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2010 年度 実績報告書

生体反応場の高特異性の解析と機能制御

計画研究

研究領域直截的物質変換をめざした分子活性化法の開発
研究課題/領域番号 22105012
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

キーワード一酸化窒素還元酵素 / ヘム鉄 / 非ヘム鉄 / 複核反応中心 / N-N結合生成 / 亜酸化窒素 / 電子移動反応
研究概要

一酸化窒素NOを還元して亜酸化窒素N_2Oに変換する(2NO+2H^++2e^-→N_2O+H_2O)酵素(一酸化窒素還元酵素NOR)の結晶構造解析に成功し、その成果をScienceに報告した。この触媒反応は、N-O結合の開裂とN-N結合の生成を含む化学反応である。本酵素の酵素反応において、反応物NOが大気汚染気体NO_xの一種であり非常に細胞毒性が強いこと、生成物N_2Oが二酸化炭素CO_2の約310倍の温室効果があり、なおかつオゾン層を破壊する気体であることから、環境科学の側面からも注目されている酵素である。触媒反応場は、ヘムbと非ヘム鉄の2つと鉄からなる複核中心であり、非ヘム鉄には、3つのHisイミダゾールと1つのGluカルボン酸が配位子として配位していた。我々は、酵素の反応物NOを混合後に急速(1ミリ秒以内)に凍結し(急速凍結法)、その凍結試料のESRを測定し、その結果を基に、NORの短寿命反応中間体として、2つのNO分子がヘム鉄(Fe2+)と非ヘム鉄(Fe2+)それぞれに配位する構造を提案していた。しかし、結晶構造を見る限りは、触媒反応場には2分子のNOが入り込む空間はなかった。この事から、触媒反応時には、反応場において鉄(おそらく非ヘム鉄の方)の配位空間の構造変化は誘起される作業仮説を立てた。この作業仮説を証明するために、CN-、CO、N_<3->などの外部配位子が結合したNORの結晶化を開始した。結晶は得られたが、分解能が3Å以上であり、さらに高い質の結晶を得るように努力中である。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (6件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Unique Properties and reactivity of High-Valent Manganese-Oxo versus Manganese-Hydroxo in the Salen Platform2010

    • 著者名/発表者名
      T.Kurahashi, A.Kikuchi, Y.Shiro, M.Hada, H.Fujii
    • 雑誌名

      Inorg.Chem.

      巻: 49 ページ: 6664-6672

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three-step Hydroxylations of Vitamin D_3 by a Genetically Engineered CYP105A12010

    • 著者名/発表者名
      K.Hayashi, K.Yasuda, H.Sugimoto, S.Ikushiro, M.Kamakura, A.Kittaka, R.Horst, T.Chen, M.Ohta, Y.Shiro, T.Sakaki
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 277 ページ: 3999-4009

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of Novel Hypoxia-targeting IDO Hybrid Inhibitors Conjugated with an Unsubstituted L-TRP as an IDO Affinity Moiety2010

    • 著者名/発表者名
      H.Nakashima, K.Ikkyu, K.Nakashima, K.Sano, Y.Uto, E.Nakata, H.Nagasawa, H.Sugimoto, Y.Shiro, Y.Nakagawa, H.Hori
    • 雑誌名

      Adv.Exp.Med.Biol.

      巻: 662 ページ: 415-421

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bioconversion of Vitamin D to Its Active Form by Bacterial or Mamalian Cytochromes P4502010

    • 著者名/発表者名
      T.Sakaki, H.Sugimoto, K.Hayashi, K.Yasuda, E.Munetsna, M.Kamakura, S.Ikushiro, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta

      巻: 1814 ページ: 249-256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel Glycerophosphodiester Phosphodiesterase GDE5 Controls Skeletal Muscle Development via a Non-enzymatic Mechanism2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Okazaki, N.Ohshima, I.Yoshizawa, Y.Kamei, S.Mariggio, K.Okamoto, M.Maeda, Y.Nogusa, Y.Fujioka, T.Izumi, Y.Ogawa, Y.Shiro, M.Wada, N.Kato, D.Corda, N.Yanaka
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 285 ページ: 27652-27663

