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2016 年度 実績報告書

知能分子ロボット実現に向けた化学反応回路の設計と構築

計画研究

研究領域感覚と知能を備えた分子ロボットの創成
研究課題/領域番号 24104003
研究機関電気通信大学

研究代表者

小林 聡  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (50251707)

研究分担者 山下 雅史  九州大学, システム情報科学研究院, 教授 (00135419)
小宮 健  東京工業大学, 情報理工学院, 助教 (20396790)
鈴木 泰博  名古屋大学, 情報科学研究科, 准教授 (50292983)
藤本 健造  北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (90293894)
研究期間 (年度) 2012-06-28 – 2017-03-31
キーワード分子ロボット / DNAコンピュータ / 自己組織化 / 知能ロボティクス / 生体生命情報学
研究実績の概要

化学反応回路の設計論と高性能化に関する成果,分子ロボットプロトタイプの構築に関する成果,新しい計算モデルに関する成果を収めた.
化学反応回路の設計論については,Time Responsiveなアナログ回路の設計論を理論的に確立した.関数の標準形という概念を導入し,目的の関数を近似的に化学反応で実装する手法を考案した.テイラー近似可能な任意の関数を用いた分類タスクを,提案した手法により近似的に設計できることを示した.回路の高性能化については,光架橋反応におけるピリミジン5位の置換基の影響を調べることにより,これまで報告したDNA鎖置換反応の速度を制御できることを見出した.また,DNA鎖置換反応を用いた新規光開裂反応を開発し、配列選択的に室温条件下での光開裂を実現した.さらに,高次構造を形成し、検出が困難な標的rRNAに対して有効な新規RNA FISH法の開発に成功した.
分子ロボットのプロトタイプ構築に関しては,機能要素間の「分子濃度ギャップ」を克服するDNAシグナル増幅回路の性能を向上させて,ベシクル内で機能させることに成功した.さらに,前年度の感覚班との連携による設計を発展させ,アメーバ班とも連携して全機能要素を統合したアメーバ型分子ロボットの構築に取り組み,動作の検証を行った.
新しい計算モデルについては,分子ロボットシステムを分散システムの観点からモデル化し,分子ロボットの持つべき特性を明らかにする研究を進展させた.これまでは,2次元空間を移動するロボットを想定してきたが,本年度は,3次元空間を移動するロボットを対象として,重要な進展が得られた.環境に適応する化学反応による計算モデルについては,抽象化学系でニューラルネットワークを構築し音声入出力を介し環境変動に適応的に動作する系を構築した.また自己維持的なDNA反応系を用いて環境変動に適応して反応を維持する系を実現した.

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (42件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (19件) (うち国際共著 1件、 査読あり 18件、 謝辞記載あり 18件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 8件、 招待講演 5件) 図書 (2件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] University of Ottawa/Carleton University(Canada)

    • 国名
      カナダ
    • 外国機関名
      University of Ottawa/Carleton University
  • [雑誌論文] Plane Formation by Synchronous Mobile Robots in the Three Dimensional Euclidean Space2017

    • 著者名/発表者名
      Yukiko Yamauchi, Taichi Uehara, Shuji Kijima, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Journal of the ACM

      巻: - ページ: 印刷中

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Molecular Artificial Intelligence by using DNA reactions2017

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki, Rie Taniguchi
    • 雑誌名

      Proceedings of International Conference on Artificial Life and Robotics 2017

      巻: - ページ: 591-594

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Neural Networks by using Self-Reinfocement Reactions2017

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki
    • 雑誌名

      Proc. of International Conference on Artificial Life and Robotics 2017

      巻: - ページ: 595-598

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Artificial Chemistry by Sound Waves2017

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki
    • 雑誌名

      International Conference on Artificial Life and Robotics 2017

      巻: - ページ: 599-602

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] RNA fluorescence in situ hybridization using 3-cyanovinylcarbazole modified oligodeoxyribonucleotides as photo-cross-linkable probes2016

