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2011 年度 実績報告書

ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明

計画研究

研究領域マトリョーシカ型進化原理
研究課題/領域番号 23117006
研究機関筑波大学

研究代表者

稲垣 祐司  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)

研究分担者 小保方 潤一  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授 (50185667)
キーワードオルガネラ進化 / ゲノム進化 / 共生 / 光合成 / 窒素固定
研究概要

Rhopalodia科珪藻類を用いた研究
楕円体ゲノム解読を開始した。Rhopalodia科珪藻類Epithemia turgidaの培養株から楕円体を粗精製し、DNAを抽出した。次に楕円体DNAを全ゲノム増幅し、パイロシークエンス用DNAライブラリーを作成した。現在このライブラリーをイルミナシークエンシングしている。
網羅的発現遺伝子(EST)解析の準備を開始したが、Epithemia turgidaの増殖状態が悪化し、cDNAライブラリー作成に十分なだけの細胞を取得できなかった。現在楕円体ゲノムシークエンスしているE.turgida株が単離された場所を初め、複数地点から単離と培養株化を行った。
有殻アメーバPaulinellaを用いた研究
筑波大学で単離した株を含むPaulinella Chromatophoraの培養株4種を筑波大学より分与して頂き、培養条件の検討を開始した。培地の組成、培養温度、光強度、明暗時間等を株毎に再検討し、ゲノム・トランスクリプトーム解析に用いる株とその培養条件を絞り込んだ。また、検討したいずれの株についてもバクテリアや糸状菌の混入が認められたため、混入微生物の量を減らす実験条件の検討をあわせて行っている。また、最も生育の速い株から実際にRNAを抽出し、完全長cDNA解析のための実験条件の検討を始めた。本研究ではPaulinella chromatophoraの核遺伝子について、転写開始点やプロモーターの生成機構に関する解析を進める予定だが、その先行モデルとして、本年度はシロイヌナズナのプロモーター生成機構に関する研究もあわせて行い、pol IIプロモーターのDe novo生成の過程で、転写されるコード領域にあるATG開始コドンが重要な働きをしていることを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

Epithemia turgidaの楕円体ゲノム解析は順調に進んでいるが、宿主珪藻細胞の増殖が悪化したため網羅的発現遺伝子(EST)解析の準備演遅れている。

今後の研究の推進方策

Epithemia turgidaをはじめRhopalodia科珪藻類を自然環境から単離・培養株化を早急に行う。増殖のよい培養株については、E.turgidaか否かに関係なく網羅的発現遺伝子(EST)解析を行う。またE.turgida以外が培養株になった場合、当該珪藻株の楕円体ゲノムを再度決定しなおす。
培養条件の確定したPaulinella株を大量培養し、研究計画通りcDNAライブラリーの作成、EST解析を実施する。また当該培養株の有色体ゲノムの解読も、必要なら実施する。

  • 研究成果

    (39件)

すべて 2012 2011

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (32件)

  • [雑誌論文] Green-colored plastids in the dinoflagellate genus Lepidodinium are of core chlorophyte origin2011

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto T, Shinozaki F, Chikuni T, Yabuki A, Takishita K, Kawachi M, Nakayama T, Inouye I, Hashimoto T, Inagaki Y
    • 雑誌名

      Protist

      巻: 162 ページ: 268-276

    • DOI

      10.1016/j.protis.2010.07.001

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tsukubamonas globosa n.g., n.sp., a novel excavate flagellate possibly holding a key for the early evolution in "Discoba."2011

    • 著者名/発表者名
      Yabuki A, Nakayama T, Yubuki N, Hashimoto T, Ishida K, Inagaki Y
    • 雑誌名

      Journal of Eukaryotic Microbiology

      巻: 58 ページ: 319-331

    • DOI

      10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A deviant genetic code in the green alga-derived plastid in the dinoflag ellate Lepidodinium chlorophorum2011

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto T, Ishikawa SA, Hashimoto T, Inagaki Y
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      巻: 60 ページ: 68-72

    • DOI

      10.1016/j.ympev.2011.04.010

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multigene phylogenetic analyses including diverse radiolarian species support the "Retaria" hypothesis-the sister relationship of Radiolaria and Foraminifera2011

    • 著者名/発表者名
      Ishitani Y, Ishikawa SA, Inagaki Y, Tsuchiya M, Takahashi K, Takishita K
    • 雑誌名

      Marine Micropaleontology

      巻: 162 ページ: 268-276

    • DOI

      10.1016/j.marmicro.2011.06.007

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel spliceosome-mediated trans-splicing can change our view on the genome complexity of the divergent eukaryote Giardia intestinalis2011

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R, Inagaki Y, Hashimoto T
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 3 ページ: 193-197

    • DOI

      10.1007/s12551-011-0058-3

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Splintrons in Giardia intestinalis : Spliceosomal introns in a split form2011

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R, Inagaki Y, Roger AJ, Hashimoto T
    • 雑誌名

