生命分子の動的秩序形成におけるミクロ‐マクロ相関の探査と設計原理の探求

2014 年度 実績報告書

• 研究領域: 生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現
• 研究課題/領域番号: 25102008
• 研究機関: 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
• 研究代表者: 加藤 晃一 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (20211849)
• 研究分担者: 佐藤 匡史 名古屋市立大学, 薬学研究科(研究院), 准教授 (80532100) ; 山口 拓実 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (60522430)
• 研究期間 (年度): 2013-06-28 – 2018-03-31
• キーワード: 動的秩序 / 生命分子 / 分子集合 / NMR / 溶液散乱

研究実績の概要

１．細胞内のタンパク質分解装置であるプロテアソームのアッセンブリーと機能発現に関わる生命分子システム：平成26年度では、プロテアソームの集合シャペロンであるPba3-Pba4ヘテロ2量体が、サブユニットの適切な配置を定める‘molecular matchmaker’として機能していることを明らかにした。また、古細菌が持つプロテアソーム集合シャペロンのホモログPbaAの結晶構造を決定し、本タンパク質がホモ5量体構造を形成していることを示した。
２．タンパク質の運命決定に関わる分子集団の協奏的機能発現メカニズム：立体構造形成の不完全な糖タンパク質を認識する糖転移酵素UGGTの基質認識ドメインの一部に関して、3次元構造情報を得ることに初めて成功した。また、タンパク質の正しいジスルフィド結合形成を促してフォールディングを助ける酵素PDIの基質認識部位の構造変化を探査した。さらに、前年度までに開発した糖鎖の動的3次元構造解析手法を、糖タンパク質の細胞内運命の決定に関わる高マンノース型糖鎖および細胞表層でアミロイドβ（Aβ）のアッセンブリーを促すガングリオシドGM1の糖鎖の解析に応用した。その結果、高マンノース型糖鎖が末端の糖残基の除去に伴ってコンフォメーション空間を有意に広げる様子や、これらの糖鎖の分子認識に際して多様な構造アンサンブルの中の特定のコンフォマーが選ばれることを明らかにすることができた。
３．膜系における糖脂質クラスターの動態：膜系における動的秩序システムの精密解析を実施するための適切なモデル系を構築するため、人工的に分子設計した機能性ネオ糖脂質を化学合成することに成功するとともに、安定同位体標識を施した糖脂質の調製法を確立し、固体NMR法による精密解析を実現する基盤を整えた。また、生体分子を磁場配向させ精密NMR解析を可能にする超分子を作出した。

現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

常磁性効果を利用したNMR解析を、マシャドジョセフ病原因遺伝子産物であり、プロテアソーム系における分解標的の消長を制御する脱ユビキチン化酵素ataxin-3の基質認識様式の解析に応用し、本酵素の作動機構の構造基盤を与えることができた。また、Aβの分解系への輸送を司る神経細胞膜上の膜タンパク質sorLAがAβを捕捉する仕組みを溶液NMR法と結晶構造解析を相補的に用いて解明することに成功するなど、医学・薬学分野においても重要な知見をもたらすことができた。

今後の研究の推進方策

生命分子システムの動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査を可能とする物理化学的計測手法の開発に引き続き取り組むとともに、生命分子素子がダイナミックな集合離散を通じて動的な秩序構造を形成するメカニズムを明らかにすることを目指す。また、生命分子システムのデザインルールを取り入れた人工自己組織化システムの創生に資することを目的とする。
本研究の目的を達成するため、特に、1. 細胞内における糖タンパク質の運命決定のダイナミクス、2. タンパク質の分子集合過程の解明と人工系への応用、3. 糖脂質クラスターの設計・創生と構造・機能解析に関して、NMR分光法、溶液散乱、分子シミュレーションに加え、複合体質量解析、カロリメトリーなどを駆使した多元的研究アプローチを展開する。

研究成果

• [雑誌論文] NMR-based structural validation of therapeutic antibody produced in Nicotiana benthamiana (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Yagi, N. Fukuzawa, Y. Tasaka, K. Matsuo, Y. Zhang, T. Yamaguchi, S. Kondo, S. Nakazawa, N. Hashii, N. Kawasaki, T. Matsumura and K. Kato
  • 雑誌名: Plant Cell Rep. 巻: 34 ページ: 959-968
  • DOI: 10.1007/s00299-015-1757-1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stable isotope labeling of glycoprotein expressed in silkworms using immunoglobulin G as a test molecule (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Yagi, M. Nakamura, J. Yokoyama, Y. Zhang, T. Yamaguchi, S. Kondo, J. Kobayashi, T. Kato, E. Y. Park, S. Nakazawa, N. Hashii, N. Kawasaki and K. Kato
  • 雑誌名: J. Biomol. NMR 巻: 62 ページ: 157-167
  • DOI: 10.1007/s10858-015-9930-y
  • 査読あり
• [雑誌論文] Backbone 1H, 13C, and 15N resonance assignments of the Fc fragment of human immunoglobulin G glycoprotein (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Yagi, Y. Zhang, M. Yagi-Utsumi, T. Yamaguchi, S. Iida, Y. Yamaguchi and K. Kato
  • 雑誌名: Biomol. NMR Assign. 巻: 9 ページ: 257-260
  • DOI: 10.1007/s12104-014-9586-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Glycan structure and serum half-life of recombinant CTLA4Ig, an immunosuppressive agent, expressed in suspension-cultured rice cells with coexpression of human β1,4-galactosyltransferase and human CTLA4Ig (2015)
