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2013 年度 実績報告書

クロマチン機能を保証する核膜の構造と分子基盤

計画研究

研究領域動的クロマチン構造と機能
研究課題/領域番号 25116006
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

研究機関独立行政法人情報通信研究機構

研究代表者

原口 徳子  独立行政法人情報通信研究機構, 未来ICT研究所, 上席研究員 (20359079)

研究分担者 淺川 東彦  大阪大学, 生命機能研究科, 助教 (70399533)
研究期間 (年度) 2013-06-28 – 2018-03-31
キーワード細胞・組織 / 細胞核 / クロマチン / 細胞構造 / タンパク質
研究概要

細胞増殖や発生過程におけるクロマチン機能を保証する核膜の構造とその分子基盤を明らかにすることを目的とする。本年度は3項目に関して研究を行い、以下の成果を得た。
1)人工ビーズを用いたクロマチン機能に必要な核膜因子の同定: DNAを結合した人工ビーズを生きたHeLa細胞に導入し、ビーズ周辺で誘導される核膜構造を、蛍光イメージング法を用いて解析した。その結果、細胞内に入ったビーズのDNAに、クロマチンタンパク質barrier-to-autointegration factor (BAF)が結合することによって、ビーズ周辺に核膜様の膜構造が形成されることが分かった。RNAi干渉法を使った各種タンパク質のノックダウンから、この核膜様膜構造形成は、オートファジー膜形成と拮抗することが分かった。この結果は、細胞内に侵入した外来DNAがオートファジーの自食作用により消失するのを、核膜が防ぐ働きをすることを示している。
2)天然微小核を用いたクロマチン機能を保証する核膜因子の解明: U2OS細胞で高頻度に見られる微小核の核膜を、間接蛍光抗体法を用いて解析した。その結果、通常の核と比較して、量が少ない核膜タンパク質が存在すること、核膜裏打ちタンパク質のラミンが少ない場所があることが分かった。
3)進化的に保存された核膜タンパク質のクロマチン機能に果たす役割の解明:核膜孔複合体に着目して研究を行った。分裂酵母の核膜孔複合体を構築するタンパク質(ヌクレオポリン)を31種類同定した。各ヌクレオポリンについて、欠失変異体を作成し、増殖に必須かどうか検討した。増殖に必須なヌクレオポリンは15種類、必須でないものが16種類であった。増殖に必須でないヌクレオポリンであっても、欠質させると、減数分裂過程に異常がでるものが11種類あった。この結果は、ヌクレオポリンが生殖細胞形成に重要な役割を果たすことを示している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

初年度となる本年度、細胞内に導入したDNAビーズを用いた解析では、RNAiによるノックダウンを行うことによってBAFが核膜様の膜形成に重要であることを明らかにすることができた。この成果は、当初では次年度に想定していたものである。また、微小核では、ラミンなどの核膜タンパク質に異常があることが分かった。分裂酵母の核膜孔複合体を構成する全ヌクレオポリンを同定し、それらの多くが増殖や生殖細胞の形成に必要であることを証明した。この結果は、論文(Asakawa et al, Nucleus, 2014)として発表した。これらの成果から、当初の計画以上に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

DNAビーズだけでなく、今後は、目的タンパク質をビーズ上に結合させる方法を開発する。可能ならば、結合量や結合方向(N末端かC末端か)を任意に選ぶことができる方法を開発したい。それによって、目的タンパク質を思い通りに選び、量・質というさまざまな条件で、目的タンパク質の機能を調べることができるようになる。天然微小核を用いた研究では、蛍光生細胞イメージング法とRNAiによるノックダウンを使って、微小核の維持に働く核膜因子を同定する。進化的に保存された核膜タンパク質としてLEM2とヌクレオポリンに着目し、これまで不明だった核膜タンパク質とクロマチン機能・構造との関連を、遺伝学やイメージング法を用いて明らかにする。特に、目的タンパク質の変異体と野生株のミニ染色体の脱落頻度を比較することによって、核膜タンパク質のセントロメア機能について明らかにしたい。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (11件) (うち招待講演 3件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Characterization of nuclear pore complex components in fission yeast Schizosaccharomyces pombe.2014

