| 研究領域 | パーソナルゲノム情報に基づく脳疾患メカニズムの解明 |
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| 研究課題/領域番号 |
22129004
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 研究機関 | 新潟大学 |
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研究代表者 |
桑野 良三 新潟大学, 脳研究所, 教授 (20111734)
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| 研究分担者 |
柿田 明美 新潟大学, 脳研究所, 准教授 (80281012)
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| キーワード | アルツハイマー病 / 全塩基配列 / 次世代シークエンサー / 脳組織 / エクソーム / メチル化DNA |
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| 研究概要 |
アルツハイマー病の大規模GWAS(Genome-wide association study)では、リスク遺伝子脚四に匹敵する疾患関連遺伝子は見出されなかった。比較的頻度の高いSNP(一塩基多型)を用いたためと考えられ、本研究では、原因遺伝子に変異がない家族内多発家系または同胞発症を対象として、パーソナルシークエンスによる徹底した稀な変異、コピー数多型、挿入/欠失等の包括的ゲノム情報を取得して、アルツハイマー病の疾患関連領域を同定する。シークエンス解析をベースとして、パーソナルゲノムの高次構造解析まで踏み込んでアルツハイマー病の発症病態を解明し、新しい分子作用点から治療薬開発研究に向けた分子基盤の解明を目的とする。
家族内アルツハイマー病多発家系における2世代にまたがる発症または同胞発症例を対象として、連鎖解析の結果を参考に候補となる特定ゲノム領域を高効率に捕捉する、またはエクソン全部を補足するexon capture法など、あらかじめ解析のターゲット・ゲノムだけを濃縮する前工程処理(ターゲット・エンリッチメント・システム)を施して、次世代シークエンサーで配列を決定する。そのためにDNA断片化、回収率、次世代シークエンサーの精度と効率等の基本条件の検討を行った。
アルツハイマー病発症に関連遺伝子の発現調節を解明するために、凍結脳を用いてその遺伝子近傍のメチル化解析を行う。1回の反応で約600bp内にあるメチル化/非メチル化CpGの読み取りが可能なMass ARRAY法を採用し、プロモーター領域のメチル化状態を検出する。ヒト凍結脳を用いる前に基礎実験としてメチル化/非メチル化DNAを人工的に準備してメチル化DNAの検出効率を検討した。
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