  • 著者名/発表者名: S. H. Kang, H. S. Jung, S. J. Lee, C. I. Park, S. M. Lim, H. Park, B. S. Kim, K. H. Na, G. J. Han, J. W. Bae, H. J. Park, K. C. Bang, B. T. Park, H. S. Hwang, I.-S. Jung, J. I. Kim, D. B. Oh, D. I. Kim, H. Yagi, K. Kato, D. K. Kim and H. H. Kim
  • 雑誌名: Glycoconjugate J. 巻: 32 ページ: 161-172
  • DOI: 10.1007/s10719-015-9590-x
  • 査読あり
• [雑誌論文] 離合集散が織りなす生命分子機能の研究フロンティア (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一, 稲垣直之
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 33 ページ: 1316-1320
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural and dynamic views of GM1 ganglioside (2015)
  • 著者名/発表者名: M. Yagi-Utsumi and K. Kato
  • 雑誌名: Glycoconjugate J. 巻: 32 ページ: 105-112
  • DOI: 10.1007/s10719-015-9587-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生命分子の自己組織化のダイナミクス (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一, 佐藤匡史
  • 雑誌名: 化学工業 巻: 66 ページ: 32-37
  • 査読あり
• [雑誌論文] Redox-dependent conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated by crystal structure-based molecular dynamics simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: K.Inagaki, T.Satoh, S.G. Itoh, H.Okumura, and K.Kato
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 巻: 618 ページ: 203-207
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2014.11.017
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Impaired O-linked N-acetylglucosaminylation in the endoplasmic reticulum by mutated EGF domain-specific O-linked N-acetylglucosamine transferase found in Adams-Oliver syndrome (2015)
  • 著者名/発表者名: M.Ogawa, S.Sawaguchi, T.Kawai, D.Nadano, T.Matsuda, H.Yagi, K.Kato, K.Furukawa, and T.Okajima
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 290 ページ: 2137-2149
  • DOI: 10.1074/jbc.M114.598821
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Self-assembled, π-stacked complex as a finely-tunable magnetic aligner for protein RDC observation (2015)
  • 著者名/発表者名: S.Sato, R.Takeuchi, M.Yagi-Utsumi, T.Yamaguchi, Y.Yamaguchi, K.Kato, and M.Fujita
  • 雑誌名: Chem. Commun. 巻: 51 ページ: 2540-2543
  • DOI: 10.1039/c4cc09354b
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Structural basis for amyloidogenic peptide recognition by sorLA (2015)
  • 著者名/発表者名: Y.Kitago, M.Nagae, Z.Nakata, M.Yagi-Utsumi, S.Takagi-Niidome, E.Mihara, T.Nogi, K.Kato, and J.Takagi
  • 雑誌名: Nature Struct. Mol. Biol. 巻: 22 ページ: 199-206
  • DOI: 10.1038/nsmb.2954
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 糖鎖構造学研究の新展開 (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 雑誌名: BIOTOVO 巻: 23 ページ: 2-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Emerging structural insights into glycoprotein quality control coupled with N-glycan processing in the endoplasmic reticulum (2015)
  • 著者名/発表者名: T.Satoh, T.Yamaguchi, and K.Kato
  • 雑誌名: Molecules 巻: 20 ページ: 2475-2491
  • DOI: 10.3390/molecules20022475
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 糖鎖の立体構造を描き出す (2015)
  • 著者名/発表者名: 山口拓実, 加藤晃一
  • 雑誌名: 生物物理 巻: 55 ページ: 81-83
  • DOI: 10.2142/biophys.55.081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for proteasome formation controlled by an assembly chaperone Nas2 (2014)
  • 著者名/発表者名: T.Satoh, Y.Saeki, T.Hiromoto, Y.-H. Wang, Y.Uekusa, H.Yagi, H.Yoshihara, M.Yagi-Utsumi, T.Mizushima, K.Tanaka, and K.Kato
  • 雑誌名: Structure 巻: 22 ページ: 731-743
  • DOI: 10.1016/j.str.2014.02.014
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Enhanced expression of the β4-galactosyltransferase 2 gene impairs mammalian tumor growth (2014)
