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2017 年度 実績報告書

生体膜におけるメソ構造の非平衡ダイナミクス

計画研究

研究領域ゆらぎと構造の協奏:非平衡系における普遍法則の確立
研究課題/領域番号 25103010
研究機関首都大学東京

研究代表者

好村 滋行  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (90234715)

研究分担者 野口 博司  東京大学, 物性研究所, 准教授 (00514564)
芝 隼人  東北大学, 金属材料研究所, 特任助教 (20549563)
研究期間 (年度) 2013-06-28 – 2018-03-31
キーワード生体膜 / 非平衡 / 相分離 / 化学反応 / ずり流動 / ラフト / マイクロレオロジー / ガラス
研究実績の概要

アクティブな力双極子を有する粘弾性体中のブラウン運動について検討した。プローブ粒子の平均二乗変位を計算した結果、熱ゆらぎのみ存在する場合、平均二乗変位は時間の0乗から1乗の間で変化することを導出した。一方、アクティブな力双極子によって、平均二乗変位は時間の0乗から2乗の間の全ての異常拡散が起こることを示した。
ソフトマターのような粘弾性体中を遊泳するマイクロマシンの動作機構について理論的に考察した。具体的には、アクティブ・マイクロレオロジーで使われている基本式を三つ玉スイマーに適用することで、スイマーの遊泳速度とソフトマターの複素粘性率を結びつける関係式を導出した。この関係式によると、三つ玉スイマーがソフトマター中を遊泳するには二通りの可能性があり、一方は形状変形の時間反転対称性を破ることであり、他方はスイマーの構造対称性を破ることである。
生体内では脂質分子の合成、分解が盛んに行われているが、それによって生じる生体膜のダイナミクスはよくわかっていない。親水分子、疎水分子の結合による両親媒性分子の生成、また逆反応による分解を考慮した粗視化分子動力学計算を行い、二重膜の構造変化を研究した。ベシクルの内外に基質の濃度差がある場合、化学反応によって、二重膜の外膜と内膜の間を分子の移動が起こる。これにより、板状の二重膜の形成伸長、ベシクル内への球状のコブ形成が起こることが明らかにした。
イオンのみで液体状態を取る常温溶融塩が電解液、反応溶媒、潤滑剤などとして近年注目されており、メソスケールの内部構造が機能性発現に重要であることが実験的に示唆されている。アルキルイミダゾリウム系イオン液体の合同原子モデルの1マイクロ秒に渡る長時間分子動力学計算により液晶構造の形成を再現し、液晶構造がフラジャイルな動的性質に寄与すること、液晶構造によってイオン輸送が層内に制約され異方的となることを見出した。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (34件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 9件、 査読あり 12件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 17件、 招待講演 4件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Tel Aviv University(Israel)

    • 国名
      イスラエル
    • 外国機関名
      Tel Aviv University
  • [国際共同研究] Indian Institute if Technology Madras(India)

    • 国名
      インド
    • 外国機関名
      Indian Institute if Technology Madras
  • [国際共同研究] University Paris Diderot(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      University Paris Diderot
  • [雑誌論文] Kosmotropic effect leads to LCST decrease in thermoresponsive polymer solutions2018

    • 著者名/発表者名
      Swaminath Bharadwaj, P. B. Sunil Kumar, Shigeyuki Komura, and Abhijit P. Deshpande
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 148 ページ: 084903/1-12

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5012838

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dynamics of a bilayer membrane with membrane-solvent slip boundary conditions2018

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, Shigeyuki Komura, and Jean-Baptiste Fournier
    • 雑誌名

      Soft Materials

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Thermal and active fluctuations of a compressible bilayer vesicle2018

    • 著者名/発表者名
      T V Sachin Krishnan, Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Condensed Matter

      巻: 30 ページ: 175101/1-9

    • DOI

      https://doi.org/10.1088/1361-648X/aab6c7

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Isolating long-wavelength fluctuation from structural relaxation in two-dimensional glass: cage-relative displacement2018

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba, Peter Keim, and Takeshi Kawasaki
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Condensed Matter

      巻: 30 ページ: 094004/1-9

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1088/1361-648X/aaa8b8

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular dynamics study of mesophase transition upon annealing of imidazolium-based ionic liquid with long-alkyl chain2018

    • 著者名/発表者名
      Hailong Peng, Momoji Kubo, and Hayato Shiba
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1039/C8CP00698A

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Lateral diffusion induced by active proteins in a biomembrane2017

    • 著者名/発表者名
      Yuto Hosaka, Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 95 ページ: 052407/1-10

    • DOI

      https://doi.org/10.1103/PhysRevE.95.052407

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamics of a bilayer membrane coupled to a two-dimensional cytoskeleton: Scale transfers of membrane deformations2017

    • 著者名/発表者名
      Ryuichi Okamoto, Shigeyuki Komura, and Jean-Baptiste Fournier
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 96 ページ: 012416/1-10

