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2013 年度 実績報告書

少数分子反応ネットワーク理論の構築-少数性と階層性の観点からのモデリング-

計画研究

研究領域少数性生物学―個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求―
研究課題/領域番号 23115007
研究機関広島大学

研究代表者

冨樫 祐一  広島大学, 理学研究科, 特任准教授 (50456919)

研究分担者 小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2016-03-31
キーワード生物物理学 / 情報幾何学 / 生体高分子 / 反応拡散系 / 複雑ネットワーク / Dynamic Disorder / 1分子時系列解析 / 数理モデル化
研究実績の概要

分子機械・分子複合体において少数個の分子・サブユニットが協調動作する基盤となる力学的情報伝達機構について、前年度、粗視化分子動力学計算を用いて評価する手法を確立した。本年度は、この手法を領域内の実験対象である分子モーター等に適用(A03-2今田班、公募A02曽和班・矢島班と連携)したほか、解析を自動化して様々なタンパク構造データに適用する試みを開始した。また、実際の細胞における反応ネットワークは多成分かつ著しく不均一であるため、それを考慮したモデルを用いた少数分子性の影響の評価を進めた。
少数性生物学に関するあらゆる計測はS/N比が悪く、データの解釈に解析上のアーティファクトが現れる危険性がある。前年度に開発した、観測量から背後に存在する物理量の任意の関数を不偏推定する解析理論を大腸菌内のATP濃度分布(A01-1野地班が計測)の解析に適用し対数正規性の原因を検討した。複数の要素から構成されるパターン・動態を決定づけるモジュールを同定する方法論の基礎づけを行った。細胞内タンパク質のトラッキングデータ(A02-2前島班)などから局所的な拡散挙動を評価するための変化点解析プログラムを新規に作成した。このほか、F1-ATPaseの非定常な回転時系列データ(A01-1野地班)から背後に潜むエナジェティクスを解明するための時系列解析手法を検討した。また、フラストレーションの小さいファネル型エネルギー地形であればあるほど、タンパク質モデルに対して分散の大きい自由度ではゆっくりした時間成分の有効温度がunfoldingとともに“高温”から“低温”へ移行することなどを明らかにした。加えて、前年度に構成した、拡散時系列から非熱的ゆらぎを評価する手法について、本年度は、その適用条件を明確にしたほか、分子モーター(公募A02矢島班)など領域内の実験データへの応用を開始した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究員の後任採用に時間を要したため、分子機械の力学応答・協調動作のモデル改良・解析に関して若干の遅れが生じ、繰越により4ヶ月間、研究期間を延長した。適任者を採用できたことで、以後の研究は、平成26年2月の着任後に開始した研究が同6月に論文投稿に至るなど、想定以上のペースで進展した。これにより、報告書作成時点で遅れは完全に解消している。これ以外の研究項目に関しては、概ね順調に進展している。

今後の研究の推進方策

引き続き、領域内の実験研究者との連携を重視し、実際のデータに即したモデル化と理論展開を進めていく。特に、次年度から新たに加わる公募班との連携は、期間が2年間と限られているため急務である。当計画班は、領域内の様々な実験との連携が強みであるが、それゆえに、モデル化・解析において取り組むべき課題が、参画するメンバーの体制に比して多くなっており、領域内からの要望の全てに応えることが難しくなっている。本年度は新たな試みとして、第6回領域会議内にて総括班の協力の下、当班研究代表者のオーガナイズにより、少数性生物学の新たな研究展開につながる可能性はあるものの解析・解釈が困難なために活用できていないデータを検討する会合(少数性生物学データ検討会)を開催した。当班だけでなく領域全体の研究推進のため、次年度以降も、こうした取り組みを通じ、理論・計算を専門とする研究者、特に、理論系の課題を展開する公募班との協力体制を強化する。

  • 研究成果

    (88件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 謝辞記載あり 3件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (79件) (うち招待講演 16件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Energetics of Single Active Diffusion Trajectories2014

    • 著者名/発表者名
      Soya Shinkai, Yuichi Togashi
    • 雑誌名

      Europhysics Letters

      巻: 105 ページ: 30002

    • DOI

      10.1209/0295-5075/105/30002

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Numerical Construction of Estimators for Single-Molecule Fluorescence Measurements2013

