| 研究領域 | 生合成マシナリー：生物活性物質構造多様性創出システムの解明と制御 |
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| 研究課題/領域番号 |
22108010
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 研究機関 | 国立感染症研究所 |
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研究代表者 |
石川 淳 国立感染症研究所, 生物活性物質部, 室長 (40202957)
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| 研究分担者 |
星野 泰隆 国立感染症研究所, 生物活性物質部, 主任研究官 (40399457)
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| キーワード | ゲノム / データベース / 二次代謝産物 / 抗生物質 / 生合成 / 次世代シークエンサー |
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| 研究概要 |
抗生物質や抗ガン剤などの生物活性物質(二次代謝産物)の生産者である放線菌において、現在我々が認知できている二次代謝産物は、放線菌の生産能力のうちの1割ほどでしかないことがゲノム解析により明らかにされた。しかしながら、残りの9割にアプローチし、利用するための情報は未だ不十分であるため、本研究は、既存の情報を整理し、生合成マシナリーの解明とそれを応用した新たなマシナリーのデザインのためのデータベースを構築することを目的とする。
初年度である平成22年度は、主にデータベースおよび各種解析のためのサーバーの構築を行った。2基のインテルXeonプロセッサー(計12コア)と96GBのメモリーを搭載したラックマウントサーバーを購入(12月)し、シークエンスアセンブラーとしてPred/Phrap/Consedパッケージ、ABySSおよびVelvetをインストールした。配列解析ソフトおよびデータベースとしてClustalW、Maq、BWA、BLAST、HMMER3(Pfam)などをインストールした。さらにデータベースエンジンとしてPostgreSQLをインストールした。また、他の班員との情報共有を行うために、ウェブサーバーを構築した(現時点では非公開)。
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