  • 著者名/発表者名: M.Tagawa, K.Shirane, L.Yu, T.Sato, S.Furukawa, H.Mizuguchi, R.Kuji, K.Kawamura, N.Takahashi, K.Kato, S.Hayakawa, S.Sawada, and K.Furukawa
  • 雑誌名: Cancer Gene Therapy 巻: 21 ページ: 219-227
  • DOI: 10.1038/cgt.2014.21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pba3-Pba4 heterodimer acts as a molecular matchmaker in proteasome α-ring formation (2014)
  • 著者名/発表者名: K.Takagi, Y.Saeki, H.Yashiroda, H.Yagi, A.Kaiho, S.Murata, T.Yamane, K.Tanaka, T.Mizushima, and K.Kato
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun 巻: 450 ページ: 1110-1114
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2014.06.119
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] EDEM2 initiates mammalian glycoprotein ERAD by catalyzing the first mannose trimming step (2014)
  • 著者名/発表者名: S.Ninagawa, T.Okada, Y.Sumitomo, Y.Kamiya, K.Kato, S.Horimoto, T.Ishikawa, S.Takeda, T.Sakuma, T.Yamamoto, and K.Mori
  • 雑誌名: J. Cell Biol 巻: 206 ページ: 347-356
  • DOI: 10.1083/jcb.201404075
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Backbone 1H, 13C, and 15N assignments of yeast Ump1, an intrinsically disordered protein that functions as a proteasome assembly chaperone (2014)
  • 著者名/発表者名: Y.Uekusa, K.Okawa, M.Yagi-Utsumi, O.Serve, Y. Nakagawa, T.Mizushima, H.Yagi, Y.Saeki, K.Tanaka, and K.Kato
  • 雑誌名: Biomol. NMR Assign. 巻: 8 ページ: 383-386
  • DOI: 10.1007/s12104-013-9523-1
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Site-specific classification of N-linked oligosaccharides of the extracellular regions of Fcγ receptor IIIb expressed in baby hamster kidney cells (2014)
  • 著者名/発表者名: N.Kawasaki, T.Okumoto, Y.Yamaguchi, N.Takahashi, W.H.Fridman, C.Sautes-Fridman, H.Yagi, and K.Kato
  • 雑誌名: J. Glycomics Lipidomics 巻: 4 ページ: 116
  • DOI: 10.4172/2153-0637.1000116
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Exploration of conformational spaces of high-mannose-type oligosaccharides by an NMR-validated simulation (2014)
  • 著者名/発表者名: T.Yamaguchi, Y.Sakae, Y.Zhang, S.Yamamoto, Y.Okamoto, and K.Kato
  • 雑誌名: Angew. Chem. Int. Ed. 巻: 53 ページ: 10941-10944
  • DOI: 10.1002/ange.201406145
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Mode of substrate recognition by the Josephin domain of ataxin-3, which has an endo-type deubiquitinase activity (2014)
  • 著者名/発表者名: T.Satoh, A.Sumiyoshi, M.Yagi-Utsumi, E.Sakata, H.Sasakawa, E.Kurimoto, Y.Yamaguchi, W.Li, C.A.P. Joazeiro, T.Hirokawa, and K.Kato
  • 雑誌名: FEBS Lett. 巻: 588 ページ: 4422-4430
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2014.10.013
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Crystal structure of archaeal homolog of proteasome-assembly chaperone PbaA (2014)
  • 著者名/発表者名: A.Sikdar, T.Satoh, M.Kawasaki, and K.Kato
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun 巻: 453 ページ: 493-497
  • DOI: 10.1016/j.bbrc
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Structural insight into substrate recognition by the endoplasmic reticulum folding-sensor enzyme: crystal structure of third thioredoxin-like domain of UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (2014)
  • 著者名/発表者名: T.Zhu, T.Satoh, and K.Kato
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: 4 ページ: 7322
  • DOI: 10.1038/srep07322
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Recent advances in glycoprotein production for structural biology: toward tailored design of glycoforms (2014)
  • 著者名/発表者名: Y.Kamiya, T.Satoh, and K.Kato
  • 雑誌名: Curr. Opin. Struct. Biol. 巻: 26 ページ: 44-53