      Communicative & Integrative Biology

      巻: 4 ページ: 1-3

    • DOI

      10.4161/cib.4.4.15466

  • [雑誌論文] Characterization of core promoter types with respect to gene structure and expression in Arabidopsis thaliana2011

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto YY, Yoshioka Y, Hyakumachi M, Obokata J
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 11 ページ: 333-342

    • DOI

      10.1093/dnares/dsr020

    • 査読あり
  • [学会発表] 糞線虫の持つ細菌様フェロケラターゼ遺伝子の同定2012

    • 著者名/発表者名
      長安英治、石川奏太、竹谷茂、稲垣祐司、吉田彩子、丸山治彦
    • 学会等名
      第81回日本寄生虫学会大会
    • 発表場所
      兵庫・西宮・兵庫県立大学
    • 年月日
      20120323-20120324
  • [学会発表] 高等植物において遺伝子コード領域の存在は転写型ジーンサイレンシングを抑制する2012

    • 著者名/発表者名
      松尾充啓、佐藤壮一郎、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
    • 学会等名
      第53回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      京都・京都・京都産業大学
    • 年月日
      20120316-20120318
  • [学会発表] 遺伝子重複領域内のATG開始コドンが転写状態に与える影響について2012

    • 著者名/発表者名
      佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
    • 学会等名
      第53回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      京都・京都・京都産業大学
    • 年月日
      20120316-20120318
  • [学会発表] 緑藻ハネモのオルガネラの蛍光標識と盗葉緑体研究への応用2012

    • 著者名/発表者名
      石井寿季、安井孝彰、中塚直樹、佐藤壮一郎、松尾充啓、平野弥生、本村泰三、小保方潤一
    • 学会等名
      第53回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      京都・京都・京都産業大学
    • 年月日
      20120316-20120318
  • [学会発表] 珪藻細胞中の窒素固定に特化したオルガネラ「楕円体」:オルガネラ獲得過程理解にむけた新たなモデル2011

    • 著者名/発表者名
      稲垣祐司、中山卓郎、笠井文絵、大河内直彦
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神奈川・横浜・パシフィコ横浜(招待講演)
    • 年月日
      20111213-20111216
  • [学会発表] 遺伝子重複領域内のATG開始コドンの保存性が転写状態の持続性に及ぼす影響について2011

    • 著者名/発表者名
      佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会
    • 発表場所
      神奈川・横浜・パシフィコ横浜
    • 年月日
      20111213-20111216
  • [学会発表] 複数遺伝子解析により明らかとなった放散虫と有孔虫の姉妹関係2011

    • 著者名/発表者名
      石谷佳之、石川奏太、稲垣祐司、土屋正史、瀧下清貴
    • 学会等名
      第11回放散虫研究集会
    • 発表場所
      愛媛・松山・愛媛大学
    • 年月日
      20111029-20111030
  • [学会発表] 植物の核ゲノムにはATG開始コドンを介したプロモーター機能領域の出現メカニズムがある2011

    • 著者名/発表者名
      松尾充啓、佐藤壮一郎、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
    • 学会等名
      日本遺伝学会第83回大会
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110920-20110922
  • [学会発表] 植物ゲノム上でのプロモーター機能領域の出現に対するATG開始コドンの役割2011

    • 著者名/発表者名
      佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一
    • 学会等名
      日本植物学会第75回大会
    • 発表場所
      東京・東京・東京大学(駒場)
    • 年月日
      20110917-20110919
  • [学会発表] Tsukubamonas globosa is a deep-branching member in the Discoba clade : Morphology, phylogenomics, and mitochondrial genome2011

    • 著者名/発表者名
      Yabuki A, Kamikawa R, Kolisko M, Ishikawa SA, Ishida K, Simpson AGB, Roger AJ, Inagaki Y
    • 学会等名
      IUMS2011
    • 発表場所
      北海道・札幌・札幌コンベンションセンター(招待講演)
    • 年月日
      20110906-20110911
  • [学会発表] Trans-splicing of split introns is required for the expressions-of indispen sable genes in Giardia intestinalis2011

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R., Inagaki Y, Roger AJ, Hashimoto T
    • 学会等名
      IUMS2011
    • 発表場所
      北海道・札幌・札幌コンベンションセンター(招待講演)
    • 年月日
      20110906-20110911
  • [学会発表] Spliceosomal introns in a split form : Another aspect of intron evolution in eukaryotes2011

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R, Inagaki Y, Roger AJ, Hashimoto T
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum2011

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto T, Kamikawa R, Hashimoto T, Inagaki Y
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] The phylogenetic position of the katablepharid Leucocryptos marina based on seven mitochondrial gene sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Nishimura Y, Kamikawa R, Inagaki Y, Hashimoto T
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] Difference in transcriptional regulation between two genes encoding plastid-targeted GAPDH in the dinoflagellate Karenia mikimotoi2011

