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2017 年度 実績報告書

冥王代化学進化

計画研究

研究領域冥王代生命学の創成
研究課題/領域番号 26106003
研究機関東京工業大学

研究代表者

クリーヴス ヘンダーソン  東京工業大学, 地球生命研究所, 特任准教授 (60723608)

研究分担者 原 正彦  東京工業大学, 物質理工学院, 教授 (50181003)
青野 真士  慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (00391839) [辞退]
車 兪徹  東京工業大学, 地球生命研究所, 特任准教授 (40508420)
矢野 隆章  東京工業大学, 物質理工学院, 助教 (90600651)
藤島 皓介  東京工業大学, 地球生命研究所, 研究員 (00776411)
金井 昭夫  慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 教授 (60260329)
フェアエンバック アルバート  東京工業大学, 地球生命研究所, 研究員 (40723680)
燒山 佑美  大阪大学, 工学研究科, 准教授 (60636819)
研究期間 (年度) 2014-07-10 – 2019-03-31
キーワード鉱物表面 / 化学進化反応 / ナノスケール分析 / ペプチド結合
研究実績の概要

本研究の目的は、生体分子(アミノ酸等)と鉱物表面との相互作用をナノスケールで定量・定性分析する手法を確立し、生命進化反応における鉱物表面の触媒作用を解明することである。本年度は、X線光電子分光(XPS: X-ray Photoelectron Spectroscopy)を用いて、酸化チタン(TiO2)表面におけるアミノ酸分子の重合化(二量体化)メカニズムを解明した。具体的には、(110)結晶面を優先的に有するTiO2粉末表面にグリシン水溶液を噴霧し、グリシン分子を粉末表面に吸着させた。その際に、100°Cに加熱したホットプレート上でグリシン水溶液を噴霧した後に1 分間静置し乾燥させる湿潤・ 乾燥サイクルを考案し、原始地球環境下における湿潤・ 乾燥サイクルを模倣した。湿潤・ 乾燥サイクル後のTiO2粉末表面のXPS測定を行ったところ、N1sコアレベルのXPSスペクトルにおいてグリシン二量体のペプチド結合(-CONH-)由来のピークが確認され、TiO2粉末表面でグリシンの二量体化が促進されることが示された。さらに、二量体化の効率は、1)湿潤・環境サイクル回数、2)TiO2粉末の粒径、3)TiO2粉末の結晶種(ルチル型、アナターゼ型)に依存することも見出した。また、国際共同研究加速基金を利用して、量子化学理論研究者のMonti博士(ICCOM-CNR, Italy)と共同研究を行い、グリシンの重合化におけるTiO2表面の触媒作用を実験と理論の両輪から解明した。
TiO2以外の鉱物として黄鉄鉱(FeS2)に着目し、FeS2表面におけるアミノ酸(システイン)の化学進化反応分析を行った。特に、A05班と連携してFeS2表面におけるシステイン分子の吸着・二量体化反応について、A06班と連携して鉄・硫黄クラスターの形成反応について分析した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は、X線光電子分光を用いた表面分析と化学反応分子動力学を用いた計算解析を融合し、酸化チタン鉱物表面におけるアミノ酸重合化のメカニズムを実験と理論の両面から解明した。さらに、A05班およびA06班と連携して、黄鉄鉱表面におけるシステイン分子の化学進化反応(吸着、重合化、鉄・硫黄クラスター形成)について、そのメカニズムの理解の深化を図った。以上の成果により、当初の予定通り研究が進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

今後(最終年度)は、冥王代の地球環境を模した条件(紫外線照射、pH制御、湿潤・環境サイクル)下におけるアミノ酸分子と鉱物表面の相互作用を包括的に議論し、鉱物表面におけるアミノ酸分子の化学進化反応(吸着、重合化、鉄・硫黄クラスター形成)メカニズムを表面科学の観点から総括する。特に、国際活動支援費等を活用して分子動力学計算を得手とする海外の研究グループとの共同研究を加速させ、冥王代における化学進化反応メカニズムを実験と理論の両面から分子レベルで解明する。これにより、バルク鉱物における巨視的な系での議論に留まっていた従来のアプローチから脱却し、化学進化研究の新しい潮流を確立する。

