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2022 年度 実績報告書

De novo細胞膜分子システムのボトムアップ構築

計画研究

研究領域生物を陵駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学
研究課題/領域番号 21H05229
研究機関東京農工大学

研究代表者

川野 竜司  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90401702)

研究分担者 川村 出  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 准教授 (20452047)
研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2026-03-31
キーワード人工二分子膜 / 膜輸送体 / マイクロ工学 / 電気化学
研究実績の概要

本研究では、天然には存在しない人工の細胞膜をボトムアップ的に設計(de novo設計)し、一分子計測や環境中で作動するマイクロロボットの開発を行う。具体的には、これまでリン脂質で構成されてきた脂質二分子膜部分を両親媒性の人工分子に置きかけ、より高機能な人工細胞膜を構築する。そこに人工的に設計した膜輸送体の組み込みを目指す。例えば、de novo設計したアミノ酸配列のペプチドを、細胞膜を構成する脂質二分子膜中に埋め込むことで、標的分子を検出可能なナノポア(ナノ細孔)や、脂質膜内外の物質輸送を制御可能な膜輸送分子を開発する。また、これら構築したペプチド-脂質膜を分子同士で作るシステムとみなし、進化工学と組み合わせ探索による複数の分子で構成された分子システムの最適化のための学理を構築する。

これまで申請者は、タンパク質よりも安定で簡便に化学合成可能なペプチドのアミノ酸配列をde novo設計し、一分子ナノポア計測に成功している(Nature Nanotech. 2022)本研究では膜の内外を輸送する人工輸送体、および膜自体を工学的に設計再構築する手法について、それぞれの要素の相互作用解析により検討を行う。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究開始から、毎月一度の総括班会議・領域セミナーを開催し、領域の運営、領域内共同研究について打ち合わせを継続して行っている。6月には農工大で外国籍研究者を含めた国際セミナーを開催した。C01班では、無細胞膜システムの構築を行っているが、この中でB01班と新規βバレル膜タンパク質の再構成の試み、B02班と進化工学による膜ペプチドのセレクション、膜輸送体の改変について検討を行っている。D01班とは膜輸送体分子と二分子膜構成分子との組み合わせ最適化について議論中である。これらの共同研究に伴い、新規の研究設備の導入、研究員さんのプロモーションなどを行っている。また第一回目の領域会議・若手の会を北海道で開催し、領域のニュースレターを発行した。

分担者の川村グループでは、細胞膜分子システムの固体NMR構造解析法の一つとして、レチナールタンパク質の極大吸収波長とシッフ塩基の窒素15の化学シフトとの相関を明らかにした。分子サイバネ超越分子の合同ワークショップで成果を発表した。また、複数の計画班及び公募班のグループと領域内共同研究を開始し、NMR実験を行った。今後、データ解析および再実験を進めていく予定である。

今後の研究の推進方策

今年度は、両親媒性高分子を用いた人工二分子膜の構築と、そこへの膜輸送体・ナノポア分子の再構成を行う。昨年度、ドラッグデリバリー分野で開発が進んでいる、両親媒性のジブロック、トリブロックポリマーを平面膜として構築した。この知見を活かして今年度は人工配列設計したペプチドで二分子膜を作成・評価する。また膜ペプチドや膜タンパク質ナノポアに関しては、進化工学及び組み合わせ最適化により、高機能なポアのセレクション手法確立を目指す。川村グループでは、細胞膜分子システムの反応場である水和膜環境において、ナノポアペプチドなど種々の分子間相互作用検出のための固体NMR実験条件の検討をさらに進める。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 9件) 図書 (2件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Cell-Free Expression of De Novo Designed Peptides That Form β-Barrel Nanopores2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Shoko, Kawamura Izuru, Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 17 ページ: 3358-3367

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c07970

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Liposome Deformation Induced by Membrane-Binding Peptides2023

    • 著者名/発表者名
      Izumi Kayano, Saito Chihiro, Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Micromachines

      巻: 14 ページ: 373-373

    • DOI

      10.3390/mi14020373

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Construction of nanopores using β-hairpin peptides synthesized by a cell-free system2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Shoko, Fukuda Miyu, Mizoguchi Ikuro, Kawamura Izuru, Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 122 ページ: 367a-367a

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.11.2024

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discrimination of cationic peptides using malaria translocon, EXP2, nanopores2023

    • 著者名/発表者名
      Miyagi Mitsuki, Kurokawa Nina, Yohda Masafumi, Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 122 ページ: 438a-438a