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawai, David Cooper, Christy F. Landes, Henning D. Mootz, Haw Yang, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 117 ページ: 8061-8074

    • DOI

      10.1021/jp402328m

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Aggregated Markov Model Using Time Series of Single Molecule Dwell Times with Minimum Excessive Information2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 111 ページ: 058301

    • DOI

      10.1103/PhysRevLett.111.058301

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Spatio-temporal Hierarchy in the Dynamics of a Minimalist Protein Model2013

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Matsunaga, Akinori Baba, Chun Biu Li, John Straub, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki, R. Berry
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 139 ページ: 215101

    • DOI

      10.1063/1.4834415

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non-Markovian Properties and Multiscale Hidden Markovian Network Buried in Single Molecule Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 139 ページ: 245101

    • DOI

      10.1063/1.4848719

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] タンパク質一分子計測から得られたマルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス
    • 年月日
      2014-03-30
  • [学会発表] 生体分子と水の過渡的な協同運動の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      寺本 央, 戸田 幹人, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス
    • 年月日
      2014-03-30
  • [学会発表] 粗視化モデルによるタンパク分子の力学応答の解析(2)2014

    • 著者名/発表者名
      冨樫 祐一
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス
    • 年月日
      2014-03-29
  • [学会発表] パターン形成における本質的な高次相関情報量の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      宮川 尚紀, 寺本 央, 河合 信之輔, 李 振風, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス
    • 年月日
      2014-03-28
  • [学会発表] ハミルトン系カオスのlog-Weibull則とNekhoroshevの定理2014

    • 著者名/発表者名
      田宮 裕治, 新海 創也, 相澤 洋二
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      東海大学湘南キャンパス
    • 年月日
      2014-03-28
  • [学会発表] 個別のアクティブ拡散時系列のエネルギー論―MSD解析を越えた地平―2014

    • 著者名/発表者名
      新海 創也
    • 学会等名
      非線形・非平衡系シンポジウム
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2014-03-13 – 2014-03-14
    • 招待講演
  • [学会発表] Conformational motions in protein machines: elastic-network computational studies2014

    • 著者名/発表者名
      Holger Flechsig
    • 学会等名
      2nd International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics
    • 発表場所
      広島大学広仁会館
    • 年月日
      2014-03-11
  • [学会発表] Structural Dynamics of Molecular Machinery: A Modeling Scheme of Chromatin2014

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      2nd International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics
    • 発表場所
      広島大学広仁会館
    • 年月日
      2014-03-11
  • [学会発表] Instantaneous diffusion coefficient derived from energetics of single active diffusion trajectories2014

    • 著者名/発表者名
      Soya Shinkai
    • 学会等名
      2nd International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics
    • 発表場所
      広島大学広仁会館
    • 年月日
      2014-03-11
  • [学会発表] タンパク質の時系列から得られたMarkov連鎖の解析に向けて:グラフの分割とクラスタリングで定義する複雑な化学反応における状態とその時間階層構造2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 堀山 貴史, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      2013年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • 発表場所
      北海道大学シオノギ創薬イノベーションセンター
    • 年月日
      2014-03-10
  • [学会発表] 少数分子反応ネットワーク理論の構築 (4)2014

    • 著者名/発表者名
      冨樫 祐一, 小松崎 民樹, 李 振風, 寺本 央, 新海 創也
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議
    • 発表場所
      ヒルトンニセコビレッジ
    • 年月日
      2014-02-21 – 2014-02-22
  • [学会発表] Extracting the Underlying Free Energy Landscape Buried in Photon-by-Photon based Single-Molecule Measurements2014

    • 著者名/発表者名
      J. Nick Taylor, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議
    • 発表場所
      ヒルトンニセコビレッジ
    • 年月日
      2014-02-21 – 2014-02-22
  • [学会発表] Constructing Kinetic Scheme Objectively from Dwell-Time Time Series with Exact Information Content2014