備考

受賞:H29年度若手科学者賞 矢野 隆章

  • 研究成果

    (48件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 7件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 12件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 16件、 招待講演 12件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Blue Marble Space Institute of Science/Georgia Institute of Technology/Harvard University(U.S.A.)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Blue Marble Space Institute of Science/Georgia Institute of Technology/Harvard University
    • 他の機関数
      6
  • [国際共同研究] Faculty of Applied Science Oxford/Imperial College London/UK Centre for Astrobiology, SUPA,(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      Faculty of Applied Science Oxford/Imperial College London/UK Centre for Astrobiology, SUPA,
  • [国際共同研究] DLR, Institute of lanetary Research/DLR, Institute of Aerospace Medicine/Earth Observation Center(EOC)(Germany)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      DLR, Institute of lanetary Research/DLR, Institute of Aerospace Medicine/Earth Observation Center(EOC)
  • [国際共同研究] LISA, CNRS UMR 7583/CBM,CNRS UPR4301/IBMM, CNRS UMR5247(France)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      LISA, CNRS UMR 7583/CBM,CNRS UPR4301/IBMM, CNRS UMR5247
  • [国際共同研究] Leiden Institute of Chemistry/University Utrecht(オランダ)

    • 国名
      オランダ
    • 外国機関名
      Leiden Institute of Chemistry/University Utrecht
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      1
  • [雑誌論文] Estimating the capacity for production of formamide by radioactive minerals on the prebiotic Earth2018

    • 著者名/発表者名
      Zachary R. Adam, Yayoi Hongo, H. James Cleaves II, Ruiqin Yi, Albert C. Fahrenbach, Isao Yoda, Masashi Aono
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 265 ページ: 1-8

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41598-017-18483-8

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Size-Dependent Affinity of Glycine and Its Short Oligomers to Pyrite Surface: A Model for Prebiotic Accumulation of Amino Acid Oligomers on a Mineral Surface.2018

    • 著者名/発表者名
      Afrin, R., Ganbaatar, N., Aono, M., Cleaves HJ., Yano, T., and Hara, M.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 19(2) ページ: E365

    • DOI

      10.3390/ijms19020365

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Prebiotic geochemical automata at the intersection of radiolytic chemistry, physical complexity and systems biology,2018

    • 著者名/発表者名
      Adam, ZR., Fahrenbach, AC., Kacar, B., Aono, M.
    • 雑誌名

      Complexity

      巻: ‐ ページ: ‐

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Synthesis of imidazole-activated ribonucleotides using cyanogen chloride,2018

    • 著者名/発表者名
      Yi, R., Hongo, Y., Fahrenbach, AC.
    • 雑誌名

      Chemical Communication

      巻: 54 ページ: 511~514

    • DOI

      101039/c7cc08489g

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] De Novo Synthesis of Basal Bacterial Cell Division Proteins FtsZ, FtsA, and ZipA Inside Giant Vesicle2018

    • 著者名/発表者名
      Furusato, T., Horie, F., Matsubayashi, HT., Amikura, K., Kuruma, Y., Ueda, T.
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: ‐ ページ: ‐

    • DOI

      10.1021/acssynbio.7b00350

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cysteine and cystine adsorption on FeS2(100)2018

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T., Yano, T., Hara, M., Ebisuzaki, T.,
    • 雑誌名

      Surface Science

      巻: ‐ ページ: ‐

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Systematic analysis of the binding surfaces between tRNAs and their respective aminoacyl tRNA synthetase based on structural and evolutionary data2018

    • 著者名/発表者名
      Tamaki, S., Tomita, M., Suzuki, H. and Kanai, A.
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 8 ページ: 227

    • DOI

      10.3389/fgene.2017.00227

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Astrobiology and the Possibility of Life on Earth and Elsewhere2017

    • 著者名/発表者名
      Herve, C., Kotler, J., Bartik, K., Cleaves, HJ., Cockell, C., de Vera, J., Ehrenfreund, P., et al.
    • 雑誌名

      Space Science Reviews

      巻: 209 ページ: 1~42

    • DOI

      10.1007/s11214-015-0196-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Exploring astrobiology using in silico molecular structure generation.2017

    • 著者名/発表者名
      Markus, M., and Cleaves, HJ.
    • 雑誌名

      Phil. Trans. R. Soc. A

      巻: 375(2109) ページ: 20160344

    • DOI

      10.1098/rsta.2016.0344

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Subsumed complexity: abiogenesis as a by-product of complex energy transduction.2017