    • 著者名/発表者名
      Kenzo Fujimoto, Kei Toyosato, Shigetaka Nakamura; Takashi Sakamoto
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      巻: 26 ページ: 5312-5314

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2016.09.035

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Sequence-specific DNA photo-splitting of 3-cyanovinylcarbazole using DNA strand displacement2016

    • 著者名/発表者名
      Shigetaka Nakamura, Hayato Kawabata, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 17 ページ: 1499 - 1503

    • DOI

      10.1002/cbic.201600236

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Effect of 5-substitution of uracil base in DNA photo-cross-linking using 3-cyanovinylcarbazole2016

    • 著者名/発表者名
      Shigetaka Nakamura, Hayato Kawabata, Hodaka Muramatsu, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 45 ページ: 887 - 889

    • DOI

      10.1246/cl.160382

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] UVA Responsive Anticancer Prodrugs Based on Photoinduced Electron Injection into Oligonucleotide Having 5-Halouracils2016

    • 著者名/発表者名
      Kenzo Fujimoto, Mirei Furusawa, Shigetaka Nakamura, Takashi Sakamoto
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 45 ページ: 1078-1080

    • DOI

      10.1246/cl.160492

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Reversible Gel-Sol Transition of Photo-Responsive DNA Gel2016

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kandatsu, Ibuki Kawamata, Shogo Hamada, Shin-ichiro M. Nomura, Kenzo Fujimoto, Satoshi Murata
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 17 ページ: 1118-1121

    • DOI

      10.1002/cbic.201600088

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Autonomous mobile robots with lights2016

    • 著者名/発表者名
      Shantanu Das, Paola Flocchini, Giuseppe Prencipe, Nicola Santoro, Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Theor. Comput. Sci.

      巻: 609 ページ: 171-184

    • DOI

      http://doi.org/10.1016/j.tcs.2015.09.018

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Plane Formation by Semi-synchronous Robots in the Three Dimensional Euclidean Space2016

    • 著者名/発表者名
      Taichi Uehara, Yukiko Yamauchi, Shuji Kijima, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Proceedings of the 18th International Symposium on Stabilization, Safety, and Security of Distributed Systems

      巻: - ページ: 383-398

    • DOI

      10.1007/978-3-319-49259-9_30

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Searching for an Evader in an Unknown Graph by an Optimal Number of Searchers2016

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Yakami, Yukiko Yamauchi, Shuji Kijima, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Proceedings of the 18th International Symposium on Stabilization, Safety, and Security of Distributed Systems

      巻: - ページ: 399-414

    • DOI

      10.1007/978-3-319-49259-9_31

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Brief Announcement: Symmetricity in 3D-space---Characterizing Formable Patterns by Synchronous Mobile Robots2016

    • 著者名/発表者名
      Yukiko Yamauchi, Taichi Uehara, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th International Symposium on Distributed Computing

      巻: - ページ: 471--473

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Brief Announcement: Pattern Formation Problem for Synchronous Mobile Robots in the Three Dimensional Euclidean Space2016

    • 著者名/発表者名
      Yukiko Yamauchi, Taichi Uehara, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Proceedings of the 35th ACM SIGACT-SIGOPS Symposium on Principles of Distributed Computing

      巻: - ページ: 447-449

    • DOI

      DOI:http://dx.doi.org/10.1145/2933057.2933063

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Universal Systems of Oblivious Mobile Robots2016

    • 著者名/発表者名
      Paola Flocchini, Nicola Santoro, Giovanni Viglietta, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Proceedings of the 23rd International Colloquium on Structural Information and Communication Complexity

      巻: - ページ: 242-257

    • DOI

      DOI: 10.1007/978-3-319-48314-6_16

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Realization of Periodic Functions by Self-stabilizing Population Protocols with Synchronous Handshakes2016

