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2016 年度 実績報告書

生体膜におけるメソ構造の非平衡ダイナミクス

計画研究

研究領域ゆらぎと構造の協奏:非平衡系における普遍法則の確立
研究課題/領域番号 25103010
研究機関首都大学東京

研究代表者

好村 滋行  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (90234715)

研究分担者 野口 博司  東京大学, 物性研究所, 准教授 (00514564)
芝 隼人  東北大学, 金属材料研究所, 特任助教 (20549563)
研究期間 (年度) 2013-06-28 – 2018-03-31
キーワード生体膜 / 非平衡 / 相分離 / 化学反応 / ずり流動 / ラフト / マイクロレオロジー / ガラス
研究実績の概要

生体膜の外部環境における非熱的なゆらぎによって誘起される膜の非平衡ゆらぎついて考察した。具体的には、ランダムな速度を発生するアクティブな壁と相互作用する生体膜のブラウン運動の解析を行った。壁がランダムな速度を発生する場合、平均二乗変位が時間に比例する時間領域が存在することがわかった。さらにアクティブな壁が特徴的な時間スケールを有する場合、平均二乗変位が時間に比例する領域がさらに拡大することもわかった。
圧縮性のある脂質二重膜の緩和ダイナミクスの詳細な解析を行い、特にベシクル内外の粘性率の非対称性の効果を調べた。特にベシクルの内側の粘性率が外側と比べて大きくなると、曲げモードとスリップモードのクロスオーバーが短波長側に大きくシフトすることがわかった。
バナナ状タンパク質の吸着による生体膜の変形をメッシュレス膜模型のシミュレーションを用いて研究した。タンパク質の弾性を上げたり、膜端の線張力を下げたりすると、タンパク質による膜変形が膜の破裂を起こし、ベシクルのトポロジー変化を起こすことを明らかにした。
また、古典分子動力学計算における局所応力の計算において、三体以上の場合の新しい力の分解法を提案し多体力について局所応力の不定性があることを示した。
大規模分子動力学計算を用いて、2次元と3次元のガラス動力学が根本的に異なることを示した。2次元では結晶におけるMermin-Wagnerの定理と同じ原理により、巨大な長波長音波振動が発生し、対数的に発散する熱振動振幅によって特徴づけられる。振動の影響を受けない協調再配置の動力学を特徴付ける関数の導入により、2次元系においても、ガラス的緩和固有の動力学を抽出することができる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

平成28年度の研究成果のうち、非平衡環境下における生体膜のゆらぎ、脂質二重膜ベシクルの緩和ダイナミクス、粘弾性体中のアクティブな力双極子による異常拡散、バナナ状タンパク質によるベシクル破裂、核膜形状の構築、局所応力の計算のための三体力の分解法、ガラスの長波長音波振動については、すでに論文として出版している。したがって、研究はおおむね順調に進展していると言える。

今後の研究の推進方策

最終年度の平成29年度は、研究成果全体のまとめを行う。
その中でも特に、粘弾性体中のマイクロマシンの遊泳に関する研究を完成させる。本年度は粘弾性体のマイクロスケールの構造を反映できる二流体モデルを用いて、その中の三つ玉スイマーの挙動を調べることを目的とする。特にスイマーのサイズとメッシュサイズの関係が、遊泳速度にどのように影響するか計算する。二流体モデルは弾性体ネットワークの方程式と、粘性流体が摩擦を通して結合するモデルになっている。その結果、弾性体ネットワークのメッシュサイズに相当する長さスケールが現れる。三つ玉スイマーは球の大きさ、アームの長さ、アームの振幅など複数の長さスケールを持っている。そのため、それぞれメッシュサイズとの関係を考えて、遊泳速度を解析的および数値的に求める。
また、平成29年度には、生体膜上でのタンパク質の吸着や化学反応による生体膜の形態変化についての研究を引き続き進める。生体膜の外力に対する応答を理解する上で重要な膜内における多体力のストレスのより良い分解法の構築を試みる。
さらに、表面帯電を伴う電解質添加剤としての特に生体界面と材料系に共通してみられる高分子ブラシ間のダイナミクスを理解するためのモデル開発、および電解質系一般に対する分子動力学計算手法の開発の双方を行う。電解質溶液系についてはイオン液体の動力学を考察するのに最近再注目されている分極モデリングの開発を行い、遅いダイナミクスの定量予言手法の改良を目指した研究を行う。

  • 研究成果

    (30件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 4件、 査読あり 14件、 謝辞記載あり 14件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 11件、 招待講演 8件) 備考 (1件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [国際共同研究] Tel Aviv University(Israel)

    • 国名
      イスラエル
    • 外国機関名
      Tel Aviv University
  • [国際共同研究] Indian Institute of Technology Madras(India)

    • 国名
      インド
    • 外国機関名
      Indian Institute of Technology Madras
  • [国際共同研究] University Paris Diderot(France)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      University Paris Diderot
  • [雑誌論文] Swimmer-microrheology2017

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 86 ページ: 043801/1-4

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.7566/JPSJ.86.043801

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Anomalous diffusion in viscoelastic media with active force dipoles2017

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 95 ページ: 032417/1-14

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.95.032417

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Spherically symmetric solvent is sufficient to explain lower critical solution temperature in polymer solutions2017

    • 著者名/発表者名
      Swaminath Bharadwaj, Palakurissi B. Sunil Kumar, Shigeyuki Komura, Abhijit P. Deshpande
    • 雑誌名

