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2011 年度 実績報告書

準安定的に形成される受容体・リガンド複合体間の相互作用解析

計画研究

研究領域過渡的複合体が関わる生命現象の統合的理解-生理的準安定状態を捉える新技術-
研究課題/領域番号 21121002
研究機関東京大学

研究代表者

嶋田 一夫  東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (70196476)

研究分担者 甲斐荘 正恒  首都大学東京, 戦略研究センター, 特任教授 (20137029)
キーワード構造生物学 / 核磁気共鳴法 / 相互作用 / 過渡的複合体 / 転移交差飽和法
研究概要

ユビキチンと酵母ユビキチン加水分解酵素(YUH)が形成する過渡的複合体を、常磁性緩和増大(PRE)を利用したNMR解析により高感度で検出するために、スピンラベルの導入部位を検討した。12種類の部位に対して修飾反応を行い、修飾率と観測されるPREの大きさを調べた。その結果、これまでに確立していたT40に加えて、E43,E220へのスピンラベルの導入およびPREの観測に成功した。これにより、検出されるPREの数が約3倍に増大しただけでなく、過渡的複合体では、ユビキチンのG10近傍、A46近傍、C末端のいずれもT40,E43,E220に近接しており、両者が様々な向きを向いているという結合様式が新たに明らかになった。
さらに、導入する常磁性金属の種類を検討した結果、従来のガドリニウムイオンだけでなく、マンガン、鉄、バナジルイオンでのPREの検出に成功した。いずれの金属でも、ガドリニウムイオンより約2倍大きいPREが観測された。さらに、観測されたPREの大きさと運動性がない時に各金属が誘起するPRE大きさをプロットすることで、最終的に形成される複合体と過渡的複合体では結合・解離の交換速度が異なり、それぞれ約50s^<-1>,1,000s^<-1>以上であることが新たに明らかとなった。
このような過渡的複合体をユビキチンが迅速に形成することは、YUHだけでなく多様な蛋白質とconformational selectionのメカニズムでの複合体形成を迅速に行う上で重要であると考えた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していた、ケモカインとその受容体の相互作用解析、細胞接着因子との相互作用解析および光合成膜タンパク質に関し、それぞれ過渡的複合体の検出に成功したため。

今後の研究の推進方策

推進上の大きな問題点はないが、新学術領域の最終年度に近づいてきたので、一層の研究の加速を目指す。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (11件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] An NMR method to study prolein-protcin interaction2012

    • 著者名/発表者名
      Noritaka Nishida, Ichio Shimadn
    • 雑誌名

      Methods Mol. Biol.

      巻: 757 ページ: 129-37

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolopic labeling of heterologous proteins in the yeast Pichia pastoris and Kluyvcromyccs lactis2012

    • 著者名/発表者名
      Toshihiko Sugiki, Osamu Ichikawa, Mayumi Miyazawa,-Onami, Ichio Shimada, Hideo Takaliashi
    • 雑誌名

      Methods Mol. Biol. (2012) 831, 19-36.,

      巻: 831 ページ: 19-36

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rapid Identification of Protein-Protein Interfaces and Construction of Complex Model Based on Multiple Unassigned Signals By Using Time-sharing NMR Measurement2011

    • 著者名/発表者名
      Yuya Kodama, Michael L, Reese, Nobuhisa Shimba, Volker Dotsch, Ei-ichiro Suzuki, Ichio Shimada, Hideo Takahashi
    • 雑誌名

      J. Struct. Biol.

      巻: 174 ページ: 434-42

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Affinity transfer to human protein by CDR3 grafting of camelid VHH2011

    • 著者名/発表者名
      Hidetoshi Inoue, Akiko Ilhara, Hideo Takahashi, Ichio Shimada, Isao Ishidal, Yoshitake Maeda
    • 雑誌名

      Protein Sci.

      巻: 20 ページ: 1971-81

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein-ligand docking guided by ligand pharmacophore-mapping experiment by NMR2011

    • 著者名/発表者名
      Yoshifumi Fukunishi, Yumiko Mizukoshi, Koh Takeuchi, Ichio Shimada, Hideo Takahashi, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      J. Mol. Graph. Model.

