リシークエンシングによるＨＬＡゲノム多様性解析

2014 年度 実績報告書

• 研究領域: 先端技術を駆使したＨＬＡ多型・進化・疾病に関する統合的研究
• 研究課題/領域番号: 22133002
• 研究機関: 東海大学
• 研究代表者: 椎名 隆 東海大学, 医学部, 准教授 (00317744)
• 研究分担者: 太田 正穂 信州大学, 医学部, 准教授 (50115333) ; 細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948) ; 今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461) ; 大塚 正人 東海大学, 医学部, 准教授 (90372945)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: HLA / 次世代シークエンサー / 多型 / データベース

研究実績の概要

昨年度までに開発した超高解像度NGS-DNAタイピング法（SS-SBT）法の有用性を日本人に検出されるアリルの99.5％以上を網羅する検体を用いて検証した。その結果、全ての検体の遺伝子座において既知アリル情報と矛盾せずにアリル判定された。またSS-SBT法を普及させるためには、本法の簡略化や迅速化を考慮する必要があることから、HLA-A, -B, -Cおよび -DPB1を含めたHLA 11座マルチプレックスPCR法を開発した。そのDNAタイピングの結果から、HLA 9座マルチプレックスPCR産物から得られたアリル情報は、いずれの座位とも既知アリル情報と矛盾しないことを確認した。また、平均depthやリード数おける座位間の比較から、各座位がほぼ均一に増幅していることを確認した。従来のSS-SBT法では、各PCR産物を定量し、必要量をpoolingする操作が必要であったが、本法の開発にてこれらの操作が必要なくなり、その結果、労力、時間、操作ミスおよびコストが大幅に軽減される。よってSS-SBT法は、日本人に高頻度なHLAアリルをallelic imbalanceやphase ambiguityなしに判定することのできるPCR-SSOP法に代わる有用なDNAタイピング法であると考えられた。
さらに、昨年度に引き続き、HLA統合データベースの構築を進め、リンク自動管理システムを基盤として国内外のHLA関連分子情報の統合化を進めた。またヒトの全タンパク質断片に対してHLAクラスIおよびクラスII分子と結合するエピトープの予測を網羅的に行った。これをデータベース化し、自己ペプチドとの結合性予測結果を容易に検索・閲覧できるシステムを本領域研究内で公開した。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Cost-efficient multiplex PCR for routine genotyping of up to nine classical HLA loci in a single analytical run of multiple samples by next generation sequencing. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ozaki Y, Suzuki S, Kashiwase K, Shigenari A, Okudaira Y, Ito S, Masuya A, Azuma F, Yabe T, Morishima S, Mitsunaga S, Satake M, Ota M, Morishima Y, Kulski JK, Saito K, Inoko H, Shiina T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 16 ページ: 318
  • DOI: doi: 10.1186/s12864-015-1514-4.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] HLA-C*12:02 is a susceptibility factor in late-onset type of psoriasis in Japanese. (2014)
  • 著者名/発表者名: Mabuchi T, Ota T, Manabe Y, Ikoma N, Ozawa A, Terui T, Ikeda S, Inoko H, Oka A.
  • 雑誌名: J Dermatol. 巻: 41 ページ: 697-704
  • DOI: doi: 10.1111/1346-8138.12569.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human leukocyte antigen class II haplotypes affect clinical characteristics and progression of type 1 autoimmune hepatitis in Japan. (2014)
  • 著者名/発表者名: Umemura T, Katsuyama Y, Yoshizawa K, Kimura T, Joshita S, Komatsu M, Matsumoto A, Tanaka E, Ota M.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 ページ: e100565
  • DOI: doi: 10.1371/journal.pone.0100565
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] KIR3DL1-HLA-Bw4 combination and IL28B polymorphism predict response to Peg-IFN and ribavirin with and without telaprevir in chronic hepatitis C. (2014)
  • 著者名/発表者名: Umemura T, Ota M, Katsuyama Y, Wada S, Mori H, Maruyama A, Shibata S, Nozawa Y, Kimura T, Morita S, Joshita S, Komatsu M, Matsumoto A, Kamijo A, Kobayashi M, Takamatsu M, Yoshizawa K, Kiyosawa K, Tanaka E.
  • 雑誌名: Hum Immunol. 巻: 75 ページ: 822-826