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2014.03.008
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 糖鎖構造生物学の最前線 (2014)
  • 著者名/発表者名: 矢木宏和, 矢木-内海真穂, 加藤晃一
  • 雑誌名: ファルマシア 巻: 50 ページ: 746-750
  • 査読あり
• [学会発表] NMR analyses of glycolipid clustering in membrane systems (2015)
  • 著者名/発表者名: G. Yan, T. Yamaguchi, Y. Zhang, K. Nishimura, K. Kato
  • 学会等名: 日本化学会 第95春季年会
  • 発表場所: 日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県船橋市）
  • 年月日: 2015-03-28
• [学会発表] NMR 法を用いたアミロイドβペプチドと小胞体シャペロンとの相互作用解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 矢木真穂, 加藤晃一
  • 学会等名: 日本薬学会第135年会
  • 発表場所: 神戸学院大学（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2015-03-28
• [学会発表] NMR解析に基づく分子シミュレーションによる高マンノース型糖鎖の動的立体構造の解明 (2015)
  • 著者名/発表者名: 山口拓実, 榮 慶丈, 岡本祐幸, 加藤晃一
  • 学会等名: 日本化学会 第95春季年会
  • 発表場所: 日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県船橋市）
  • 年月日: 2015-03-27
• [学会発表] 生命分子の自己組織化のダイナミクス (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 日本化学会 第95春季年会
  • 発表場所: 日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県船橋市）
  • 年月日: 2015-03-26
  • 招待講演
• [学会発表] プロテアソームα7 サブユニットの多量体ダイナミクスの超分子質量解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 石井健太郎, 矢木宏和, 加藤晃一, 内山 進
  • 学会等名: 2014年度生物物理学会中部支部講演会
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市）
  • 年月日: 2015-03-10
• [学会発表] 複合糖質の構造生物学と創薬 (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 第4回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会シンポジウム
  • 発表場所: 岐阜薬科大学（岐阜県岐阜市）
  • 年月日: 2015-03-05
  • 招待講演
• [学会発表] Conformational dynamics and interactions of oligosaccharides and glycoconjugate (2015)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
  • 発表場所: 理化学研究所（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2015-02-04
  • 招待講演
• [学会発表] Structural basis for sugar trimming reactions by glucosidase II involved glycoprotein quality control system (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Satoh, T. Toshimori, T. Zhu, G. Yan, T. Yamaguchi, and K. Kato
  • 学会等名: The 5th Yonsei-IMS Joint Workshop: Multilateral approaches for investigating biomolecular structures and functions
  • 発表場所: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄郡)
  • 年月日: 2015-01-30 – 2015-02-01
• [学会発表] Structural aspects of glycoprotein folding sensor enzyme (UGGT): A combined X-ray crystallography and small angle X-ray scattering study (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Zhu, T. Satoh, H. Kamikubo, and K. Kato
  • 学会等名: The 5th Yonsei-IMS Joint Workshop: Multilateral approaches for investigating biomolecular structures and functions
  • 発表場所: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄郡)
  • 年月日: 2015-01-30 – 2015-02-01
• [学会発表] Elucidation of conformational dynamics of oligosaccharides by NMR spectroscopy and molecular dynamics simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Yamaguchi, Y. Zhang, and K. Kato
  • 学会等名: The 5th Yonsei-IMS Joint Workshop: Multilateral approaches for investigating biomolecular structures and functions
  • 発表場所: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄郡)
  • 年月日: 2015-01-30 – 2015-02-01
• [学会発表] Structural views of glycans in physiological and pathological contexts (2015)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: CU-IMS workshop
  • 発表場所: Bangkok、Thailand
  • 年月日: 2015-01-24
  • 招待講演
• [学会発表] Dynamic orchestration of proteasomes, Intracellular protein degradation machines (2015)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: The Winter School of Sokendai/Asian CORE Program
