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2011 年度 実績報告書

集団遺伝学理論と比較ゲノムによる非コードDNA領域の進化メカニズム

計画研究

研究領域ゲノムを支える非コードDNA領域の機能
研究課題/領域番号 23114004
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

研究機関総合研究大学院大学

研究代表者

印南 秀樹  総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 准教授 (90444140)

キーワード非コード領域 / 進化 / ゲノム
研究概要

本研究では、非コード領域にどのような自然選択の力が働き、どのような過程で進化してきたかを明らかにする。理論研究は一般的に非常に柔軟で、あらゆる生物種の幅広いタイプの非コード領域を研究対象にすることができる。そこから、非コード領域に共通する進化の法則を導きだし、その背後にある進化のメカニズムを理論的に解明する。遺伝学の仕事は常にその一般性を問わなければならない。本班の理論的研究から、あるモデル種を用いた研究成果が、どの程度の種の範囲まで適用できるのか?という一般性を問う問題に答えることが出来る。
本年度は、基礎的な集団遺伝学の理論構築に費やした。非コード領域に起こる突然変異が進化の過程でどのように振る舞うかを、理論的に解明した。結果は、Genetics, Molecular Biology and Evolutionなどの雑誌に掲載された。
一方、非コード領域の進化パターンを研究するために、メダカを含めたいくつかの種のゲノム塩基配列を決定した。進化の法則の一般性を見るために、敢えて非モデル種を選んだ。このプロジェクトに関しては、データのクオリティチェックを終えたのみで、解析は次年度に行う。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本領域の初年度ということで、新規のデータ無しでおこなえる、基礎的な理論的な研究に従事した。その成果は、直接データ解析に使えるものであり、次年度以降の発展が期待出来る。その意味で、本年度の達成度には満足している。
一方、非コード領域の進化パターンを研究するために、メダカを含めたいくつかの種のゲノム塩基配列を決定した。データのクオリティチェックを終えた段階であるが、その質は今後の解析に十分なものであることを確認している。

今後の研究の推進方策

本年度は、基礎的な理論の構築をおもに行った。今後は、それを実際のデータ解析に組み込むことで、より発展させる。同時に、メダカなどのゲノム進化解析を行う。また、本領域も2年目に入り、他班からも次世代シークエンサのデータが大量に出てくる予定である。そこで、他班との共同研究を主に行っていく。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件)

  • [雑誌論文] The coalescent with selection on copy number variants2012

    • 著者名/発表者名
      Teshima, K. M., and H. Innan, 2012
    • 雑誌名

      Genetics

      巻: 190 ページ: 1077-1086

    • DOI

      doi: 10.1534/genetics.111.135343

  • [雑誌論文] Modeling evolutionary growth of a microRNA-mediated regulation system2012

    • 著者名/発表者名
      Akita, T.
    • 雑誌名

      J. Theor. Biol.

      巻: 311 ページ: 54-65

    • DOI

      doi: 10.1016/j.jtbi.2012.07.011

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Neutral and non-neutral evolution of duplicated genes with gene conversion2011

    • 著者名/発表者名
      Fawcett, J. A.
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 2 ページ: 191-209

    • DOI

      doi:10.3390/genes2010191

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The rate and tract length of gene conversion between duplicated genes2011

    • 著者名/発表者名
      Mansai, S. P.
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 2 ページ: 313-331

    • DOI

      doi:10.3390/genes2020313

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selection fine tunes the expression of microRNA target genes in Arabidopsis thaliana.2011

    • 著者名/発表者名
      Takuno, S.
    • 雑誌名

      Mol. Biol. Evol.

      巻: 28 ページ: 2429-2434

    • DOI

      10.1093/molbev/msr084

    • 査読あり

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公開日: 2015-05-28  

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