    • 著者名/発表者名
      Asakawa H, Yang HJ, Yamamoto TG, Ohtsuki C, Chikashige Y, Sakata-Sogawa K, Tokunaga M, Iwamoto M, Hiraoka Y, Haraguchi T.
    • 雑誌名

      Nucleus

      巻: 5 ページ: -

    • DOI

      10.4161/nucl.28487

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-destructive handling of individual chromatin fibers isolated from single cells in a microfluidic device utilizing an optically driven microtool2014

    • 著者名/発表者名
      Oana H, Nishikawa K, Matsuhara H, Yamamoto A, Yamamoto TG, Haraguchi T, Hiraoka Y, Washizu M.
    • 雑誌名

      Lab on a Chip

      巻: 14 ページ: 696-704

    • DOI

      10.1039/c3lc51111a

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 超高分解蛍光顕微鏡法2014

    • 著者名/発表者名
      松田厚志、平野泰弘、原口徳子
    • 雑誌名

      光アライアンス

      巻: - ページ: 31-35

  • [雑誌論文] Puromycin resistance gene as an effective selection marker for ciliate Tetrahymena2013

    • 著者名/発表者名
      Iwamoto M, Mori C, Hiraoka Y, Haraguchi T.
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 534 ページ: 249-255

    • DOI

      10.1016/j.gene.2013.10.049

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The role of chromosomal retention of noncoding RNA in meiosis2013

    • 著者名/発表者名
      Ding DQ, Haraguchi T, Hiraoka Y.
    • 雑誌名

      Chromosome Res.

      巻: 21 ページ: 665-672

    • DOI

      10.1007/s10577-013-9389-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recruitment of the autophagic machinery upstream of LC3 is mediated by ubiquitin on host endosomal membranes during infection-induced autophagy2013

    • 著者名/発表者名
      Fujita, N, Morita, E., Itoh, T, Tanaka, A, Nakaoka, M, Osada, Y, Umemoto, T, Saitoh, T, Nakatogawa, H, Kobayashi, S, Haraguchi, T, Guan, J-L, Saito, K, Ishibashi, K, Akira, S, Fukuda, M, Noda, T, Yoshimori T.
    • 雑誌名

      J. Cell Biol.

      巻: 203 ページ: 115-128

    • DOI

      10.1083/jcb.20134188

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-invasive handling of chromatin fibers isolated from individual cells in a microchannel utilizing an optically driven microtool- Toward direct epigenetic analysis under microscope-2013

    • 著者名/発表者名
      Oana, H, Nishikawa, K, Matsuhara, H, Yamamoto, A., Yamamoto, T.G, Haraguchi, T, Hiraoka, Y, Washizu, M.
    • 雑誌名

      Proc. 17th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS 2013)

      巻: - ページ: 1995-1997

    • 査読あり
  • [学会発表] Non-invasive handling of chromatin fibers isolated from individual cells in a microchannel utilizing an optically driven microtool –Toward direct epigenetic analysis under microscope-2013

    • 著者名/発表者名
      Oana, H. Nishikawa, K, Matsuhara, H, Yamamoto, A, Yamamoto, TG, Haraguchi, T, Hiraoka, Y, Washizu M.
    • 学会等名
      The 17th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences
    • 発表場所
      Messe Freiburg (Freiburg, GERMANY)
    • 年月日
      20131027-20131031
  • [学会発表] Comprehensive analysis of nucleoporins reveals structural difference between MAC and MIC nuclear pore complexes of Tetrahymena thermophila2013

    • 著者名/発表者名
      Haraguchi, T.
    • 学会等名
      The Marine Biological Laboratory :Mechanisims of Nuclear Transport Conference
    • 発表場所
      Woods Hole(Boston, USA)
    • 年月日
      20131018-20131024
  • [学会発表] Super-resolution microscopic measurements of chromatin compaction in fission yeast reveal uncoupling of condensed chromatin from silent loci2013