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議
    • 発表場所
      ヒルトンニセコビレッジ
    • 年月日
      2014-02-21 – 2014-02-22
  • [学会発表] 生体分子と水の過渡的な協同運動の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      寺本 央, 戸田 幹人, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議
    • 発表場所
      ヒルトンニセコビレッジ
    • 年月日
      2014-02-21 – 2014-02-22
  • [学会発表] Conformational motions in protein machines: elastic-network computational studies2014

    • 著者名/発表者名
      Holger Flechsig
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議
    • 発表場所
      ヒルトンニセコビレッジ
    • 年月日
      2014-02-21 – 2014-02-22
  • [学会発表] 個別のアクティブ拡散時系列のエネルギー論―平均二乗変位解析を越えた地平―2014

    • 著者名/発表者名
      新海 創也, 冨樫 祐一
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第6回領域会議
    • 発表場所
      ヒルトンニセコビレッジ
    • 年月日
      2014-02-21 – 2014-02-22
  • [学会発表] 核内拡散現象からクロマチン構造やエネルギー散逸を定量化する理論の構築2014

    • 著者名/発表者名
      新海 創也
    • 学会等名
      数学協働プログラム「生命ダイナミックスの数理とその応用」
    • 発表場所
      東京大学数理科学研究科
    • 年月日
      2014-01-21
  • [学会発表] 分子機械システムの力学的応答:遺伝子の構造と発現をつなぐ理論に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      冨樫 祐一
    • 学会等名
      数学協働プログラム「生命ダイナミックスの数理とその応用」
    • 発表場所
      東京大学数理科学研究科
    • 年月日
      2014-01-21
  • [学会発表] コロイド流体の動的協同運動のLagrangian Coherent Structureによる抽出2014

    • 著者名/発表者名
      寺本 央, Preetom Nag, Chun Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      北海道大学電子科学研究所平成25年度研究交流会
    • 発表場所
      北海道大学電子科学研究所
    • 年月日
      2014-01-10
  • [学会発表] 軌道レベルのスペクトルによる軌道の複雑さの特徴付け2014

    • 著者名/発表者名
      寺本 央
    • 学会等名
      2013年度冬の力学系研究集会
    • 発表場所
      広島大学東千田キャンパス
    • 年月日
      2014-01-10
  • [学会発表] Time Series, Networks and Dynamics: A Perspective from the Information Theory2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Extracting the Protein-folding Dynamics from Single Molecule Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Ibe, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] Information of multi-order correlation in pattern formation2013

    • 著者名/発表者名
      Naoki Miyagawa, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] Coherent dynamics in colloidal fluids in terms of Lagrangian Coherent Structures (LCSs)2013

    • 著者名/発表者名
      Preetom Nag, Hiroshi Teramoto, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] Toward understanding hierarchical structure of complex reaction networks extracted from single molecule time series2013

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Takashi Horiyama, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] Scrutiny of Heterogeneity in Memory by Extracting Reaction Network Buried in Single Molecule Time Series of EGFR and Grb22013

    • 著者名/発表者名
      Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] An Information-Theoretical Approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series2013

    • 著者名/発表者名
      J. Nick Taylor, Chun Biu Li, Shinnosuke Kawai, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] Relation between dynamics of individual trajectories and that of their ensemble distributions -Spectral Analysis of Individual Trajectories-2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 14th RIES-HOKUDAI International Symposium 網[mou]
    • 発表場所
      シャトレーゼ ガトーキングダム サッポロ
    • 年月日
      2013-12-11
  • [学会発表] 分子間相互作用と化学反応の「ゆらぎ」とは?―遺伝子発現という奇妙なシステムに対する理論の試み2013

    • 著者名/発表者名
      冨樫 祐一
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会 ワークショップ「遺伝子発現のゆらぎ・学習の動作原理を測る・導く」
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル
    • 年月日
      2013-12-04
    • 招待講演
  • [学会発表] Essential Coordinates to Describe the Dynamics of Many-atom Systems2013

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawai, Hiroshi Teramoto, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      5th JCS International Symposium on Theoretical Chemistry
    • 発表場所
      東大寺総合文化センター
    • 年月日
      2013-12-03
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質一分子の計測から得られた定常マルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト「2013年度 秋のワークショップ」
    • 発表場所
      第一滝本館
    • 年月日
      2013-11-27
  • [学会発表] スペクトル解析による生体分子の構造転移モードの解析2013

