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2017 年度 実績報告書

植物個体発生を支える代謝ネットワークの解明

計画研究

研究領域植物発生ロジックの多元的開拓
研究課題/領域番号 25113010
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

平井 優美  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (90415274)

研究分担者 望月 敦史  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (10304726)
及川 彰  山形大学, 農学部, 准教授 (50442934)
研究期間 (年度) 2013-06-28 – 2018-03-31
キーワード代謝ネットワーク / 発生 / メタボロミクス / 数理モデリング / 分子遺伝学
研究実績の概要

シロイヌナズナのチトクロムP450機能破壊株の1つであるcyp77a4株では、オーキシン関連変異体に似た子葉のパターニング異常が見られ、胚においてのみオーキシン応答性に異常が認められた。またCYP77A4は小胞体に関連する膜に局在した。CYP77A4は脂肪酸のエポキシ化に関与するという既報も考慮し、CYP77A4を介した代謝経路が胚におけるオーキシンの極性輸送に関与し、胚のパターニングを制御することを明らかにした(Kawade, Li et al. Development, 2018)。
セリン生合成リン酸化経路の初発酵素PGDHは、シロイヌナズナでは3つの遺伝子AtPGDH1, 2, 3にコードされる。AtPGDH1及び3の酵素活性はセリンによるフィードバック阻害のほか、ホモシステイン等のアミノ酸による活性化を受けることを示した(Okamura & Hirai, Sci. Rep. 2017)。また、ゼニゴケPGDHは1遺伝子よってコードされ、AtPGDH1及び3と同様にアミノ酸による活性制御を受けることを示した(Akashi, Okamura et al. Front. Plant Sci. 2018)ほか、代表的な陸上植物のPGDHのアミノ酸による活性制御の有無を明らかにした(投稿準備中)。
これまでに、化学反応ネットワークの構造から酵素活性の変化に対する代謝物濃度の応答を予測する数理理論を開発した。この理論とメタボロミクスの組合せにより、生体内で過剰なピロリン酸がUDP-グルコースピロホスホリラーゼを阻害することを明らかにした(Ferjani et al. Sci. Rep. 2018)。
また、導管細胞の表層微小管の周期パターン形成メカニズムを実験と数理モデルの組み合わせにより解明した。周期パターン形成を実現する数理的条件を求め、必要な分子間相互作用を予測した(Nagashima et al. Sci. Rep. 2018)。

現在までの達成度 (段落)

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2018 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (4件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The cytochrome P450 CYP77A4 is involved in auxin-mediated patterning of the Arabidopsis thaliana embryo2018

    • 著者名/発表者名
      Kawade Kensuke、Li Yimeng、Koga Hiroyuki、Sawada Yuji、Okamoto Mami、Kuwahara Ayuko、Tsukaya Hirokazu、Hirai Masami Yokota
    • 雑誌名

      Development

      巻: 145 ページ: 168369

    • DOI

      10.1242/dev.168369

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Pyrophosphate inhibits gluconeogenesis by restricting UDP-glucose formation in vivo2018

    • 著者名/発表者名
      Ferjani Ali、Kawade Kensuke、Asaoka Mariko、Oikawa Akira、Okada Takashi、Mochizuki Atsushi、Maeshima Masayoshi、Hirai Masami Yokota、Saito Kazuki、Tsukaya Hirokazu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 14696

    • DOI

      10.1038/s41598-018-32894-1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification and Biochemical Characterization of the Serine Biosynthetic Enzyme 3-Phosphoglycerate Dehydrogenase in Marchantia polymorpha2018

    • 著者名/発表者名
      Akashi Hiromichi、Okamura Eiji、Nishihama Ryuichi、Kohchi Takayuki、Hirai Masami Y.
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Science

      巻: 9 ページ: 956

    • DOI

      10.3389/fpls.2018.00956

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Rho-based reaction-diffusion system governs cell wall patterning in metaxylem vessels2018

    • 著者名/発表者名
      Nagashima Yoshinobu、Tsugawa Satoru、Mochizuki Atsushi、Sasaki Takema、Fukuda Hiroo、Oda Yoshihisa
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 11542

    • DOI

      10.1038/s41598-018-29543-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 脂肪酸エポキシ化酵素による胚のパターン形成制御2018

    • 著者名/発表者名
      川出 健介
    • 学会等名
      第59回日本植物生理学会年会(札幌)
  • [学会発表] セリン生合成を担う3- ホスホグリセリン酸脱水素酵素のアロステリック制御機構と分子進化2018

    • 著者名/発表者名
      岡村 英治
    • 学会等名
      第59回日本植物生理学会年会(札幌)
  • [学会発表] ゼニゴケにおけるセリン生合成酵素3- ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼの機能2018

    • 著者名/発表者名
      平井 優美
    • 学会等名
      第60回日本植物生理学会年会(名古屋)
  • [学会発表] Novel insights into mechanisms underlying growth defects associated with trinucleotide repeat expansion in Arabidopsis thaliana2018

    • 著者名/発表者名
      李 一蒙
    • 学会等名
      第60回日本植物生理学会年会(名古屋)
  • [備考] 植物の双葉を2枚にする酵素を発見 -植物の形づくりと代謝反応の関係のさらなる理解に貢献-

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180913_1/

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公開日: 2019-12-27  

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