自前で開発した拡張アンサンブル法を様々な生体分子系および人工分子系の分子シミュレーションに適用して、その有効性を示すことができた。例えば、レプリカ交換分子動力学法は、膜蛋白質の立体構造予測法の開発、糖蛋白質複合体上の糖鎖の立体構造ダイナミクスの解析、金属リガンド超分子の立体構造形成シミュレーションなどに適用した。レプリカ交換傘サンプル法は、薬剤候補分子の蛋白質への結合自由エネルギー計算法の開発、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤のアイソザイム選択制の計算に適用した。圧力焼き戻し法は、蛋白質の高圧変性に関するNMR実験から得られる化学シフト計算に適用した。
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