    • 著者名/発表者名
      寺本 央, 戸田 幹人, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第1回アライアンス若手研究交流会~計算・計測・合成の融合~
    • 発表場所
      東北大学片平キャンパス
    • 年月日
      2013-11-26
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質一分子の計測から得られた定常マルコフ連鎖がもつ時間階層構造の理解に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, 堀山 貴史, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト「2013年度 秋のワークショップ」(インタラクティブセッション)
    • 発表場所
      第一滝本館
    • 年月日
      2013-11-25
  • [学会発表] 瞬間拡散係数を用いた核内クロマチンダイナミクスの解析理論2013

    • 著者名/発表者名
      新海 創也
    • 学会等名
      定量生物学の会第6回年会
    • 発表場所
      大阪大学銀杏会館
    • 年月日
      2013-11-23 – 2013-11-24
  • [学会発表] 分子個性(Dynamic disorder):一分子生物学から産まれた新しい概念?2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第2回バイオ単分子研究会
    • 発表場所
      つなぎ温泉 紫苑
    • 年月日
      2013-11-10
    • 招待講演
  • [学会発表] Spying “Minorities” in Reaction Networks in the Cell2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      The 15th Annual Meeting of the Life Science Association of Chinese in Japan
    • 発表場所
      大阪医科大学
    • 年月日
      2013-11-03
    • 招待講演
  • [学会発表] Coherent dynamics in colloidal fluids in terms of Lagrangian coherent structures (LCS)2013

    • 著者名/発表者名
      Preetom Nag , Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-30
  • [学会発表] Quantifying the absolute ATP concentration inside single bacteria cells2013

    • 著者名/発表者名
      Hideyuki Yaginuma, Shinnosuke Kawai, Keisuke Tomiyama, Kazuhito V. Tabata, Tamiki Komatsuzaki, Hiromi Imamura, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-30
  • [学会発表] An Information-Theoretical approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series2013

    • 著者名/発表者名
      J. Nick Taylor, Chun Biu Li, Shinnosuke Kawai, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-30
  • [学会発表] A Multiscale Kinetic Scheme Extracted from EGFR-Grb2 Single Molecule Reaction2013

    • 著者名/発表者名
      Tahmina Sultana, Hiroaki Takagi, Miki Morimatsu, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Yasushi Sako, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-29
  • [学会発表] 一分子時系列から抽出されたマルコフ連鎖定常ネットワークにおける遷移確率が“最小”となる分子の“状態”の同定2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-29
  • [学会発表] 分子イメージングから要素間の高次相互作用の定量化に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-29
    • 招待講演
  • [学会発表] Screening for Mechanical Communication in Proteins by Coarse-Grained Molecular Dynamics2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-29
  • [学会発表] Inferring Kinetics Objectively from Single Molecule Time Series with Full Information Content2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-28
    • 招待講演
  • [学会発表] Let Systems Tell for themselves: Energy Landscape and Complex Network2013

    • 著者名/発表者名
      James N. Taylor, Shinnosuke Kawai, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Technologies for Medical Diagnosis and Therapy Symposium
    • 発表場所
      Academia Sinica, Taiwan
    • 年月日
      2013-10-21
  • [学会発表] Toward the Decoding of Single Nucleotides Tunneling Current by Change Point Analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Technologies for Medical Diagnosis and Therapy Symposium
    • 発表場所
      Academia Sinica, Taiwan
    • 年月日
      2013-10-21
  • [学会発表] Dynamic Disorder 再考:解析の虚実2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2013
    • 発表場所
      広島大学理学部
    • 年月日
      2013-10-11
    • 招待講演
  • [学会発表] エネルギー論的にwell-definedな瞬間拡散係数とその核内ダイナミクスへの応用に向けて2013

    • 著者名/発表者名
      新海 創也
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2013
    • 発表場所
      広島大学理学部
    • 年月日
      2013-10-11
  • [学会発表] 粗視化モデルによるタンパクの力学応答スクリーニングの試み2013

    • 著者名/発表者名
      冨樫 祐一
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2013
    • 発表場所
      広島大学理学部
    • 年月日
      2013-10-11
  • [学会発表] 個々の軌道の振舞いとその集団分布の振舞いの関係~一軌道レベルでのスペクトル解析法とそれによる溶質分子と水の協同運動の抽出~2013

