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2014 年度 実績報告書

ポストゲノム解析による感染体ー宿主ネットワーク

計画研究

研究領域ウイルス感染現象における宿主細胞コンピテンシーの分子基盤
研究課題/領域番号 24115007
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

夏目 徹  独立行政法人産業技術総合研究所, 創薬分子プロファイリング研究センター, 研究センター長 (00357683)

研究分担者 伊庭 英夫  東京大学, 医科学研究所, 教授 (60111449)
研究期間 (年度) 2012-06-28 – 2017-03-31
キーワードLC-MS/MS / NS1 / ネットワーク解析 / 定量プロテオミクス / ウイルス複製 / miRNA / SWI/SNF複合体 / 遺伝子制御ネットワーク
研究実績の概要

これまでにウイルス側の因子であるインフルエンザウイルスのNonstructural protein NS1(NS1)をbaitとして相互作用解析を行い、PCID2 (PCI domain containing 2)およびLENG8 (leukocyte receptor cluster (LRC) member 8)がmRNAの輸送や安定性に関与することが予想された。そこでこれらの因子のノックダウンを行いインフルエンザウイルスとの関係を調べた。その結果LENG8のノックダウンによりインフルエンザウイルスの増殖と分泌が抑制されることがわかった。逆にPCID2をノックダウンした際にウイルスの増殖が促進される傾向があることがわかった。これらのことからウイルスの増殖や分泌をNS1-PCID2-LENG8のネットワークにおいて制御していることが明らかとなった。また、新規翻訳タンパク質量を定量プロテオミクスの手法を用いて定量するプラットフォームを確立した。
分担者伊庭は、これまでにmiR-199a-5p/-3pが幅広いウイルス種の複製を負に制御することに注目して、HSV-1を例にとって、その複製能に与える影響を評価してきた。その結果このmiRNAの作用点はゴルジ装置近傍で見られるウイルスのenvelopmentの段階にあることがわかってきた。ここに関与する可能性のある数種のmiR-199a-5p/-3pの標的遺伝子群のおのおのについて、そのウイルス複製における役割がこれまでの解析から明確になりつつある。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ウイルス因子であるNS1からの相互作用解析および機能解析により宿主側因子のネットワークとウイルス感染による制御機構の存在に関する情報を得ることができた。また、新規に開発した新規翻訳タンパク質の定量プロテオミクスの手法が新たな感染体・宿主ネットワークの解析が可能なプラットフォームとして有効であることを示すことができた。
分担者伊庭はHSV-1を使用してmiR-199a-5p/-3pがもつウイルス複製抑制活性を明らかにし、その作用点が、感染後期のウイルスのenvelopmentの過程にあることを見い出した。このmiRNAの標的の中にこの過程に関与するものがいくつか明らかになってきた。またmiR-199a, Brmが、2種のfeed forword loopを形成して、CD44, Met, Caveolin-1, -2等の遺伝子のON, OFFを強固に制御することを示し、このmiRNAが規定する細胞型の特質も明らかになりつつある。

今後の研究の推進方策

今回得られたネットワーク解析の情報をもとに個別の因子についてさらに機能解析を進め感染時に同定した新規相互作用因子がどのように機能しているかを他班と共同で検証実験を行う。さらにNS1-PCID2やPCID2-LENG8の相互作用といった新規に明らかとなった相互作用が薬剤の標的となりうるか検証するとともに本班の持つin silicoスクリーニングプラットフォームにのせ新規薬剤候補化合物の取得も目指す。さらに、ネットワーク解析および定量プロテオミクス解析のプラットフォームが新たな制御メカニズムの解明に有効であると考えられ、他のウイルスやそれらの構成因子についても広く適用可能と考えられるためこれらの解析を目指す他班にも提供し共同して解析を進めていきたい。
研究分担者がもつ特定のmiRNAの阻害剤、TuD/S-TuDと、研究代表者がもつ網羅的なproteome解析を結びつけ、これまでのmiRNAの標的決定の困難さを解決して、高い精度でmiRNAの標的をタンパク質レベルで定量的に同定していく手法を確立したい。特に若手インターンシップを活用して、若い研究者が、miRNAと転写制御因子が形成するネットワークの解析法を構築していく環境を整えることにより「感染コンピテンシ」班全体に貢献したい。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] The miR-199a/Brm/EGR1 axis is a determinant of anchorage-independent growth in epithelial tumor cell lines.2015

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K., Sakurai, K., Hiramatsu, H., Inada, K., Shiogama, K., Nakamura, S.,  Suemasa, F., Kobayashi, K., Imoto, S., Haraguchi, T., Ito, H., Ishizaka, A., Tsutsumi, Y., & Iba H.
    • 雑誌名

      Scientific Reports,

      巻: 5:8428 ページ: srep08428

    • DOI

      10.1038/srep08428 (2015)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Artificial human Met agonists based on macrocycle scaffolds.2015

    • 著者名/発表者名
      Ito K, Sakai K, Suzuki Y, Ozawa N, Hatta T, Natsume T, Matsumoto K, Suga H.
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 6 ページ: 6373

    • DOI

      10.1038/ncomms7373

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Purification of noncoding RNA and bound proteins using FLAG peptide-conjugated antisense-oligonucleotides.2015

    • 著者名/発表者名
      Adachi S, Natsume T
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1262 ページ: :265-74

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-2253-6_16.