    • 著者名/発表者名
      Anissa Lamani, and Masafumi Yamashita
    • 雑誌名

      Proceedings of the 5th International Conference on the Theory and Practice of Natural Computing

      巻: - ページ: 21-33

    • DOI

      DOI: 10.1007/978-3-319-49001-4_2

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Analysis and design of a single-molecule DNA nanodevice for thermal band-pass filters2016

    • 著者名/発表者名
      J. A. Rose, K. Komiya
    • 雑誌名

      Proceedings of the 11th IEEE Annual International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems

      巻: - ページ: - (6 pages)

    • DOI

      10.1109/NEMS.2016.7758205

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Engineering multistate DNA molecules: a tunable thermal band-pass filter2016

    • 著者名/発表者名
      J. A. Rose, K. Komiya, S. Kobayashi
    • 雑誌名

      Micro & Nano Letters

      巻: 11 ページ: 595-601

    • DOI

      10.1049/mnl.2016.0345

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DNAナノマシン2016

    • 著者名/発表者名
      小宮 健
    • 雑誌名

      現代化学

      巻: 548 ページ: 32-35

  • [学会発表] 分子ロボットの知能創出にむけて2017

    • 著者名/発表者名
      鈴木泰博
    • 学会等名
      NI-SIGNAC-CCS合同研究会
    • 発表場所
      東京工業大学(東京都・目黒区)
    • 年月日
      2017-03-10 – 2017-03-10
  • [学会発表] 生体・分子”感”相互作用の諸相2017

    • 著者名/発表者名
      鈴木泰博
    • 学会等名
      国際高等研究所プロジェクト「綜合コミュニケーション学」第6回研究会
    • 発表場所
      国際高等研究所(京都府・京都市)
    • 年月日
      2017-02-18 – 2017-02-18
    • 招待講演
  • [学会発表] Harness nature for computing2016

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki
    • 学会等名
      Proto-computation and Proto-life Workshop
    • 発表場所
      マサチューセッツ州ケンブリッジ(米国)
    • 年月日
      2016-12-10 – 2016-12-10
  • [学会発表] Development of photochemical DNA and RNA manipulation toward for nucleic acid-based drug2016

    • 著者名/発表者名
      Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The 39th Annual Meeting of Molecular Biology Society of Japan
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30 – 2016-12-03
  • [学会発表] 好熱性細菌を対象としたリボソームの立体構造比較2016

    • 著者名/発表者名
      若林優太,小宮健,山村雅幸
    • 学会等名
      極限環境生物学会2016年度(第17回)年会
    • 発表場所
      東京工業大学(神奈川県・横浜市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-26
  • [学会発表] 翻訳機構の進化過程解明に向けたリボソームの立体構造比較2016

    • 著者名/発表者名
      小宮健,若林優太,山村雅幸
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会9.0
    • 発表場所
      早稲田大学(東京都・新宿区)
    • 年月日
      2016-11-21 – 2016-11-22
  • [学会発表] アンチジーン法に向けた光誘起型Double duplex 構造の形成2016

    • 著者名/発表者名
      中村重孝、藤本健造
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第2回年会
    • 発表場所
      東京理科大(東京都・葛飾区)
    • 年月日
      2016-11-15 – 2016-11-17
  • [学会発表] Chemical Evolution in Computational Proto-Cells2016

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki
    • 学会等名
      ELSI Seminar
    • 発表場所
      東京工業大学(東京都・目黒区)
    • 年月日
      2016-10-13 – 2016-10-13
    • 招待講演
  • [学会発表] C→U transition in DNA duplex using 3-vinylcarbazole analog mediated reversible photo-cross-linking2016

    • 著者名/発表者名
      Yasuharu Takashima, Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA FISH using 3-cyanovinylcarbazole-modified ODNs as photo-cross-linking probe2016