    • 著者名/発表者名
      Yazaki Y, Kamikawa R, Matsumoto T, Hashimoto T, Inagaki Y
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] Intragenomic gene conversion in the evolution of bacterial peptide-chain release factors2011

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa S, Kamikawa R, Inagaki Y
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] Effective bootstrapping : A new method for estimating accurate credibilities of splits on a phylogenetic tree2011

    • 著者名/発表者名
      Tanabe AS, Inagaki Y, Hashimoto T, Tsuji M, Sato M
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] Molecular phylogeny of the amitochondriate lineage, Fornicata, based on multi-gene analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Komatsuzaki H, Takishita K, Kolisko M, Yabuki A, Roger AJ, Simpson AGB, Inagaki Y, Hashimoto T
    • 学会等名
      SMBE2011
    • 発表場所
      京都・京都・京都大学
    • 年月日
      20110726-20110730
  • [学会発表] 真核生物ゲノムの可塑性:渦鞭毛藻類葉緑体関連遺伝子の起源を例に2011

    • 著者名/発表者名
      稲垣祐司
    • 学会等名
      日本地球惑星科学連合2011年大会
    • 発表場所
      千葉・幕張メッセ国際会議場
    • 年月日
      20110522-20110527
  • [学会発表] Rhopalodia科珪藻に見られる細胞内共生シアノバクテリアの起源と分子進化2011

    • 著者名/発表者名
      中山卓郎、池上裕子、中山剛、井上勲、稲垣祐司、笠井文絵
    • 学会等名
      日本地球惑星科学連合2011年大会
    • 発表場所
      千葉・幕張メッセ国際会議場
    • 年月日
      20110522-20110527
  • [学会発表] 新奇真核微生物からの大規模配列データで変貌し続ける、我々の真核生物大系統像2011

    • 著者名/発表者名
      稲垣祐司、矢吹彬憲、神川龍馬
    • 学会等名
      第31回微生物系統分類研究会
    • 発表場所
      埼玉・和光・理化学研究所(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-25
  • [学会発表] Recent progress in placing newly-discovered lineages of protists in the deep tree of eukaryotes2011

    • 著者名/発表者名
      Inagaki Y
    • 学会等名
      CGEB meeting
    • 発表場所
      カナダ・ハリファックス・Dalhousie大学(招待講演)
    • 年月日
      2011-08-06
  • [学会発表] 渦鞭毛藻Lepidodinium「葉緑体型」GAPDH遺伝子の転写活性比較2011

    • 著者名/発表者名
      矢崎裕規、神川龍馬、松本拓也、橋本哲男、稲垣祐司
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] ミトコンドリア7遺伝子に基づくカタブレファリス類Leucocryptos marinaの系統的位置2011

    • 著者名/発表者名
      西村祐貴、神川龍馬、稲垣祐司、橋本哲男
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] 159遺伝子データに基づく従属栄養性真核微生物Palpitomonas bilixの系統的位置2011

    • 著者名/発表者名
      矢吹彬憲、神川龍馬、Martin Kolisko、石田健一郎、田辺晶史、橋本哲男、稲垣祐司
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] Tsukubamonas globosaのPhylogenomic解析と部分的ミトコンドリアゲノム配列2011

    • 著者名/発表者名
      神川龍馬、矢吹彬憲、Martin Kolisko、西村祐貴、石川奏太、石田健一郎、橋本哲男、Andrew J Roger、Alastair GB Simpson、稲垣祐司
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大(Poster)
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] 複数遺伝子解析により得られた放散虫と有孔虫の姉妹関係2011

    • 著者名/発表者名
      石谷佳之、石川奏太、稲垣祐司、土屋正史、瀧下清貴
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] 寄生性真核微生物Giardiaの縮退ゲノムにおける複雑な遺伝子発現2011

    • 著者名/発表者名
      神川龍馬、稲垣祐司、Andrew J Roger、橋本哲男
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] 真核生物における翻訳伸長因子EF-1alphaおよび翻訳伸長因子様タンパク質EFLの進化2011

    • 著者名/発表者名
      神川龍馬、稲垣祐司
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] 緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium chlorophorumが持つ共生体退化核遺伝子について2011

    • 著者名/発表者名
      松本拓也, 神川龍馬, 橋本哲男, 稲垣祐司
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] ミトコンドリアをもたないプロティスト分類群'Fornicata'の分子系統:複数遺伝子に基づく解析2011

    • 著者名/発表者名
      小松崎洋志、瀧下清貴、Marin Kolisko、矢吹彬憲、雪吹直史、稲垣祐司、橋本哲男、Andrew J Roger、Alastair GB Simpson
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11
  • [学会発表] Red vs.Green : Apicomplexa類における退化型葉緑体apicoplastの起源に関する分子系統学的研究2011

    • 著者名/発表者名
      石川奏太、稲垣祐司、橋本哲男
    • 学会等名
      第5回日本進化原生生物学研究会
    • 発表場所
      富山・富山・富山大
    • 年月日
      2011-07-11

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公開日: 2013-06-26  

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