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2015 年度 実績報告書

時空間秩序の生成とその生命現象への展開

計画研究

研究領域ゆらぎと構造の協奏:非平衡系における普遍法則の確立
研究課題/領域番号 25103012
研究機関同志社大学

研究代表者

吉川 研一  同志社大学, 生命医科学部, 教授 (80110823)

研究分担者 鶴山 竜昭  京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (00303842)
市川 正敏  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (40403919)
研究期間 (年度) 2013-06-28 – 2018-03-31
キーワード生命物理学 / 非平衡開放系 / 時空間秩序 / ソフトマター / 非線形ダイナミクス / 非平衡ゆらぎ / ゲノムDNA / 病態の物理
研究実績の概要

非平衡条件下、生物および非生物には時間空間に関する構造が現れる。この様な秩序を切り口とした生命現象の理解を試みた。重要な成果を中心に実績を報告したい。
フッ素系の油は、普通の油とは相分離するなど、化学的に特異な性質を示す物質として注目されている。弱揮発性のperfluorooctyl bromide (PFOB)を水面に滴下すると、水面上で薄膜を形成し、水面に対してPFOBが濡れた(wet)状態になる。徐々にPFOBが蒸発すると、突然薄膜上に空孔(hole)が現れ、その周りに液滴が自発的に配列する(pearling)する。空孔の成長に伴い、次の段階では、放射状に小滴群が1次元配列パターンを形成する。その後、この小滴群は全体として膨張・収縮を繰り返し、2次元のハチの巣構造(hexagonal)を形成するといった、時間発展が起こる。このような自発的な秩序と液滴の集団運動に関して、理論的な考察を行い、濡れ転移の非線形性を考慮することにより、このような規則構造の現れる機構を説明した。ここで、濡れ転移が、基本的には双安定性を示す現象であり、その速度過程は薄膜の厚みdの3次の非線形項で表されることが、理論モデルの骨格となっている。今回見出された現象は、生物の集団運動など、自然界にみられる非平衡開放条件に起因する時空間の自己秩序形成のメカニズムを理解するためのよいモデル系になると期待される。
さらに、ethanolなどの基質を室温で酸化することによる自己推進運動系の構築に成功している。生物の形態形成の力学モデル、spiralなどの秩序パターンの自己生成, DNAの非平衡構造転移, 大域的な遺伝子発現の臨界状態,などの研究が進展した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の研究計画は、いずれの課題も順調に進展してきている。それに加えて、予想外の需要な発見や、理論モデルの構築など、計画を大きく上回る成果が得られてきている。積的が自発的に形成する時空間の秩序構造や、生物の形態形成の力学モデル、spiralなどの秩序パターンの自己生成, DNAの非平衡構造転移, 大域的な遺伝子発現の臨界状態,などの研究の進展は著しいものがある。

今後の研究の推進方策

1)一分子のゲノムサイズDNAの折り畳み転移:転移のメカニズムの解明を目指す。とくに、DNAな高度に荷電した高分子であり、対イオンである陽イオンとの空間相関が重要になる。DNA凝縮転移の実験とは大きくことなっていることが、吉川らの研究で明らかになってきている。本年は、疎視化モンテカルロ計算を進め(JCP 2015など)、平均場近似では取り込みにくい高度な相関効果を定量的に評価することを試みる。さらに、折り畳み転移により、転写や発現などの機能がどのように変化するのかといった課題も重視し、in vitro実験で定量的な反応速度解析を行う。
2)細胞サイズの特異性と病態解析: DNAを自発的にとりこんだモデル細胞系についての研究を一層推進し、転写や発現などの機能を定量的に計測することを目指す。一方、細胞に対する外部刺激の応答の数理物理モデルに関する研究を推進する。すでに、予備的な研究により、周期刺激の周波数に依存して、2段階の分岐が生じることを見出している。さらに理論研究と並行させて、細胞の周期刺激に対する応用についての実験を位置づける。細胞のモデル系で得られたこれまでの成果を発展させ、癌などの病態に切り込むような研究にまで発展させる。
3)マイクロ・ナノシステムにおける化学→運動のエネルギー変換系: 定常電場や定常的なレーザ照射により、ミクロ物体や流体に規則的な運動を引き起すといった、これまでの研究を一層発展させる。ethanolなどの基質を白金触媒存在下、空気中の酸素で酸化することにより、ミクロな物体の並進や回転運動を引き起こすことが可能になることを見出しているので、この方向の研究を推進することにより、化学反応の自由エネルギーを、等温条件下、直接運動に変化できるような実験系の確立を目指す。

  • 研究成果

    (23件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 4件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 10件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 4件、 招待講演 6件) 備考 (1件) 産業財産権 (2件) (うち外国 2件)

  • [国際共同研究] Institute of Physical Chemistry/Polish Academy of Sciences(Poland)

    • 国名
      ポーランド
    • 外国機関名
      Institute of Physical Chemistry/Polish Academy of Sciences
  • [国際共同研究] Department of Physics/Shaoxing University(China)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      Department of Physics/Shaoxing University
  • [国際共同研究] Nesmeyanov Institute/Moscow(ロシア連邦)