    • 著者名/発表者名
      Kano Chinami, Kei Toyosato, Takashi Sakamoto, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • 国際学会
  • [学会発表] Effects of hydrogen bonding on the cytosine deamination in photo-cross-linked DNA duplex2016

    • 著者名/発表者名
      Siddhant Sethi, Minako Ooe, Takashi Sakamoto, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • 国際学会
  • [学会発表] Detection of DNA B-Z transition by 19F NMR based on 19F chemical shift change2016

    • 著者名/発表者名
      Hui Yang, Chihiro Hirata, Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • 国際学会
  • [学会発表] The effect of 5-substitution of pyrimidine base in DNA photo-cross-linking using 3-cyanovinylcarbazole2016

    • 著者名/発表者名
      Shigetaka Nakamura, Hayato Kawabata, Hodaka Muramatsu, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      熊本大学(熊本県・熊本市)
    • 年月日
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of an isothermal DNA amplification reaction system for simplified nucleic acid test2016

    • 著者名/発表者名
      K. Komiya, C. Noda, M. Komori, K. Dong, T. Takenaka, T. Enomoto, T. Yoshimura, M. Yamamura
    • 学会等名
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      石川県立音楽堂(石川県・金沢市)
    • 年月日
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [学会発表] Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA Chemical Reaction Network2016

    • 著者名/発表者名
      I. Kawamata, S. Kawakami, Y.-C. Chen, S. Hiratsuka, S. Aradachi, D. Tamatsuki, H. Yuuki, T. Takahashi, E. Ishihara, S. Imai, H. Otaka, Y. Otaki, K. Suzuki, T. Watanabe, K. Komiya, F. Takabatake, S. Nomura, S. Murata
    • 学会等名
      22nd International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      Munich(Germany)
    • 年月日
      2016-09-04 – 2016-09-08
    • 国際学会
  • [学会発表] Towards a Theory of Formal Distributed Systems2016

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Yamashita
    • 学会等名
      The 23rd International Colloquium on Structural Information and Communication Complexity
    • 発表場所
      Helsinki (Finland)
    • 年月日
      2016-07-19 – 2016-07-21
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A Neural Network by Using Self-Reinforcement Reactions2016

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Suzuki
    • 学会等名
      10th International Workshop on Natural Computing
    • 発表場所
      国際教養大学(秋田県・秋田市)
    • 年月日
      2016-05-14 – 2016-05-14
  • [学会発表] 核酸医薬を指向した光化学的RNA編集法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      藤本健造
    • 学会等名
      第55回日本生体医工学会大会
    • 発表場所
      富山国際会議場(富山県・富山市)
    • 年月日
      2016-04-26 – 2016-04-28
    • 招待講演
  • [学会発表] Analysis and Design of a Single-Molecule DNA Nanodevice for Thermal Band-Pass Filters2016

    • 著者名/発表者名
      J. A. Rose, K. Komiya
    • 学会等名
      The 11th Annual IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems
    • 発表場所
      ホテル松島大観荘(宮城県・宮城郡)
    • 年月日
      2016-04-17 – 2016-04-20
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Chapter7 "Photo-Cross-Linking reaction in Nucleic Acids: Chemistry and Applications" of "Modified Nucleic Acids"2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sakamoto, Kenzo Fujimoto
    • 総ページ数
      14 pages in total 268 pages
    • 出版者
      Springer
  • [図書] DNA分子デザインのすべて~BIOMOD虎の巻~2016

    • 著者名/発表者名
      村田智, 浜田省吾, 小宮健, ほか全21名
    • 総ページ数
      224
    • 出版者
      情報計算化学生物学会(CBI学会)出版
  • [産業財産権] アンチジーン法用光応答性人工核酸プローブ2016

    • 発明者名
      藤本健造、中村重孝
    • 権利者名
      北陸先端科学技術大学院大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2016-105622
    • 出願年月日
      2016-05-28

URL: 

公開日: 2018-01-16  

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