      巻: 31 ページ: 20-7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Accurate Pharmacophore Mapping Method by NMR2011

    • 著者名/発表者名
      Yumiko Mizukoshi, Aya Abe, Takeshi Takizawa, Hiroyuki Hanzawa, Yoshifumi Fukunishi, Ichio Shimada, Hideo Taknhashi
    • 雑誌名

      Angew. Chem. In Ed Engl. (2011)

      巻: (in press)

    • 査読あり
  • [学会発表] A novel in-cell NMR technique to determine the binding interface of functional protein complexes in mammalian cells2012

    • 著者名/発表者名
      久保智史*、荻野新治、宇田川侑子*、宝田理#、西田紀貴、嶋田一夫
    • 学会等名
      第132回日本薬学会 年会 日本薬学会
    • 発表場所
      北海逆大学(札幌)
    • 年月日
      2012-03-30
  • [学会発表] The effect of tensile force on CD44 mediated cell rolling2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木隆*、鈴木美穂#、西田紀貴、嶋田一夫
    • 学会等名
      第132回日本薬学会 年会 日本薬学会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2012-03-30
  • [学会発表] Elucidation of regulatory mechanism for arrestin activation by G-protein coupled receptor (ポスター)2012

    • 著者名/発表者名
      白石勇太郎*, 幸福裕, 奥出順也*, 吉浦知絵, 阿内康平*, 上田卓見, 嶋田一夫
    • 学会等名
      第132回日本薬学会 年会 日本薬学会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2012-03-30
  • [学会発表] Elucidation of the mechanism of analgesic tolerance by chronic administration of morphine2012

    • 著者名/発表者名
      奥出順也*, 吉浦知絵, 白石勇太郎*, 幸福裕, 上田卓見, 嶋田一夫
    • 学会等名
      第132回日本薬学会 年会 日本薬学会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)
    • 年月日
      2012-03-30
  • [学会発表] Dynamical Aspects of Membrane Proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Ichio Shimada
    • 学会等名
      MBSJ2011
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-14
  • [学会発表] Structural Mechanism for the Affinity-Regulation of Cytoplasmic Dynein2011

    • 著者名/発表者名
      宝田理#, 西田紀貴、吉川雅英、嶋田一夫
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会 日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-13
  • [学会発表] Structural investigation of voltage-sensing mechanism of voltage-dependent K+ channels (ポスター)2011

    • 著者名/発表者名
      原田瞳#, 大澤匡範, 小澤新一郎#, 木村友美, 野崎智裕*, 嶋田一夫
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会 日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)
    • 年月日
      2011-12-13
  • [学会発表] Structural basis for the inhibition of voltage-dependent potassium (Kv) channels by gating modifier toxins (ポスター)2011

    • 著者名/発表者名
      小澤新一郎#、大澤匡範、木村友美、原田瞳#、野崎智裕*、嶋田一夫
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会 日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜)
    • 年月日
      2011-12-13
  • [学会発表] Dynamical Aspects of Membrane Proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Ichio Shimada
    • 学会等名
      AIMECS11
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京)(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-02
  • [学会発表] Dynamical Aspects of Membrane Proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Ichio Shimada
    • 学会等名
      The 4th Asia-Pacific NMR Symposium
    • 発表場所
      Central Garden Beijing Hotel (北京、中国)(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-17
  • [学会発表] Functional Analyses of Membrane Proteins by NMR2011

    • 著者名/発表者名
      Ichio Shimada
    • 学会等名
      The 9th International Symposium for Future Drug Discovery and Medical Care
    • 発表場所
      北海道大学(札幌)(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-29
  • [図書] Encyclopedia of Biophysics, GCR. Roberts (ed.)2011

    • 著者名/発表者名
      Ichio Shimada
    • 総ページ数
      1
    • 出版者
      Springer-Verlag Berlin Heidelberg Ichio Sliimada
  • [備考]

    • URL

      http://ishimada.f.u-tokyo.ac.jp/public_html/tmc/index.html#

URL: 

公開日: 2014-07-16  

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