  • DOI: doi: 10.1016/j.humimm.2014.06.003.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel HLA-B allele, HLA-B*44:184, identified by super high-resolution single-molecule sequence-based typing in a Japanese individual. (2014)
  • 著者名/発表者名: Wada A, Shiina T, Michino J, Yasumura S, Sugiyama T.
  • 雑誌名: Tissue Antigens 巻: 83 ページ: 198-199
  • DOI: doi: 10.1111/tan.12284
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Development of advanced NGS based HLA DNA typing method: SS-SBT (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuki Ozaki, Shingo Suzuki, Atsuko Shigenari, Sayaka Ito, Yuko Okudaira, Anri Masuya, Shigeki Mitsunaga, Masao Ota, Hidetoshi Inoko, Takashi Shiina
  • 学会等名: 40th Annual Meeting the American Society for Histocompatibility & Immunogenetics
  • 発表場所: DENVER, COLORADO
  • 年月日: 2014-10-20 – 2014-10-24
• [学会発表] Application of single molecule real-time (SMRT) sequencing technology for the field 4 level genotyping of classical HLA loci (2014)
  • 著者名/発表者名: Shingo Suzuki, Brett N. Bowman, Yuki Ozaki, Shigeki Mitsunaga, Hidetoshi Inoko, Swati Ranade, Takashi Shiina
  • 学会等名: 40th Annual Meeting the American Society for Histocompatibility & Immunogenetics
  • 発表場所: DENVER, COLORADO
  • 年月日: 2014-10-20 – 2014-10-24
• [学会発表] 奥平裕子、細道一善、光永滋樹、中岡博史、椎名隆、猪子英俊、井ノ上逸朗 (2014)
  • 著者名/発表者名: 日本人集団におけるC*01:06
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] HLA-omics : HLA領域におけるゲノム多様性、メチル化および遺伝子発現の統合的解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 細道一善、椎名隆、光永滋樹、猪子英俊、井ノ上逸朗
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] LOHが疑われる再生不良貧血患者のSS-SBT法によるDNAタイピングとLOHの検出 (2014)
  • 著者名/発表者名: 重成敦子、鬼塚真仁、尾崎有紀、鈴木進悟、猪子英俊、安藤潔、椎名隆
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] HLA主要6座位のMiddle Ranged Multiplex PCR法の開発とSS-SBTへの応用 (2014)
  • 著者名/発表者名: 椎名隆、鈴木進悟、尾崎有紀、重成敦子、伊藤さやか、奥平裕子、桝屋安里、光永滋樹、猪子英俊
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] 骨髄移植前保存ドナー検体を用いたPCR-SSOP法とSS-SBT法によるDNAタイピング検査の比較と検証 (2014)
  • 著者名/発表者名: 尾崎有紀、柏瀬貢一、鈴木進悟、重成敦子、伊藤さやか、奥平裕子、桝屋安里、屋部登志雄、東史啓、光永滋樹、猪子英俊、森島泰雄、椎名隆
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] 非血縁間造血幹細胞移植ドナー/患者ペアを用いたHLA遺伝子全領域のSS-SBTと移植成績との関連性 (2014)
  • 著者名/発表者名: 桝屋安里、鈴木進悟、尾崎有紀、森島聡子、森島泰雄、猪子英俊、椎名隆
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] 超高精度次世代シークエンス用アリル判定プログラム (SeaBass) の開発とその検証 (2014)
  • 著者名/発表者名: 鈴木進悟、尾崎有紀、桝屋安里、重成敦子、光永滋樹、猪子英俊、椎名 隆
  • 学会等名: 日本組織適合性学会第２３回大会
  • 発表場所: 長崎大学医学部（坂本）キャンパス
  • 年月日: 2014-09-13 – 2014-09-15
• [学会発表] Development of the advanced super high resolution single molecule - sequence based typing (SS-SBT) method (2014)
  • 著者名/発表者名: Shingo Suzuki, Yuki Ozaki, Atsuko Shigenari, Yuko Okudaira, Anri Masuya, Shigeki Mitsunaga, Masao Ota, Hidetoshi Inoko, Takashi Shiina
  • 学会等名: The 28th European Immunogenetics and Histocompatibility Conference
  • 発表場所: Stockholm, Sweden
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-28
• [産業財産権] HLA遺伝子のDNAタイピング方法及び当該方法のデータ解析に使用するコンピュータプログラム (2014)
  • 発明者名: 鈴木 進悟、和田 有紀、光永 滋樹、猪子 英俊、椎名 隆
  • 権利者名: ジェノダイブファーマ株式会社
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 特願2014-116217
  • 出願年月日: 2014-06-04