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プロジェクト全体にわたるソフトウエアプラットフォームの研究開発が当グループのミッションである。一定の水準に達している細胞レベルのモデル化を基盤に、多階層生体モデルを実現する記述言語(PHML)とソフトウエア(PhysioDesigner)、シミュレーションエンジン(Flint)を開発した。同時に、細胞内の分子ネットワークの各々の分子に対する候補化合物との高精度ドッキングシミュレーションを機械学習を利用し実現した。さらに国際的コミュニティーを組織し、Garuda Platformの標準規約を設定し、正式版のリリースを達成した。これらの成果は国内外の製薬企業などにも利用され国際的普及が進んでいる。
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