| 研究領域 | 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明 |
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| 研究課題/領域番号 |
22128008
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| 研究分担者 |
重信 秀治 基礎生物学研究所, 生物機能解析センター, 特任准教授 (30399555)
門田 幸二 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
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| 連携研究者 |
笠原 雅弘 東京大学, 新領域創成科学研究科, 講師 (60376605)
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| 研究協力者 |
山口 勝司
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| 研究期間 (年度) |
2010-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | アセンブリー / ゲノム / トランスクリプトーム / 遺伝子発現比較 |
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| 研究成果の概要 |
非モデル生物において、複合適応形質を特定出来るようにするため、ゲノム解析、トランスクリプトーム解析、アノテーション、遺伝子発現比較の手法を開発した。新規ゲノム解析において、大インサート長のメイトペアライブラリー作成技術を確立しMbレベルのスキャフォールドが得られるようになり、長リードデータを出力する単一分子シーケンサーの出力のエラー補正を行って100kb以上のContig長が得られるようになった。また、遺伝子発現比較のため新規の計数正規化法を開発してRパッケージTCCとして公開し普及させた。
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| 自由記述の分野 |
ゲノム進化学
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