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター（愛知県岡崎市）
  • 年月日: 2015-01-16
  • 招待講演
• [学会発表] NMR approaches for characterizing interaction of molecular chaperons with intrinsically disordered proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: M. Yagi-Utsumi and K. Kato
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Structural insight into the ER folding sensor enzyme UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Zhu, T. Satoh, H. Kamikubo, and K. Kato
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Observation of formation and/or dissosication of protein complexes by deuteration assisted small-angle neutron scattering (2015)
  • 著者名/発表者名: M. Sugiyama, R. Inoue, H. Yagi, and K. Kato
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Proteasome subunits assemblies studied by native mass spectrometry (2015)
  • 著者名/発表者名: K. Ishii, H. Yagi, K. Kato and S. Uchiyama
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Dynamic orchestration of proteasome systems (2015)
  • 著者名/発表者名: K. Kato, T. Yamaguchi, M. Yagi-Utsumi, H. Yagi and T. Satoh
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Molecular mechanisms underlying the formation of functional glycans displayed on α-dystroglycan (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Yagi, N. Nakagawa, S. Oka and K. Kato
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Elucidation of the molecular basis of oligosaccharide functions by NMR spectroscopy and molecular dynamics simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Yamaguchi, Y. Sakae, M. Yagi-Utsumi, Y. Zhang, S. Yamamoto, Y. Okamoto, and K. Kato
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Biophysical exploration of biomolecular systems characterized by conformational dynamics and dynamical assembly (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Kato
  • 学会等名: National Chiao Tung University Seminar
  • 発表場所: Hsinchu、Taiwan
  • 年月日: 2014-12-12
  • 招待講演
• [学会発表] Structural basis for recognition of the terminal glucose tag of N-glycans as fate-determinant of glycoproteins in cells (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Satoh, T. Toshimori, K. Suzuki, T. Yamaguchi, G. Yan, T. Zhu and K. Kato,
  • 学会等名: The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
  • 発表場所: Seoul、Korea
  • 年月日: 2014-11-26 – 2014-11-27
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular mechanisms underlying the formation of laminin-binding glycans displayed on α-dystroglycan (2014)
  • 著者名/発表者名: Hirokazu Yagi, Naoki Nakagawa, Shogo Oka and Koichi Kato
  • 学会等名: Sarellite Symposium II “Glycans in Neuroscience”
  • 発表場所: Honolulu、Hawai、USA
  • 年月日: 2014-11-16
• [学会発表] EDEM1/2/3 are α1,2-mannosidases essential for endoplasmic reticulum-associated degradation of glycoproteins (2014)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Ninagawa, Tetsuya Okada, Yoshiki Sumitomo, Yukiko Kamiya, Satoshi Horimoto, Tokiro Ishikawa, Shunichi Takeda, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Koichi Kato and Kazutoshi Mori
  • 学会等名: Sarellite Symposium II “Glycans in Neuroscience”
  • 発表場所: Honolulu、Hawai、USA
  • 年月日: 2014-11-16
• [学会発表] A multilateral approach for structural characterization of dynamic organization of flexible biomolecules (2014)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato, Takumi Yamaguchi, Maho Yagi-Utsumi, Hirokazu Yagi and Tadashi Satoh