    • 国名
      ロシア連邦
    • 外国機関名
      Nesmeyanov Institute/Moscow
  • [雑誌論文] Chiral Selection in Wrapping, Crossover, and Braiding of DNA Mediated by Asymmetric Bend-Writhe Elasticity2015

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Yanao, Sosuke Sano and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      AIMS Biophysics

      巻: 2 ページ: 666/694

    • DOI

      10.3934/biophy.2015.4.666

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Elimination of a spiral wave pinned at an obstacle by a train of plane waves: Effect of diffusion between obstacles and surrounding media2015

    • 著者名/発表者名
      Masanobu Tanaka, Marcel Hörning, Hiroyuki Kitahata and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Chaos

      巻: 25 ページ: 103127

    • DOI

      10.1063/1.4934561

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discrimination of time-dependent inflow properties with a cooperative dynamical system2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ueno, Tatsuaki Tsuruyama, Bogdan Nowakowski, Jerzy Górecki and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Chaos

      巻: 25 ページ: 103115

    • DOI

      10.1063/1.4931799

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Protective Effect of Ascorbic Acid against Double-strand Breaks in Giant DNA: Marked Differences among the Damage Induced by Photo-irradiation, Gamma-rays and Ultrasound2015

    • 著者名/発表者名
      Yue Ma, Naoki Ogawa, Yuko Yoshikawa, Toshiaki Mori, Tadayuki Imanaka, Yoshiaki Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 638 ページ: 205/209

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2015.08.054

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Self-organized Target and Spiral Patterns through the "Coffee Ring" Effect2015

    • 著者名/発表者名
      Yongjun Chen, Kosuke Suzuki and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 143 ページ: 084702

    • DOI

      10.1063/1.4929341

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Tooth germ invagination from cell-cell interaction: Working hypothesis on the mechanical instability2015

    • 著者名/発表者名
      Hisako Takigawa-Imamura, Ritsuko Morita, Takafumi Iwaki, Takashi Tsuji and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 382 ページ: 284/291

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2015.07.006

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Mode bifurcation of a bouncing dumbbell with chirality2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Kubo, Shio Inagaki, Masatoshi Ichikawa and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Phys.Rev.E

      巻: 91 ページ: 052905

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.052905

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Marked difference in conformational fluctuation between giant DNA molecules in circular and linear forms2015

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Iwaki, Tomomi Ishido, Ken Hirano, Alexei Lazutin, Valentina V. Vasilevskaya, Takahiro Kenmotsu and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 142 ページ: 145101

    • DOI

      10.1063/1.4916309

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Roughening Dynamics of Radial Imbibition in a Porous Medium2015

    • 著者名/発表者名
      Yongjun Chen, Shun N. Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem.

      巻: 119 ページ: 12508/12513

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.5b03157

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Steadily oscillating axial bands of binary granules in a nearly filled coaxial cylinder2015

    • 著者名/発表者名
      Shio Inagaki, Hiroyuki Ebata and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 91 ページ: 010201

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.91.010201

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Compaction of Double-Stranded DNA by Negatively Charged Proteins and Colloids2015

    • 著者名/発表者名
      Anatoly A. Zinchenko and Kenichi Yoshikawa
    • 雑誌名

      Current Opinion in Colloid and Interface Science

      巻: 20 ページ: 60/65

    • DOI

      10.1016/j.cocis.2014.12.005

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 混雑環境が作り出す高次機能:細胞の賢さを学ぶ2016

    • 著者名/発表者名
      吉川研一
    • 学会等名
      日本化学会第96春季年会
    • 発表場所
      同志社大学
    • 年月日
      2016-03-26
    • 招待講演
  • [学会発表] 優しく細胞を抑制する新技術2016

    • 著者名/発表者名
      吉川研一
    • 学会等名
      関西再生医療産業コンソーシアム
    • 発表場所
      大阪合同庁舎(大阪市中央区)
    • 年月日
      2016-03-11
    • 招待講演
  • [学会発表] Physics of Life2016

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      Kyoto Winter School 2016, From Materials to Life: Multidisciplinary Challenges
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2016-02-15
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Extending Physics through the Exotic Events in Life: Simple Theory and Real-World Modeling2015

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      YITP International Workshop: Biological & Medical Science based on Physics:
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2015-11-05
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Physical Aspects of Hierarchical Dynamics in Life: Real-World Modeling and Simple Theory2015

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      iCeMS International Symposium 'Hierarchical Dynamics in Doft Materials and Biological Matter'
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2015-09-23
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Exotic Effects of Cell-Sized Confinement2015

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikaw
    • 学会等名
      Interantional Symposium 'Hierarchical Structures and Dynamics at Soft Interface'
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2015-05-14
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 同志社大学生命物理学研究室ホームページ

    • URL

      http://dmpl.doshisha.ac.jp/

  • [産業財産権] 固形物体を運動させる方法及び装置、及び、送液ポンプ2015

    • 発明者名
      吉川研一
    • 権利者名
      吉川研一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      PCT/JP2015/61985
    • 出願年月日
      2015-04-20
    • 外国
  • [産業財産権] レーザーを用いて細胞を配列する方法及び装置2015

    • 発明者名
      吉川研一
    • 権利者名
      吉川研一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      PCT/JP2015/075659
    • 出願年月日
      2015-09-09
    • 外国

URL: 

公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-01-31  

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