    • 著者名/発表者名
      寺本 央, 戸田 幹人, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第36回溶液化学シンポジウム プレシンポジウム
    • 発表場所
      北海道大学学術交流会館
    • 年月日
      2013-10-08
    • 招待講演
  • [学会発表] 定常マルコフ連鎖から階層構造を抽出する際に生じる組み合わせ爆発2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, 堀山 貴史, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      湊離散構造処理系プロジェクト ERATO セミナー
    • 発表場所
      北海道大学工学部
    • 年月日
      2013-10-01
  • [学会発表] スケールフリー性を持った触媒反応ネットワークにおける分子数の離散性の影響2013

    • 著者名/発表者名
      大仲 修平, 羅 志偉, 冨樫 祐一
    • 学会等名
      日本物理学会2013年秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学常三島キャンパス
    • 年月日
      2013-09-28
  • [学会発表] 異常拡散の出現機構の新たな提案とその動的解析2013

    • 著者名/発表者名
      新海 創也, 冨樫 祐一
    • 学会等名
      日本物理学会2013年秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学常三島キャンパス
    • 年月日
      2013-09-28
  • [学会発表] 時間スケールに依存して変化する実効自由度とエネルギー地形2013

    • 著者名/発表者名
      河合 信之輔, 寺本 央, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会2013京都
    • 発表場所
      京都テルサ
    • 年月日
      2013-09-25
  • [学会発表] The Hidden Markov Modeling with Exact Information Content of Dwell-Time Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li
    • 学会等名
      Complexity Sciences Center
    • 発表場所
      Physics Department, University of California at Davis, U.S.A.
    • 年月日
      2013-09-17
    • 招待講演
  • [学会発表] When Computational Mechanics Meets Single Molecule Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li
    • 学会等名
      2013 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications
    • 発表場所
      Santa Fe Community Convention Center, U.S.A.
    • 年月日
      2013-09-11
    • 招待講演
  • [学会発表] クロマチンダイナミクスとエルゴード性2013

    • 著者名/発表者名
      新海 創也
    • 学会等名
      力学系・カオス・複雑系のエルゴード論
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2013-08-29
  • [学会発表] Co-operative motion in colloidal fluids in terms of Lagrangian Coherent Structures (LCS)2013

    • 著者名/発表者名
      Nag Preetom,寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル
    • 年月日
      2013-08-25
  • [学会発表] Information of multi-order correlation in pattern formation2013

    • 著者名/発表者名
      宮川 尚紀, 寺本 央, Li Chun-Biu, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル
    • 年月日
      2013-08-25
  • [学会発表] Identifying the most distinct disjoint sets to extract hierarchical structure in Markov chain steady state network extracted from time series by finding “minimum” transition probability2013

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, 堀山 貴史, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル
    • 年月日
      2013-08-25
  • [学会発表] Spectral Analysis of Dynamics from a given Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      寺本 央
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル
    • 年月日
      2013-08-24
  • [学会発表] Toward System Molecular Biology & Data Science2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル
    • 年月日
      2013-08-23
  • [学会発表] An Information-Theoretical approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series2013

    • 著者名/発表者名
      Nick Taylor
    • 学会等名
      A Symposium on Single Molecule Biophysics and Cyt c Biochemistry
    • 発表場所
      定山渓ビューホテル
    • 年月日
      2013-08-23
  • [学会発表] 実験データからノイズを取り除き背後の物理量を評価する方法2013

    • 著者名/発表者名
      河合 信之輔, David Cooper, Christy Landes, Henning D. Mootz, Haw Yang, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部2013年夏季研究発表会
    • 発表場所
      北見工業大学
    • 年月日
      2013-07-20
  • [学会発表] Revisiting Energy Landscape, Timescale, Coarse-Graining2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Chemistry and Dynamics in Complex Environments
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School, U.S.A.
    • 年月日
      2013-06-27
    • 招待講演
  • [学会発表] Coherent Dynamics in Colloidal Fluids in terms of Lagrangian Coherent Structure2013