    • 著者名/発表者名
      Adam, Z. R., Zubarev, D., Aono, M., and Cleaves, HJ.
    • 雑誌名

      Phil. Trans. R. Soc. A

      巻: 375(2109) ページ: 20160348

    • DOI

      10.1098/rsta.2016.0348

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Computational exploration of the chemical structure space of possible reverse tricarboxylic acid cycle constituents.2017

    • 著者名/発表者名
      Markus, M., and Cleaves, HJ.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 17540(2017)

    • DOI

      10.1038/s41598-017-17345-7

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Common and potentially prebiotic origin for precursors of nucleotide synthesis and activation,2017

    • 著者名/発表者名
      Fahrenbach, AC., Giurgiu, C., Tam, CP., Li, L., Hongo, Y., Aono, M., Szostak, JW.
    • 雑誌名

      Journal of American Chemical Society:

      巻: 139(26) ページ: 8780~8783

    • DOI

      10.1021/jacs.7b01562

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Surface force analysis of glycine adsorption on different crystal surfaces of titanium dioxide (TiO2)2017

    • 著者名/発表者名
      Ganbaatar, N., Imai, K., Yano, T., Hara M.
    • 雑誌名

      Nano Convergence

      巻: 4 ページ: 38

    • DOI

      10.1186/s40580-017-0125-y

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ケミカルスペースを旅するアメーバ計算モデル2017

    • 著者名/発表者名
      青野真士, 大古田香織
    • 雑誌名

      現代化学

      巻: 9 ページ: 30~36

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural Biochemistry2018

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      EON-ELSI Winter School, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] “群体”の変化としてとらえる分子進化研究の重要性2018

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      ゲノム未来会議3.0 鶴岡
  • [学会発表] Footprints of Biomolecules on Mineral Surfaces: A Study Leading to Origin of Life2018

    • 著者名/発表者名
      Afrin, R., Cleaves, HJ., Yano, T., Hara, M.
    • 学会等名
      6th ELSI International Symposium, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Footprints of Biomolecules on Mineral Surfaces: A Study Leading to Origin of Life2018

    • 著者名/発表者名
      Afrin, R., Cleaves, HJ., Yano, T., Hara, M.
    • 学会等名
      Origin of Life Gordon Research Conference. Galveston, TX, USA,
    • 国際学会
  • [学会発表] Footprints of Biomolecules on Mineral Surfaces: A Study Leading to Origin of Life2018

    • 著者名/発表者名
      Afrin, R., Cleaves, HJ., Yano, T., Hara, M.
    • 学会等名
      EON-ELSI Winter School, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • 国際学会
  • [学会発表] Applications of Computational Chemistry to Prebiotic Chemistry2017

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      The EON Workshop on Computational Chemistry: From Components to Systems and Back, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Organic Targets for Solar System Exploration2017

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      International Workshop on Life Detection Technology: For Mars, Enceladus, and Beyond, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The Signal and the Noise: Organic Biomarkers in Chemical Space2017

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      Cosmic Perspective of Earth: A Planet Permeated and Shaped by Life - Implications for Astrobiology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Computational Exploration of the Chemical Space of Nucleic Acid-Like Compounds2017

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      18th ISSOL Meeting, La Jolla, CA
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Universal Mass Spectrometry-Based Life Detection2017

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      Planetary Science Vision 2050 Workshop, NASA Headquarters, Washington, DC
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Construction of a Model Cell Membrane Applicable to the Protocell Study2017

    • 著者名/発表者名
      Kuruma, Y.
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Construction of an artificial cell for the study of early cells, International Conference The Origin of Life2017

    • 著者名/発表者名
      Kuruma, Y.
    • 学会等名
      International Conference The Origin of Life Synergy among the RNA, Protein, and Lipid Worlds, University of Tokyo, Tokyo, Japan
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] アーキア及び真核生物における変則型tRNA遺伝子の発見とその進化2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      九州大学大学院 生物資源環境科学府 生命機能科学専攻 「生物機能分子化学セミナー」福岡
    • 招待講演
  • [学会発表] Large-scale molecular evolutionary analysis of the Clp1 polynucleotide kinase family that is involved in pre-tRNA splicing2017

