.Fukuchi & M.Ota
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      鳥取
    • 年月日
      2013-06-12
  • [学会発表] The IDEAL database, Intrinsically disordered proteins with extensive annotations and literature2012

    • 著者名/発表者名
      S.Fukuchi, H.Hiroaki, M.Ota, et al.
    • 学会等名
      The Gordon Research Conference of Intrinsically Disordered Proteins
    • 発表場所
      Mount Snow Resort (USA)
    • 年月日
      2012-07-10
  • [学会発表] Actin capping protein and its inhibitor CARMIL : how intrinsically disordered regions function2012

    • 著者名/発表者名
      M.Ota, et al.
    • 学会等名
      The Gordon Research Conference of Intrinsically Disordered Proteins
    • 発表場所
      Mount Snow Resort (USA)
    • 年月日
      2012-07-10
  • [学会発表] DICHOT -An Automatic Annotation System for Folding and Unfolding Regions of Proteins2010

    • 著者名/発表者名
      S. Fukuchi
    • 学会等名
      Biocuration 2010
    • 発表場所
      お台場
    • 年月日
      2010-10-11
  • [学会発表] RESAT-vector を用いた天然変性タンハク質配列の網羅的検証系の確立2010

    • 著者名/発表者名
      合田(天野)名都子,太田元規,廣明秀一, 他
    • 学会等名
      第10回蛋白質科学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-16
  • [図書] タンパク質の立体構造入門 (藤博幸編)2010

    • 著者名/発表者名
      太田元規,廣明秀一, 他
    • 総ページ数
      182
    • 出版者
      講談社
  • [備考] IDEAL

    • URL

      http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/

  • [産業財産権] タンパク質凍結保存用保護剤2014

    • 発明者名
      廣明秀一,太田元規,福地佐斗志, 他
    • 権利者名
      廣明秀一,太田元規,福地佐斗志, 他
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2014-033169
    • 出願年月日
      2014-02-24

URL: 

公開日: 2015-06-25  

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