計画研究
免疫グロブリンと糖鎖の相互作用をレプリカ交換分子動力学シミュレーションが終了した。具体的内容は、搭載にフコースが結合している場合、酵素反応が促進されるが、フコースが糖鎖に結合していない場合、酵素反応が抑制されることが実験的に知られていた。この2つの場合において、レプリカ交換分子動力学シミュレーションを行った結果は、フコースが結合している場合、糖鎖の構造揺らぎが大きいが、フコースが結合していない場合は、構造揺らぎが小さいことが分かり、この違いが酵素反応の違いに反映していることが示唆された。また、このシミュレーションによって、X線回折実験で構造が決らなかった部分の立体構造の情報が新たに得られた。これらの結果は論文としてまとめられ、Scientific Reportsに出版された。これらは、本研究領域の領域代表の加藤グループとの共同研究である。次に、本研究領域の他の計画班の佐藤グループが作成した球状の人工分子に結合させた糖鎖とアミロイドβ蛋白質との相互作用を考察するための準備として、糖鎖1個だけの系と球状の人口分子に糖鎖が24個結合した系の分子動力学シミュレーションを行った。この2つの系における糖鎖の構造揺らぎを比較したが、球状の人口分子に糖鎖が結合した系では、糖鎖間の水素結合が、糖鎖1個の系に比べて、糖鎖の立体構造を安定化していることを見出だした。これらの結果を論文にまとめ、投稿した。これらの結果は公募班の奥村グループとの共同研究である。
29年度が最終年度であるため、記入しない。
すべて 2018 2017 その他
すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 7件、 招待講演 8件) 備考 (1件)
The Journal of Cell Biology
巻: 217 ページ: 959~974
10.1083/jcb.201704119
The Journal of Chemical Physics
巻: 148 ページ: 125102~125102
10.1063/1.5019209
Journal of Computational Chemistry
巻: 38 ページ: 1167~1173
10.1002/jcc.24767
Scientific Reports
巻: 7 ページ: 13780
10.1038/s41598-017-13845-8
Molecular Simulation
巻: 43 ページ: 1370~1376
10.1080/08927022.2017.1359746
http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/~okamoto/index.shtml