  • [雑誌論文] 7SK small nuclear ribonucleoprotein complex is recruited to the HIV-1 promoter via short viral transcripts.2014

    • 著者名/発表者名
      Mizutani, T., Ishizaka, A., Suzuki, Y., and Iba, H.
    • 雑誌名

      FEBS Letters,

      巻: 588: ページ: 1630-1636

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2014.01.067.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chandrasekar, B. Docosahexaenoic acid reverses angiotensin II-induced RECK suppression and cardiac fibroblast migration.2014

    • 著者名/発表者名
      Siddesha, J.M., Valente, A.J., Yoshida, T., Sakamuri, S.S.V.P., Delafontaine, P., Iba, H., Noda, M.
    • 雑誌名

      Cellular Signalling,

      巻: 26: ページ: 933-941

    • DOI

      10.1016/j.cellsig.2014.01.005.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] TBL2 is a novelPERK-binding protein that modulates stress-signaling and cell survival during endoplasmic reticulum stress.2014

    • 著者名/発表者名
      Tsukumo Y, Tsukahara S, Furuno A, Iemura S, Natsume T, Tomida A
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 13:9(11) ページ: e112761

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0112761.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ZFP36L1 and ZFP36L2 control LDLR mRNA stability via the ERK-RSK pathway.2014

    • 著者名/発表者名
      Adachi S, Homoto M, Tanaka R, Hioki Y, Murakami H, Suga H, Matsumoto M, Nakayama KI, Hatta T, Iemura S, Natsume T
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 42(15) ページ: 10037-10049

    • DOI

      10037-49. doi: 10.1093/nar/gku652.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure-activity relationship study, target identification, and pharmacological characterization of a small molecular IL-12/23 inhibitor, APY0201.2014

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa N, Noguchi M, Takeshita S, Eviryanti A, Seki Y, Nishio H, Yokoyama R, Noguchi M, Shuto M, Shima Y, Kuribayashi K, Kageyama S, Eda H, Suzuki M, Hatta T, Iemura S, Natsume T, Tanabe I, Nakagawa R, Shiozaki M, Sakurai K, Shoji M, Andou A, Yamamoto T
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem

      巻: 22(11): ページ: 3021-3029

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2014.03.036.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The HOPS complex mediates autophagosome-lysosome fusion through interaction with syntaxin 17.2014

    • 著者名/発表者名
      Jiang P, Nishimura T, Sakamaki Y, Itakura E, Hatta T, Natsume T, Mizushima N
    • 雑誌名

      Mol Biol Cell.

      巻: 25(8) ページ: 1327-37

    • DOI

      10.1091/mbc.E13-08-0447.

    • 査読あり
  • [学会発表] SWI/SNF複合体の触媒サブユニットBrmとmiR-199aが上皮がん細胞株において形成する遺伝子発現制御ネットワークとその生物学的機能。2014

    • 著者名/発表者名
      小林和善
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜.横浜市
    • 年月日
      2014-11-26
  • [学会発表] Analysis on the molecular mechanisms of EMT using new TuD RNA expression lentivirus vectors regulating miR-200c expression. (ポスター)2014

    • 著者名/発表者名
      Kondo, M., Haraguchi, T. and Iba, H.
    • 学会等名
      第37回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜.横浜市
    • 年月日
      2014-11-26
  • [学会発表] Analysis on EMT using Tetracycline-inducible microRNA inhibitory vectors against miR-200c.2014

    • 著者名/発表者名
      Haraguchi, T., Kondo, M. and Iba, H.
    • 学会等名
      第73回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜.横浜市
    • 年月日
      2014-09-25
  • [学会発表] The regulatory networks formed by Brm subunit of SWI/SNF and miR-199a and its biological function.2014

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K., Sakurai, K., Hiramatsu, H., Haraguchi, T., Inada, K. and Iba, H.
    • 学会等名
      第73回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜.横浜市
    • 年月日
      2014-09-25
  • [学会発表] Robust gene regulatory networks that support anchorage-independent growth of human epithelial tumor cell lines.2014

    • 著者名/発表者名
      Iba, H., Kobayashi, K., Sakurai, K., Hiramatsu, H., and Haraguchi, T.
    • 学会等名
      第73回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜.横浜市
    • 年月日
      2014-09-25
  • [学会発表] :分子スイッチとしてのmiRNAとTuD RNA 発現ベクターによるその活性抑制 (招待講演)2014

    • 著者名/発表者名
      伊庭英夫、原口健
    • 学会等名
      第6回日本RNAi研究会
    • 発表場所
      グランドプリンスホテル広島.広島市
    • 年月日
      2014-08-29
    • 招待講演
  • [学会発表] 創薬支援のためのプロテオミクス2014

    • 著者名/発表者名
      夏目 徹
    • 学会等名
      日本プロテオーム学会2014年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場筑波.つくば市
    • 年月日
      2014-07-18

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公開日: 2016-06-01  

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