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.11.2365

  • [雑誌論文] Unfolding of β-hairpin and α-helical peptides through a biological nanopore2023

    • 著者名/発表者名
      Fukuda Miyu, Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 122 ページ: 439a-439a

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.11.2371

  • [雑誌論文] Evaluating the Stability of Cellulose Nanofiber Pickering Emulsions Using MRI and Relaxometry2023

    • 著者名/発表者名
      Kanai Noriko、Willis Scott A.、Gupta Abhishek、Kawamura Izuru、Price William S.
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 39 ページ: 3905~3913

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.2c03201

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Solid-state NMR for the characterization of retinal chromophore and Schiff base in TAT rhodopsin embedded in membranes under weakly acidic conditions2023

    • 著者名/発表者名
      Arikawa Sui、Sugimoto Teppei、Okitsu Takashi、Wada Akimori、Katayama Kota、Kandori Hideki、Kawamura Izuru
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 ページ: e201017

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.s017

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Characterization of retinal chromophore and protonated Schiff base in Thermoplasmatales archaeon heliorhodopsin using solid-state NMR spectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shibuki、Kumagai Sari、Nagashima Toshio、Yamazaki Toshio、Okitsu Takashi、Wada Akimori、Naito Akira、Katayama Kota、Inoue Keiichi、Kandori Hideki、Kawamura Izuru
    • 雑誌名

      Biophysical Chemistry

      巻: 296 ページ: 106991~106991

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2023.106991

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total Internal Reflection Raman Spectra of Alamethicin Interacting with Supported Lipid Bilayers at a Silica/Water Interface2022

    • 著者名/発表者名
      Kondoh Masato、Sano Arisa、Kawamura Izuru、Ishibashi Taka-aki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 ページ: 10712~10720

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c06371

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Using cellulose nanofibers isolated from waste hop stems to stabilize dodecane or olive oil-in-water Pickering emulsions2022

    • 著者名/発表者名
      Kanai Noriko、Sakai Takahiro、Yamada Kohei、Kumagai Sari、Kawamura Izuru
    • 雑誌名

      Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects

      巻: 653 ページ: 129956~129956

    • DOI

      10.1016/j.colsurfa.2022.129956

    • 査読あり
  • [学会発表] バイオナノポアを用いた核酸・ペプチド断片の単分子計測2023

    • 著者名/発表者名
      川野竜司
    • 学会等名
      ATIバイオ単分子研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞膜分子システムにおける膜タンパク質・ペプチドの固体NMR構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      川村出
    • 学会等名
      分子サイバネ/超越分子システム合同ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] De novo design of nanopores reconstituted in bilayer lipid membrane2022

    • 著者名/発表者名
      Ryuji Kawano
    • 学会等名
      CEMS Topical Meeting Online
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Artificial cell-membrane system: the construction of de novo nanopores2022

    • 著者名/発表者名
      Ryuji Kawano
    • 学会等名
      第60回 日本生物物理学会年会・共催シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Artificial cell-membrane: Construction of peptide nanopores with de novo design2022

    • 著者名/発表者名
      Ryuji Kawano
    • 学会等名
      International Materials Research Congress 2022
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Bottom-up construction of de novo designed nanopore using peptides2022

    • 著者名/発表者名
      Ryuji Kawano
    • 学会等名
      Nano Korea 2022
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] De novo 設計ナノポアによる一分子計測と分子ロボット工学への応用2022

    • 著者名/発表者名
      川野竜司
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Solid-state NMR spectroscopic approaches to investigate membrane-bound peptide structure2022

    • 著者名/発表者名
      Izuru Kawamura
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Solid-state NMR of Krokinobacter rhodopsin 2 and heliorhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Izuru Kawamura
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Molecular Robotics An Introduction2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata
    • 総ページ数
      296
    • 出版者
      Springer Nature
    • ISBN
      978-981-19-3987-7
  • [図書] Cell-Penetrating Peptides: Design, Development and Applications2022

    • 著者名/発表者名
      Makoto Oba, Yosuke Demizu
    • 総ページ数
      416
    • 出版者
      Wiley&Sons
    • ISBN
      978-3-527-35011-7
  • [備考] 東京農工大学 川野研究室

    • URL

      http://web.tuat.ac.jp/~rjkawano/index.html

  • [備考] 学術変革領域研究A 「超越分子システム」

    • URL

      https://bottomup-biotech.elsi.jp/

  • [備考] 横浜国立大学 川村研究室

    • URL

      http://www.ikawamura.ynu.ac.jp/

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公開日: 2023-12-25  

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