  • 学会等名: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • 年月日: 2014-11-05
• [学会発表] Complex formation of proteasome subunits investigated by native mass spectrometry (2014)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Ishii, Hirokazu Yagi, Koichi Kato and Susumu Uchiyama
  • 学会等名: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • 年月日: 2014-11-05
• [学会発表] Three-dimensional structure of archaeal homolog of proteasome assembly chaperone PbaA (2014)
  • 著者名/発表者名: Arunima Sikdar, Tadashi Satoh, Masato Kawasaki and Koichi Kato
  • 学会等名: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • 年月日: 2014-11-05
• [学会発表] Assembly mechanisms of intrinsically disordered proteins upon their specific interactions with gangliosides (2014)
  • 著者名/発表者名: Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi and Koichi Kato
  • 学会等名: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • 年月日: 2014-11-05
• [学会発表] NMRを利用した抗体の高次構造バリデーション (2014)
  • 著者名/発表者名: 矢木宏和
  • 学会等名: 第5回グライコバイオロジクス研究会
  • 発表場所: 臨床研究情報センター（兵庫県神戸市）
  • 年月日: 2014-11-01
• [学会発表] X線とNMRによる抗体の構造解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 第87回 日本生化学会大会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府京都市）
  • 年月日: 2014-10-18
  • 招待講演
• [学会発表] タンパク質機能の制御に関わるN型糖鎖構造の多様性と多型性 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 第87回 日本生化学会大会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府京都市）
  • 年月日: 2014-10-17
  • 招待講演
• [学会発表] 古くて新しい小胞体の糖鎖生物学 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤匡史
  • 学会等名: 第87回 日本生化学会大会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府京都市）
  • 年月日: 2014-10-15
  • 招待講演
• [学会発表] NMRとSANSによる生命分子のダイナミクス研究 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 平成26年度第１回生物構造学研究会
  • 発表場所: エッサム神田ホール（東京都千代田区）
  • 年月日: 2014-10-03
  • 招待講演
• [学会発表] アミロイドβの分子会合の精密構造解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 矢木-内海真穂
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • 年月日: 2014-09-30
• [学会発表] 生命分子の動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査と設計原理の探求 (2014)
  • 著者名/発表者名: 山口拓実、佐藤匡史、加藤晃一
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • 年月日: 2014-09-29
• [学会発表] 小胞体糖タンパク質品質管理に関わるグルコシダーゼIIの基質認識機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 年森隆泰，佐藤匡史，Gengwei Yan，山口拓実，Tong Zhu，加藤晃一
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • 年月日: 2014-09-29
• [学会発表] NMR characterization of molecular recognition process of intrinsically disordered proteins associated with neurodegenerative diseases (2014)
  • 著者名/発表者名: Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • 年月日: 2014-09-28
• [学会発表] Crystal structure of third thioredoxin-like domain of ER folding sensor glucosyltransferase (2014)
  • 著者名/発表者名: Tong Zhu, Tadashi Satoh, Koichi Kato
  • 学会等名: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • 発表場所: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • 年月日: 2014-09-28
• [学会発表] 糖タンパク質品質管理システムにおける糖鎖修飾メカニズムの構造基盤 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤匡史，加藤晃一
  • 学会等名: 第52回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • 年月日: 2014-09-26
  • 招待講演
• [学会発表] NMR exploration of dynamic conformations and interactions of oligosaccharides and glycoconjugates (2014)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: The 6th Iberoamerican NMR meeting // IV Iberian NMR meeting //VII Reunion Bienal del GERMN
  • 発表場所: Alcala de Henares、Spain
  • 年月日: 2014-09-24
  • 招待講演