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, A. Kimura H, Haraguchi T, Hiraoka Y.
    • 学会等名
      EMBO Nuclear Structure and Dynamics meeting
    • 発表場所
      The Domaine de Mousquety(L'Isle-sur-la-Sorgue, France)
    • 年月日
      20131002-20131006
  • [学会発表] Live cell imaging of cellular structures at high resolution

    • 著者名/発表者名
      原口徳子
    • 学会等名
      竹安先生シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学(京都府京都市)
    • 招待講演
  • [学会発表] 染色体安定性に関わる分裂酵母核膜タンパク質

    • 著者名/発表者名
      丹下喜恵、淺川東彦、原口徳子、平岡泰
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際展示場、神戸市ポートアイランド(兵庫県)
  • [学会発表] 核膜形成に対するクロマチン-核膜タンパク質相互作用の役割

    • 著者名/発表者名
      原口徳子、小林昇平、荒神尚子、小坂田裕子、糀谷知子、森知栄、平岡泰
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際展示場、神戸市ポートアイランド(兵庫県)
    • 招待講演
  • [学会発表] BAF依存的な核膜集合は外来DNAへのオートファジー集合を回避する

    • 著者名/発表者名
      小林昇平、糀谷知子、小坂田裕子、荒神尚子、森知栄、平岡泰、原口徳子
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際展示場、神戸市ポートアイランド(兵庫県)
  • [学会発表] 分裂酵母核内膜タンパク質Lem2の解析

    • 著者名/発表者名
      丹下喜恵、川上慶、東傑人、村上洋太、原口徳子、平岡泰
    • 学会等名
      第31回染色体ワークショップ・第12回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      ホテルおかだ(神奈川県足柄下郡)
  • [学会発表] 大小核をもつテトラヒメナの核膜孔複合体構成因子の網羅的解析

    • 著者名/発表者名
      岩本政明、小坂田裕子、森知栄、長尾恒治、小布施力史、平岡泰、原口徳子
    • 学会等名
      第31回染色体ワークショップ・第12回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      ホテルおかだ(神奈川県足柄下郡)
  • [学会発表] Comprehensive characterization of nucleoporins reveals structural difference between MAC and MIC nuclear pore complexes of Tetrahymena thermophila

    • 著者名/発表者名
      Iwamoto, M, Osakada, H, Mori, C, Nagao, K, Obuse, C, Hiraoka, Y, Haraguchi, T.
    • 学会等名
      FASEB meeting “CILIATE MOLECULAR BIOLOGY”
    • 発表場所
      Steamboat Springs(Bethesda, USA)
  • [学会発表] Fission yeast nuclear membrane proteins that affect chromosome movements

    • 著者名/発表者名
      Tange, Y, Asakawa, H, Yang, H-J, Chikashige Y, Haraguchi, T, Hiraoka Y.
    • 学会等名
      EMBO Conference on Fission Yeast: pombe 2013
    • 発表場所
      Senate House(London, UK)
    • 招待講演
  • [図書] 染色体と細胞核のダイナミクス(第1章細胞核の基本構造.)2013

    • 著者名/発表者名
      平岡泰、原口徳子
    • 総ページ数
      236(1-7)
    • 出版者
      .(株)化学同人
  • [図書] 染色体と細胞核のダイナミクス(第9章核膜の機能・構造・ダイナミクス)2013

    • 著者名/発表者名
      原口徳子、岩本政明
    • 総ページ数
      236(129-145)
    • 出版者
      .(株)化学同人
  • [図書] 染色体と細胞核のダイナミクス2013

    • 著者名/発表者名
      平岡泰、原口徳子(編著)
    • 総ページ数
      236
    • 出版者
      .(株)化学同人
  • [備考] (独)情報通信研究機構 生物情報グループ

    • URL

      http://www2.nict.go.jp/advanced_ict/bio/w131103/CellMagic/

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公開日: 2015-05-28  

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