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ONIOM Study on a Missing Piece in Our Understanding of Heme Chemistry : Bacterial Tryptophan 2,3-Dioxygenase with Dual Oxidants2010

    • 著者名/発表者名
      L.W.Chung, X.Li, H.Sugimoto, Y.Shiro, K.Morokuma
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 132 ページ: 11993-12005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Understanding Substrate Misrecognition of Hydrogen Peroxide-Dependent Cytochrome P450 from Bacillus subtilis2010

    • 著者名/発表者名
      O.Shoji, T.Fujishiro, S.Nagano, S.Tanaka, T.Hirose, Y.Shiro, Y.Watanabe
    • 雑誌名

      J.Bio.Inorg.Chem.

      巻: 15 ページ: 1331-1339

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Specific Interaction of L-Tryptophan with CO of CO-Bound Indoleamine 2,3-Dioxygenase Identified by Resonance Raman Spectroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      S.Yanagisawa, H.Sugimoto, Y.Shiro, T.Ogura
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 49 ページ: 10081-10088

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis of Biological N_2O Generation by Bacterial Nitric Oxide Reductase2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hino, Y.Matsumoto, S.Nagano, H.Sugimoto, Y.Fukumori, T.Murata, S.Iwata, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Science

      巻: 330 ページ: 1666-1670

    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular Structures and Mechanism of Bacterial Nitric Oxide Reductase2011

    • 著者名/発表者名
      T.Hino, Y.Matsumoto, Andrei Pisliakov, S.Nagano, H.Sugimoto, Yuji Sugita, Y.Shiro
    • 学会等名
      Third Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences : -Experiments and Simulations
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2011-02-28
  • [学会発表] Two-component regulatory System : Cellular signal transduction systems sensing exogenous stimuli2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro, Hiro Nakamura, Yoko Ito, Hiroshi Sugimoto
    • 学会等名
      Pacifichem 2010
    • 発表場所
      Waikiki, Hawaii, USA
    • 年月日
      2010-12-16
  • [学会発表] Cooperative L-Trp binding to human tryptophan 2,3-dioxygenase revealed by resonance Raman spectroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      福村栄維子、杉本宏、三角祐子、小倉尚志、城宜嗣
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2020)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-09
  • [学会発表] ナノデスクを用いた病原菌の生体鉄感知システムの解析2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽子、當舍武彦、中村寛夫、城宜嗣
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2020)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-09
  • [学会発表] 二成分情報伝達系複合体構造からわかる環境変化感知からリン酸化への生体シグナル変換機構2010

    • 著者名/発表者名
      杉本宏、山田斉爾、中村寛夫、城宜嗣
    • 学会等名
      日本結晶学会2010年度年会
    • 発表場所
      吹田
    • 年月日
      2010-12-05
  • [学会発表] Nitric Oxide Reductase ; Chemistry of N-O Bond Cleavage and N-N Bond Formation2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro, Tomoya Hino, Yushi Matsumoto, Shingo Nagano, Hiroshi Sugimoto, Takehiko Tosha
    • 学会等名
      Sixth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-6)
    • 発表場所
      Albuquerque, Mew Mexico, USA
    • 年月日
      2010-07-06
  • [図書] Handbook of Porphyrin Science (K.M.Kadish, K.M.Smith, R.Guilard, Eds.) Vol.5, Chapter 242010

    • 著者名/発表者名
      H.Sugimoto, O.Takikawa, Y.Shiro
    • 総ページ数
      71-122
    • 出版者
      World Scientific
  • [図書] Handbook of Porphyrin Science (K.M.Kadish, K.M.Smith, R.Guilard, Eds.) Vol.5, Chapter 252010

    • 著者名/発表者名
      Y.Shiro, S.Nagano
    • 総ページ数
      123-163
    • 出版者
      World Scientific

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公開日: 2012-07-19  

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