• [学会発表] Structural basis for fate determination and functional regulation of proteins mediated by sugar chains (2014)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: The Cordeliers Research Center Seminar
  • 発表場所: Paris,France
  • 年月日: 2014-09-19
  • 招待講演
• [学会発表] Lewis X構造を提示するネオ糖脂質クラスターの創生 (2014)
  • 著者名/発表者名: Yan Gengwei，Zhang Ying，山口拓実，矢木宏和，加藤晃一
  • 学会等名: 第8回バイオ関連化学シンポジウム
  • 発表場所: 岡山大学津島キャンパス(岡山県岡山市）
  • 年月日: 2014-09-12
• [学会発表] Structural views of physiological and pathological roles of glycans (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Kato
  • 学会等名: Academia Sinica Institutional Lecture
  • 発表場所: Taipei 、Taiwan
  • 年月日: 2014-09-11
  • 招待講演
• [学会発表] Exploration of conformational dynamics of oligosaccharides by stable isotope- and lanthanide- assisted NMR approaches (2014)
  • 著者名/発表者名: Takumi Yamaguchi, Ying Zhang, Yukiko Kamiya, Sayoko Yamamoto, and Koichi Kato
  • 学会等名: XXVIth International Council on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)
  • 発表場所: Dallas、U.S.A
  • 年月日: 2014-08-28
• [学会発表] NMR characterization of molecular recognition process of intrinsically disordered proteins associated with neurodegenerative diseases (2014)
  • 著者名/発表者名: Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi, and Koichi Kato
  • 学会等名: XXVIth International Council on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)
  • 発表場所: Dallas、U.S.A
  • 年月日: 2014-08-25 – 2014-08-28
• [学会発表] AGO61はラミニン結合性糖鎖の初期構造の形成に関与する (2014)
  • 著者名/発表者名: 矢木宏和，中川直樹，齋藤拓也，戸田達史，Sz-Wei Wu，Kay-Hooi-Khoo，岡 昌吾，加藤晃一
  • 学会等名: 第33回 日本糖質学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2014-08-12
• [学会発表] 小胞体で新生タンパク質に付加されたN型糖鎖からのマンノーストリミングはEDEM2によって開始される (2014)
  • 著者名/発表者名: 蜷川 暁，岡田徹也，住友嘉樹，神谷由紀子，堀本 賢，石川時郎，武田俊一，佐久間哲史，山本 卓，加藤晃一，森 和俊
  • 学会等名: 第33回 日本糖質学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学(愛知県名古屋市）
  • 年月日: 2014-08-11
• [学会発表] 小胞体グルコシダーゼIIの基質認識メカニズムの構造基盤 (2014)
  • 著者名/発表者名: 年森隆泰，佐藤匡史，Gengwei Yan，山口拓実，Tong Zhu，加藤晃一
  • 学会等名: 第33回 日本糖質学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2014-08-11
• [学会発表] 生命分子構造学を基礎とする生命分子システムの動的秩序形成の仕組みの探求 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 第54回生物物理若手の会 夏の学校
  • 発表場所: 西浦温泉 ホテルたつき(愛知県蒲郡市)
  • 年月日: 2014-08-10
  • 招待講演
• [学会発表] Structural basis for substrate recognition mechanism of ER glucosidase II (2014)
  • 著者名/発表者名: Tadashi Satoh, Takayasu Toshimori, Takumi Yamaguchi, Zhu Tong, and Koichi Kato
  • 学会等名: 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr 2014)
  • 発表場所: Montreal、Canada
  • 年月日: 2014-08-07
• [学会発表] 生命分子の動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査と設計原理の探求 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 「動的秩序と機能」平成26年度全体班会議
  • 発表場所: 粟津温泉 おびし荘（石川県小松市）
  • 年月日: 2014-08-04 – 2014-08-07
  • 招待講演
• [学会発表] 糖タンパク質の細胞内プロセッシングに関わるグルコシダーゼⅡの基質認識メカニズム (2014)
  • 著者名/発表者名: 年森隆泰，佐藤匡史，Gengwei Yan，山口拓実，Tong Zhu，加藤晃一
  • 学会等名: 第12回 次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム（PPF2014）
  • 発表場所: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄下郡)
  • 年月日: 2014-07-14
• [学会発表] プロテアソームのサブユニット集合における動的秩序 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤 晃一，佐藤 匡史
  • 学会等名: 第14回 日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-06-26 – 2014-06-26
  • 招待講演
• [学会発表] 小胞体品質管理システムに関わるグルコシダーゼIIの基質認識機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 匡史，年森 隆泰，山口 拓実，Zhu Tong，加藤 晃一
  • 学会等名: 第14回 日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-06-26
• [学会発表] 揺らめく糖鎖のかたちとはたらき (2014)
  • 著者名/発表者名: 山口拓実
  • 学会等名: 「宇宙・生命・脳・物質・エネルギー」若手研究者による Rising Sun Ⅲ自然科学研究機構若手研究者賞記念講演