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School, U.S.A.
    • 年月日
      2013-06-19
  • [学会発表] Identifying states in Markov chain steady state network extracted from time series by finding minimum transition probability2013

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School, U.S.A.
    • 年月日
      2013-06-18
  • [学会発表] Does Dynamic Disorder Exist in the Enzymatic Reactions on the Single Molecule Level?2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School, U.S.A.
    • 年月日
      2013-06-17
  • [学会発表] Revisiting Energy Landscape & Extracting it from FRET measurement2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics and Kinetics in Many Dimensions
    • 発表場所
      Telluride Intermediate School, U.S.A.
    • 年月日
      2013-06-16
  • [学会発表] 少数分子反応ネットワーク理論の構築 (3)少数性を知るための解析・モデリング2013

    • 著者名/発表者名
      冨樫 祐一, 小松崎 民樹, 李 振風, 寺本 央, 新海 創也
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第5回領域会議
    • 発表場所
      びわこクラブ
    • 年月日
      2013-06-15
  • [学会発表] スケールフリー性を持った触媒反応ネットワークにおける分子数の離散性の影響2013

    • 著者名/発表者名
      大仲 修平
    • 学会等名
      新学術領域研究「少数性生物学」第5回領域会議
    • 発表場所
      びわこクラブ
    • 年月日
      2013-06-15
  • [学会発表] Complex Intramolecular Mechanics of Protein Machines2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      Engineering of Chemical Complexity, 7th International Conference
    • 発表場所
      Hotel Hohe Duene, Germany
    • 年月日
      2013-06-13
  • [学会発表] Unbiased estimation of physical properties in noisy experimental data2013

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawai, David Cooper, Christy Landes, Henning D. Mootz, Haw Yang, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics: From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements"
    • 発表場所
      岡崎カンファレンスセンター
    • 年月日
      2013-05-25
  • [学会発表] An Information Theoretical approach to Local Equilibrium State Analysis for Single-Molecule Time-Series2013

    • 著者名/発表者名
      Nick Taylor
    • 学会等名
      IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics: From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements"
    • 発表場所
      岡崎カンファレンスセンター
    • 年月日
      2013-05-25
  • [学会発表] Data-driven Approach to Unveil Single Molecule Kinetics from Dwell-Time Time Series2013

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li
    • 学会等名
      IMS Workshop on "Hierarchical Molecular Dynamics: From Ultrafast Spectroscopy to Single Molecule Measurements"
    • 発表場所
      岡崎カンファレンスセンター
    • 年月日
      2013-05-25
  • [学会発表] データ駆動型モデリングと一分子動態解析における虚実2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第69回学術講演会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク
    • 年月日
      2013-05-22
    • 招待講演
  • [学会発表] 生体分子の長時間ダイナミクスと実効的自由度2013

    • 著者名/発表者名
      河合 信之輔
    • 学会等名
      第16回理論化学討論会
    • 発表場所
      福岡市健康づくりサポートセンター
    • 年月日
      2013-05-15
  • [学会発表] A microscopic ruler tells us the underlying networks in single molecule measurements2013

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Nanoscale Science Seminars 2013: A Microscopic ruler tells us the underlying networks in single molecule measurements
    • 発表場所
      Max Planck Institute for Solid State Research, Germany
    • 年月日
      2013-05-13
    • 招待講演
  • [学会発表] 階層性と多様性を内包する生命動態システムの解析基盤創成2013

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹, Chun Biu Li, 寺本 央, 河合 信之輔, James N. Taylor
    • 学会等名
      平成24年度アライアンス成果報告会
    • 発表場所
      北海道大学学術交流会館
    • 年月日
      2013-04-23
  • [図書] 「ラグランジュ協同構造―流体の流れに隠れた骨格」(パリティ2013年11月号内)2013

    • 著者名/発表者名
      Thomas Peacock, George Haller; 小松崎民樹 訳
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      丸善出版
  • [備考] 少数性生物学-個と多数の狭間が織りなす生命現象の探求-

    • URL

      http://www.paradigm-innovation.jp/

  • [備考] 冨樫グループ

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

  • [備考] 小松崎グループ

    • URL

      http://mlns.es.hokudai.ac.jp/

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公開日: 2016-06-01  

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