      Macromolecular Theory and Simulations

      巻: 26 ページ: 1600073/1-11

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1002/mats.201600073

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Localization and diffusion of tracer particles in viscoelastic media with active force dipoles2017

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, Shigeyuki Komura, and Alexander S. Mikhailov
    • 雑誌名

      EPL

      巻: 117 ページ: 38001/1-7

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1209/0295-5075/117/38001

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Relaxation dynamics of a compressible bilayer vesicle containing highly viscous fluid2016

    • 著者名/発表者名
      T. V. Sachin Krishnan, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 94 ページ: 062414/1-14

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.94.062414

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Unveiling Dimensionality Dependence of Glassy Dynamics: 2D Infinite Fluctuation Eclipses Inherent Structural Relaxation2016

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba, Yasunori Yamada, Takeshi Kawasaki, and Kang Kim
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 117 ページ: 245701/1-6

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.117.245701

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Nonuniqueness of local stress of three-body potentials in molecular simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Koh M. Nakagawa and Hiroshi Noguchi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 94 ページ: 053304/1-11

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.94.053304

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Budding transition of asymmetric two-component lipid domains2016

    • 著者名/発表者名
      Jean Wolff, Shigeyuki Komura, and David Andelman
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 94 ページ: 032406/1-8

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.94.032406

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Construction of nuclear envelope shape by a high-genus vesicle with pore-size constraint2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 111 ページ: 824-831

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2016.07.010

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dynamics of a membrane interacting with an active wall2016

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Shigeyuki Komura, and Ryuichi Okamoto
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 93 ページ: 052407/1-12

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.93.052407

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Nano-domain formation in charged membranes: Beyond the Debye-Huckel approximation2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichi Okamoto, Naofumi Shimokawa, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      EPL

      巻: 114 ページ: 28002/1-6

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1209/0295-5075/114/28002

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Shape deformation of lipid membranes by banana-shaped protein rods: Comparison with isotropic inclusions and membrane rupture2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 93 ページ: 052404/1-10

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevE.93.052404

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Relaxation dynamics of two-component fluid bilayer membranes2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichi Okamoto, Yuichi Kanemori, Shigeyuki Komura, and Jean-Baptiste Fournier
    • 雑誌名

      The European Physical Journal E

      巻: 39 ページ: 52/1-21

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1140/epje/i2016-16052-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Phase diagrams and ordering in charged membranes: Binary mixtures of charged and neutral lipids2016

    • 著者名/発表者名
      Naofumi Shimokawa, Hiroki Himeno, Tsutomu Hamada, Masahiro Takagi, Shigeyuki Komura, and David Andelman
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 120 ページ: 6358-6367

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b03102

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Unveiling Dimensionality Dependence of Glassy Dynamics: 2D Infinite Fluctuation Eclipses Inherent Structural Relaxation2017

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba
    • 学会等名
      International Workshop on Glasses and Related Nonequilibrium Systems
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2017-03-21 – 2017-03-23
    • 国際学会
  • [学会発表] Structure formation of biomembranes induced by protein adsorption2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      Structured Soft Interfaces: Caught Between Multi-Scale Simulation and Application
    • 発表場所
      Leiden, Netherlands
    • 年月日
      2017-01-23 – 2017-01-27
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Anomalous diffusion in active cells2016

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      International Workshop on Hydrodynamic Flows in/of Cells
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2016-11-24 – 2016-11-25
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Anomalous diffusion in active cells2016

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      Interdisciplinary Applications of Nonlinear Science
    • 発表場所
      Kagoshima, Japan
    • 年月日
      2016-11-03 – 2016-11-06
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Membrane Shape Transformation Induced by Banana-Shaped Proteins and Nuclear Pore Complexes2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      CECAM workshop “Mesoscopic Modeling in Physics of Molecular and Cell Biology”
    • 発表場所
      Toulouse, France
    • 年月日
      2016-10-10 – 2016-10-13
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamics of multi-component membranes2016

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      4th International Kyushu Colloid Colloquium
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 年月日
      2016-09-27 – 2016-09-28
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Large-scale coarse-grained simulations of biomembranes using meshless membrane model and lattice monge MC model2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      The 14th International Symposium Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering
    • 発表場所
      Tel Aviv, Israel
    • 年月日
      2016-09-20 – 2016-09-22
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Apparent Dimensionality Dependence of Glassy Dynamics: Infinite Growth of Acoustic Vibrations in Two Dimensions2016

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba
    • 学会等名
      CECAM Workshop “Structure formation in soft colloids”
    • 発表場所
      Vienna, Austria
    • 年月日
      2016-09-19 – 2016-09-22
    • 国際学会
  • [学会発表] Anomalous diffusion in active cells2016

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      BioSoft Frontiers: Physics of Soft and Biological Matter
    • 発表場所
      Rehovot & Tel Aviv, Israel
    • 年月日
      2016-09-18 – 2016-09-21
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Membrane Shape Transformation Induced by Banana-Shaped Proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      4th International Soft Matter Conference
    • 発表場所
      Grenoble, France
    • 年月日
      2016-09-12 – 2016-09-16
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural rheology of the smectic phase2016

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      6th International Mini-workshop
    • 発表場所
      Chiba, Japan
    • 年月日
      2016-04-15 – 2016-04-15
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 好村滋行のバイオ・ソフトマター研究

    • URL

      http://www.comp.tmu.ac.jp/shigekomura/

  • [学会・シンポジウム開催] International Workshop on Hydrodynamic Flows in/of Cells2016

    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2016-11-24 – 2016-11-25

URL: 

公開日: 2018-01-16  

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