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2023 年度 実績報告書

生物種の分類枠組みを超えた網羅解析による多元応答深化の解明

計画研究

研究領域核酸構造による生物種を超えた多元応答ゲノムの機構の解明
研究課題/領域番号 21H05108
研究機関甲南大学

研究代表者

遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (90550236)

研究分担者 凌 一葦  新潟大学, 医歯学系, 助教 (70804540)
研究期間 (年度) 2021-08-23 – 2024-03-31
キーワード多元応答深化 / 核酸構造 / 環境応答 / バイオインフォマティクス / オミクス解析
研究実績の概要

大腸菌、枯草菌などのゲノムDNAから、分子クラウディング環境やカリウム濃度に応答して安定性の変動を示すグアニン四重鎖(G4)構造を網羅的に解析した結果、2枚のカルテットから構成されるG4構造が多数形成されることが確認された。また、グアニンの連続配列の間に長いループ配列が存在する場合でも、安定なG4構造を形成し得る配列が見出された。このことは、これまで考えられてきた以上に多くの領域でG4構造が形成され、「多元応答」として遺伝子の発現調節に関与し得ることを示している。G4構造については、微生物種を中心としたゲノム配列のデータベースからG4構造形成可能領域の抽出が完了しており、ゲノム上でのG4構造の数や場所、予測されるG4構造の安定性やコードされている遺伝子種別などを、個別に、あるいは生物種間で比較しながら解析できる新たなデータベース(G4 database)の開発を進めた。
G4構造とは異なる四重らせん構造であるi-motif構造について、特定の分子との相互作用を解析する研究も進め、G4構造リガンドとしても知られるいくつかの化合物が、i-motif構造にも相互作用し得ること、その相互作用はi-motif構造のループ配列に大きく依存することを明らかにした。
RNAが形成するシュードノット構造について、分子環境に対する熱安定性の応答を解析した。その結果、シュードノット構造の鍵となるループ領域に対する塩基対形成が、水分子の活量が低下し、排除体積効果が大きくなるクラウディング環境において安定化されることを明らかにした(論文投稿中)。また、バルジを含むRNA構造について、そこに相互作用する天然化合物に化学的な修飾を施し、RNAに対する結合親和性を高めることで遺伝子の発現を効果的に抑制することにも成功した(New J. Chem., 48, 8529 (2024))。

現在までの達成度 (段落)

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] 中山大学(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      中山大学
  • [雑誌論文] Guanidine modification improves functions of natural RNA-targeting alkaloids2024

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Satpathi Sagar、Chen Yutong、Matsumoto Saki、Ohyama Tatsuya、Podbevsek Peter、Plavec Janez、Onizuka Kazumitsu、Nagatsugi Fumi、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      New Journal of Chemistry

      巻: 48 ページ: 8529~8533

    • DOI

      10.1039/D3NJ05833F

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Nearest-neighbor parameters for the prediction of RNA duplex stability in diverse <i>in vitro</i> and cellular-like crowding conditions2023

    • 著者名/発表者名
      Ghosh Saptarshi、Takahashi Shuntaro、Banerjee Dipanwita、Ohyama Tatsuya、Endoh Tamaki、Tateishi-Karimata Hisae、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 ページ: 4101~4111

    • DOI

      10.1093/nar/gkad020

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (5): Effect of local environments on the stability of nucleic acids in mitochondria2024

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, L. Liu, S. Takahashi, T. Endoh, N. Yoshinaga, K. Numata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第104回春季年会
  • [学会発表] 核酸化学のNew Data Science (8): ハイスピード共焦点イメージングを利用した生細胞内での核酸構造変化の解析2024

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、建石寿枝、筒井啓太、深谷陽子、築地真也、杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第104回春季年会
  • [学会発表] New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (9): Conformational transition of nucleic acids with virus genome sequences inside cell-like nanoconfinements2024

    • 著者名/発表者名
      S. Sarkar, H. Tateishi-Karimata, K. Matsuura, T. Endoh, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第104回春季年会
  • [学会発表] Genome wide screening of G-quadruplex forming sequences under molecular crowding environment2024

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, S. Okuda, Y. Ling, H. Tateishi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      Supra FIBER International Summit for Nucleic Acids (S-FISNA)
    • 国際学会
  • [学会発表] G-quadruplex specific binding of METTL3/14 RNA methyltransferase complex2024

    • 著者名/発表者名
      M. Imanishi, T. Endoh, Y. Ling, A. Yoshida, T. Oyoshi, S. Futaki
    • 学会等名
      Supra FIBER International Summit for Nucleic Acids (S-FISNA)
    • 国際学会
  • [学会発表] 多様な生物種にわたる四重螺旋構造オンラインデータベースの開発2023

    • 著者名/発表者名
      王澤坤、奥田修二郎、凌一葦
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会
  • [学会発表] I-motif structure as a binding core for small fluorogens2023

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, S. Das, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第50回国際核酸化学シンポジウム (ISNAC2023)
    • 国際学会
  • [学会発表] Versatile binding core for small fluorogens consisting of noncanonical base pairs2023

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, J.-H. Tan, S.-B. Chen, S. Das, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids “ANNA2023”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新型コロナウィルスのRNA合成反応を阻害する細胞内在性の四重らせんRNA2023

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、高橋俊太郎、杉本直己
    • 学会等名
      第17回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] 新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼ活性を抑制できるヒト内在性RNAの取得2023

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、高橋俊太郎、杉本直己
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第8回年会
  • [学会発表] DNA/RNA-immobilizing microsphere particles for selecting functional nucleic acids2023

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh
    • 学会等名
      7th Gratama Workshop
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Effects of Molecular Crowding on Structures and Functions of Nucleic Acids. In: Sugimoto, N. (eds) Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids.2023

    • 著者名/発表者名
      Endoh, T., Tateishi-Karimata, H., Sugimoto, N.
    • 総ページ数
      45
    • 出版者
      Springer, Singapore
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      https://konan-fiber.jp/indexb

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公開日: 2024-12-25  

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