| 研究概要 |
1)クラスター型計算機を有効に利用出来るように、エラーの自動リトライを含むミドルウエアを開発した。ヒメツリガネゴケの分離集団のIlluminaによるindexingペアエンドシーケンスを参照ゲノム配列にマッピングし、SNPを検出した。
2)レーザーマイクロダイセクションによって得られた微小組織サンプルのRNA-seqに1例成功した。アブラムシAcyrthosiphon pisumのgermariumをレーザーマイクロダイセクションによって切り出した。複数のgermariumから精製したRNAのうち4.6ngを、SPIA法(NuGEN社)によって増幅し、2.5μgのcDNAが得られた。そのうち300ngをIlluminaシークエンスした結果、リードの約50%をゲノムにマップする事ができた。
3)SOLiDのcolor spaceの配列データをゲノムにマッピングし、イントロンを考慮したgapped alignmentする方法を開発した。
4)総リード数による補正だと高発現の発現変動遺伝子数の偏りによって結果が歪むので、新たな正規化法の開発を行った。発現変動遺伝子の割合を定数として取り入れた新手法と既存のTMM法(Robinson and Oshlack, Genome Biol., 2010)を「発現変動遺伝子数の割合を5%、偏りを4:1」としたシミュレーションデータにおいて比較し、新手法のほうが真の正規化係数により近い値を返すことを確認した。
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