  • 発表場所: 日本未来館(東京都江東区)
  • 年月日: 2014-06-15
• [学会発表] 小胞体でのN型糖鎖マンノースのトリミングはEDEM2によって開始される (2014)
  • 著者名/発表者名: 蜷川 暁
  • 学会等名: 平成26年度 比較グライコーム研究会
  • 発表場所: 名古屋市立大学(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2014-06-07
• [学会発表] NMR investigation of non- nucleoside inhibitors binding to HIV-1 reverse transcriptase (2014)
  • 著者名/発表者名: Ratsupa Thammaporn, Pornthip Boonsri, Kiattawee Choowongkomon, Supanna Techasakul, Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato, and Supa Hannongbua
  • 学会等名: RGJ-Ph.D. Congress XV
  • 発表場所: Pattaya,Thailand
  • 年月日: 2014-05-29
• [学会発表] Assembly mechanism of hereditary amyloid-β variants promoted on their specific gangliosides (2014)
  • 著者名/発表者名: Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Christopher M. Dobson
  • 学会等名: Biophysics of Amyloids and Prions
  • 発表場所: Napoli、Italy
  • 年月日: 2014-05-25
• [学会発表] カーゴレセプターERGIC-53/MCFD2複合体による糖タンパク質認識メカニズムの構造基盤 (2014)
  • 著者名/発表者名: 鈴木康介，佐藤匡史，山口拓実，西尾美穂，神谷由紀子，矢木真穂，加藤晃一
  • 学会等名: 第78回 日本生化学会中部支部例会
  • 発表場所: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2014-05-24
• [学会発表] 糖タンパク質品質管理に関わるグルコシダーゼIIの基質認識メカニズムの構造基盤 (2014)
  • 著者名/発表者名: 年森隆泰，佐藤匡史，Genwei Yan，山口拓実，Zhu Tong，加藤晃一
  • 学会等名: 第78回 日本生化学会中部支部例会
  • 発表場所: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • 年月日: 2014-05-24
• [学会発表] Dynamic Orchestration of Proteasomes (2014)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: Biophysical Seminar at the Department of Chemistry, University of Cambirdge
  • 発表場所: Cambridge、U.K
  • 年月日: 2014-05-23
  • 招待講演
• [学会発表] Structural views of glycosylation as potential drug target (2014)
  • 著者名/発表者名: Koichi Kato
  • 学会等名: The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference
  • 発表場所: Jeju、Korea
  • 年月日: 2014-05-20
  • 招待講演
• [学会発表] Structural insights into substrate recognition mechanism of glycoprotein processing enzyme ER glucosidase II (2014)
  • 著者名/発表者名: Tadashi Satoh, Takayasu Toshimori, Takumi Yamaguchi, Tong Zhu, and Koichi Kato
  • 学会等名: The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference
  • 発表場所: Jeju、Korea
  • 年月日: 2014-05-18
• [学会発表] 創薬と生命分子構造学 (2014)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一
  • 学会等名: 名古屋市立大学 見学模擬授業
  • 発表場所: 名古屋市立大学(愛知県名古屋市）
  • 年月日: 2014-05-14
  • 招待講演
• [学会発表] Studying molecular recognition processes of intrinsically disordered proteins by NMR spectroscopy (2014)
  • 著者名/発表者名: Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Christopher M. Dobson
  • 学会等名: Royal Society of Chemistry NMR Discussion Group Meeting "NMR in Structural Biology"
  • 発表場所: Cambridge、U.K
  • 年月日: 2014-04-10
• [図書] Springer (Switzerland) (2015)
  • 著者名/発表者名: Y.Zhang, T.Yamaguchi, T.Satoh, M.Yagi-Utsumi, Y.Kamiya, Y.Sakae, Y.Okamoto, and K.Kato
  • 総ページ数: 411（217-230）
  • 出版者: Advances in Experimental Medicine and Biology
• [図書] Advances in Experimental Medicine and Biology (2015)
  • 著者名/発表者名: G.Mandal, H.Yagi, K.Kato, and B.P.Chatterjee
  • 総ページ数: 805(389-401)
  • 出版者: Springer (Switzerland)
• [図書] Advances in Neurobiology (2014)
  • 著者名/発表者名: Y.Yamaguchi, T.Yamaguchi, and K.Kato
  • 総ページ数: 584（165-183）
  • 出版者: Springer (New York)
• [図書] Glycoscience: Biology and Medicine (2014)
  • 著者名/発表者名: T.Yamaguchi and K.Kato
  • 総ページ数: 1568(137-145)
  • 出版者: Springer (Japan)
• [備考] アルツハイマー病の原因物質を「掃除」するタンパク質の立体構造を解明
  • URL: https://www.ims.ac.jp/news/2015/02/03_3093.html
• [備考] 水中で絶え間なく揺らいでいる糖鎖の立体構造を描き出す
  • URL: https://www.ims.ac.jp/news/2014/09/05_2994.html