    • 著者名/発表者名
      M. Saito, S. Nagata, M. Tomita, H. Suzuki and A. Kanai
    • 学会等名
      RNA 2017: The 22nd Annual Meeting of the RNA Society, Prague, Czech Republic
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 機能性RNAの性状と進化の解析 --- 古典的ノンコーディングRNAから人工低分子RNAまで2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      近畿大学薬学研究科 大学院特別講義 (創薬選択セミナー) 大阪 口頭発表
    • 招待講演
  • [学会発表] ワークショップ「遺伝暗号Magic20の起源と進化」真核生物におけるtRNAの多様性と遺伝暗号との関連2017

    • 著者名/発表者名
      浜島聖文、金井昭夫
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
    • 招待講演
  • [学会発表] 表面分光分析法を駆使した酸化チタン鉱物表面とアミノ酸との吸着相互作用解析2017

    • 著者名/発表者名
      栗本絵利久, 矢野隆章, 原正彦
    • 学会等名
      第37回表面科学学術講演会 ,横浜
  • [学会発表] 二酸化チタンナノ粒子を用いた表面増強ラマン散乱分光法の開発と分子吸着相互作用分析への応用2017

    • 著者名/発表者名
      田中雄介, 矢野隆章, 原正彦
    • 学会等名
      第37回表面科学学術講演会 ,横浜
  • [学会発表] In vitro RNA-peptide co-evolution system for screening ATP-binding RNP2017

    • 著者名/発表者名
      Fujishima, K., Greenberg, D., Kobayashi, A., Kuruma, Y., Mizuuchi, R., Rothschild, LJ. and Ditzler, MA.
    • 学会等名
      18th International Conference on the Origin of Life, San Diego, CA, USA
    • 国際学会
  • [学会発表] Can peptide- RNA coevolution provide unique opportunities for evolutionary innovation ?2017

    • 著者名/発表者名
      Fujishima, K., Greenberg, D., Kuruma, Y., Mizuuchi, R., Rothschild, LJ. and Ditzler, MA.
    • 学会等名
      AbSciCon 2017 Mesa, AZ, USA
    • 国際学会
  • [学会発表] 立体構造並びに配列データに基づいたtRNA-アミノアシルtRNA合成酵素結合表面の進化学的解析2017

    • 著者名/発表者名
      玉木聡志、冨田勝、鈴木治夫、金井昭夫
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
  • [学会発表] tRNA前駆体スプライシングに関わるClp1タンパク質の大規模分子進化解析2017

    • 著者名/発表者名
      齋藤元文、永田祥平、冨田勝、玉木聡志、鈴木治夫、金井昭夫
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
  • [学会発表] 黄鉄鉱の液中レーザーアブレーションによる鉄含有クラスターの生成2017

    • 著者名/発表者名
      本橋優香, 燒山佑美, 真船文隆, 岡島元, 坂本章, 清水俊彦, 南佑輝, 猿倉信彦, 櫻井英博
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会, 船橋
  • [学会発表] Earth without Life: A Systems Model of a Global Abiotic Nitrogen Cycle2017

    • 著者名/発表者名
      Cleaves HJ.
    • 学会等名
      18th ISSOL Meeting, La Jolla, CA
    • 国際学会
  • [学会発表] 黄鉄鉱の液中レーザーアブレーションによる鉄含有ナノ粒子の生成2017

    • 著者名/発表者名
      本橋優香, 燒山佑美, 真船文隆, 岡島元, 坂本章 , 櫻井英博
    • 学会等名
      第7回CSJ化学フェスタ, 船堀
  • [学会発表] Amino Acids Adsorption to Mineral Surfaces: Basis for Prebiotic Molecule Accumulation Studied at Nanoscale2017

    • 著者名/発表者名
      Afrin, R., Ganbaatar N., Aono M., Yano T., Hara M.,Afrin, R., Ganbaatar N., Aono M., Yano T., Hara M.
    • 学会等名
      the 18th International Conference on the Origin of Life (ISSOL) Meeting, San Diego, CA, USA
    • 国際学会
  • [図書] アーキア生物学2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 総ページ数
      212
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      978-4-320-05785-2
  • [備考] 冥王代生命学の創成

    • URL

      http://www.hadean.jp/report/2ndsymp.html

URL: 

公開日: 2018-12-17   更新日: 2022-05-18  

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