    • DOI

      https://doi.org/10.1103/PhysRevE.96.012416

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Elastic three-sphere microswimmer in a viscous fluid2017

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Yuto Hosaka, Mizuki Kuroda, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 86 ページ: 093801/1-4

    • DOI

      https://doi.org/10.7566/JPSJ.86.093801

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thermally driven elastic micromachines2017

    • 著者名/発表者名
      Yuto Hosaka, Kento Yasuda, Isamu Sou, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 86 ページ: 113801/1-4

    • DOI

      https://doi.org/10.7566/JPSJ.86.113801

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coexistences of lamellar phases in ternary surfactant solutions2017

    • 著者名/発表者名
      Isamu Sou, Ryuichi Okamoto, Shigeyuki Komura, and Jean Wolff
    • 雑誌名

      Soft Materials

      巻: 15 ページ: 272-281

    • DOI

      https://doi.org/10.1080/1539445X.2017.1354024

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Permeation through a lamellar stack of lipid mixtures2017

    • 著者名/発表者名
      Takuma Hoshino, Shigeyuki Komura, and David Andelman
    • 雑誌名

      EPL

      巻: 120 ページ: 18004/1-7

    • DOI

      https://doi.org/10.1209/0295-5075/120/18004

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Membrane structure formation induced by two types of banana-shaped proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi and Jean-Baptiste Fournier
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 13 ページ: 4099-4111

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1039/c7sm00305f

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Shape Transformation of Biomembrane Induced by Banana-Shaped Protein Rods2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      Biophysical Society 62nd Annual Meeting, San Francisco, USA
    • 国際学会
  • [学会発表] Coarse-Grained Simulations of Biomembranes Using Meshless Membrane Model2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, Tokyo, Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Simulation study of fluctuation and dynamics in low-dimensional systems: crystal melting, amorphous solids, and elastic membranes2018

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba
    • 学会等名
      Workshop on Computer Simulation of Glassy Materials, Changsha, China
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大規模シミュレーションを用いた分子集合体の普遍ゆらぎの開拓(若手奨励賞受賞記念講演)2018

    • 著者名/発表者名
      芝隼人
    • 学会等名
      日本物理学会第 73回年次大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Membrane Shape Transformation Induced by Banana-Shaped Proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      19th IUPAB congress and 11th EBSA congress, Edinburgh, UK
    • 国際学会
  • [学会発表] Unveiling Dimensionality Dependence of Glassy Dynamics: 2D Infinite Fluctuation Eclipses Inherent Structural Relaxation2017

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba
    • 学会等名
      10th Liquid Matter Conference, Ljubljana, Slovenia
    • 国際学会
  • [学会発表] Swimmer-microrheology2017

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      Association in Solution IV, St. John’s, Canada
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Elastic three-sphere microswimmer in a viscous fluid2017

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Kuroda, Kento Yasuda, Yuto Hosaka, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Anomalous diffusion in viscoelastic media with active force dipoles2017

    • 著者名/発表者名
      Shigeyuki Komura, Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, and Alexnder S. Mikhailov
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Pattern formation of skin cancer: Effects of hydrodynamic interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Takuma Hoshino, Shigeyuki Komura, Hsuan-Yi Chen, and Kuo-An Wu
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Stochastic properties of an active force dipole2017

    • 著者名/発表者名
      Yuto Hosaka, Shigeyuki Komura, and Alexander S. Mikhailov
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Membrane Shape Transformation Induced by Banana-Shaped Proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Noguchi
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Smectic Phase Formation in Imidazolium-Based Ionic Liquids with Long Alkyl Chain: the Role of Orientational Dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Hailong Peng and Hayato Shiba
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Unveiling Dimensionality Dependence of Glassy Dynamics: 2D Infinite Fluctuation Eclipses Inherent Structural Relaxation2017

    • 著者名/発表者名
      Hayato Shiba, Yasunori Yamada, Takeshi Kawasaki, and Kang Kim
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Swimmer-microrheology2017

    • 著者名/発表者名
      Kento Yasuda, Ryuichi Okamoto, and Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Morphogenesis of small intestinal villus2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Umemura, Takuma Hoshino, and Shigeyuki Komura
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Coexistences of lamellar phases in ternary surfactant solutions2017

    • 著者名/発表者名
      Isamu Sou, Ryuichi Okamoto, Shigeyuki Komura, and Jean Wolff
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of the cell membrane coupled to cytoskeleton2017

    • 著者名/発表者名
      Chia-Chun Liang, Kento Yasuda, Shigeyuki Komura, and Hsuan-Yi Chen
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会
  • [備考] 好村滋行のバイオ・ソフトマター研究

    • URL

      www.comp.tmu.ac.jp/shigekomura/

URL: 

公開日: 2018-12-17   更新日: 2022-05-18  

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