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2018 年度 実績報告書

ncRNAのケミカルタクソノミ

計画研究

研究領域ノンコーディングRNAネオタクソノミ
研究課題/領域番号 26113003
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 勉  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782)

研究期間 (年度) 2014-07-10 – 2019-03-31
キーワードRNA修飾
研究実績の概要

本研究ではRNA修飾などRNAの化学特性に基づいたncRNAケミカルタクソノミを確立することを目的とする。
ヒトを含む哺乳動物のmRNAにおける主要なメチル化酵素の発見とその機能の解明に関する研究が、Science誌のResearch articleとして掲載された(Science, 2019)。修飾構造の発見から40年以上その機能が不明であったmRNAのメチル化修飾の生合成と機能を解明した画期的な研究成果であり、生命科学全体で大きなインパクトがあった。すでにNature姉妹紙を含むいくつかの総説で解析記事が掲載された。生物医学論文の中から注目論文を選出するFaculty of 1000より、インパクトの高い論文として選出された。またAltmetricによればこの論文は、全論文の中で上位3%以内にランクされている。
ヒトミトコンドリアにおいて、tRNA修飾の生合成を研究する過程で、細胞内の炭酸ガス濃度によって、tRNA修飾がダイナミックに変動する現象を捉えた。この知見はがん細胞が低酸素環境下でミトコンドリアの活性を低下させ、嫌気的解糖系を更新させるワールブルク効果の一端を説明するメカニズムである(Nature Commun.,2018)。また、細胞内のSAM濃度を感知して、ダイナミックに変動するrRNAのメチル化修飾を見出した(Nucleic Acid Res., 2019)。これらの現象は、細胞内メタボライト濃度を感知し、RNA修飾を変動させることにより、タンパク合成を調節する機構であると考えられる。
酢酸イオンを基質としてtRNAをアセチル化する新規酵素を同定した。この知見は、RNA修飾と代謝研究を結びつけるものであるとともに、遺伝暗号の正確な解読にtRNA修飾が重要な役割を担っていることを示す画期的な成果である(Nature Chem Biol.,2018)。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (30件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 7件、 招待講演 9件) 図書 (3件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] IMB Mainz/Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      IMB Mainz/Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn
  • [国際共同研究] 浙江大学(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      浙江大学
  • [国際共同研究] Thomas Jefferson Univ(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Thomas Jefferson Univ
  • [国際共同研究] Lomonosov Moscow State University(ロシア連邦)

    • 国名
      ロシア連邦
    • 外国機関名
      Lomonosov Moscow State University
  • [国際共同研究] Australian National University(オーストラリア)

    • 国名
      オーストラリア
    • 外国機関名
      Australian National University
  • [国際共同研究]

    • 他の国数
      1
  • [雑誌論文] Impact of intron removal from tRNA genes on Saccharomyces cerevisiae2019

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Sachiko、Mori Shunsuke、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu、Yoshihisa Tohru
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gkz270

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Depletion of S-adenosylmethionine impacts on ribosome biogenesis through hypomodification of a single rRNA methylation2019

    • 著者名/発表者名
      Ishiguro Kensuke、Arai Taiga、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 ページ: 4226~4239

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gkz111

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Random mutagenesis of a hyperthermophilic archaeon identified tRNA modifications associated with cellular hyperthermotolerance2019

    • 著者名/発表者名
      Orita Izumi、Futatsuishi Ryohei、Adachi Kyoko、Ohira Takayuki、Kaneko Akira、Minowa Keiichi、Suzuki Miho、Tamura Takeshi、Nakamura Satoshi、Imanaka Tadayuki、Suzuki Tsutomu、Fukui Toshiaki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 ページ: 1964~1976

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gky1313

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transcriptome-wide identification of A-to-I RNA editing sites using ICE-seq2019

    • 著者名/発表者名
      Okada Shunpei、Ueda Hiroki、Noda Yuta、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 156 ページ: 66~78

    • DOI

      doi: 10.1016/j.ymeth.2018.12.007

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II?associated methyltransferase2018

    • 著者名/発表者名
      Akichika Shinichiro、Hirano Seiichi、Shichino Yuichi、Suzuki Takeo、Nishimasu Hiroshi、Ishitani Ryuichiro、Sugita Ai、Hirose Yutaka、Iwasaki Shintaro、Nureki Osamu、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Science

      巻: 363 ページ: eaav0080

    • DOI

      doi: 10.1126/science.aav0080

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantification of methylation efficiency at a specific N6-methyladenosine position in rRNA by using BNA probes2018

    • 著者名/発表者名
      Oshima Takuya、Ishiguro Kensuke、Suzuki Tsutomu、Kawahara Yukio
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 54 ページ: 9627~9630

    • DOI

      doi: 10.1039/c8cc03713b

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis2018

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi Takaaki、Miyauchi Kenjyo、Sakaguchi Yuriko、Yamashita Seisuke、Soma Akiko、Tomita Kozo、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 14 ページ: 1010~1020

    • DOI

      doi: 10.1038/s41589-018-0119-z

    • 査読あり
  • [雑誌論文] CO2-sensitive tRNA modification associated with human mitochondrial disease2018

    • 著者名/発表者名
      Lin Huan、Miyauchi Kenjyo、Harada Tai、Okita Ryo、Takeshita Eri、Komaki Hirofumi、Fujioka Kaoru、Yagasaki Hideki、Goto Yu-ichi、Yanaka Kaori、Nakagawa Shinichi、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 ページ: 1875

    • DOI

      doi: 10.1038/s41467-018-04250-4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accurate estimation of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Shigeru、Yasukawa Takehiro、Sakaguchi Yuriko、Ichiyanagi Kenji、Unoki Motoko、Gotoh Kazuhito、Fukuda Kei、Sasaki Hiroyuki、Suzuki Tsutomu、Kang Dongchon
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 5801

    • DOI

      doi: 10.1038/s41598-018-24251-z

    • 査読あり
  • [学会発表] Quality control of protein synthesis by peptidyl-tRNA drop off in the early elongation stage2019

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Ribosome Structure and Function 2019
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA modification, a chemical diversity for biological function2019

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      The 20th Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience“RNA Neobiology”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamic regulation of RNA modification in health and disease2019

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      Translation Machinery in Health and Disease (Gordon Research Conference)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Metabolic and Chemical Regulation of RNA Modifications Associated with Various Biological Processes2019

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      RNA Editing, Next-Generation Epitranscriptomics in Health and Disease (Gordon Research Conference)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Metabolic regulation of tRNA modifications associated with mitochondrial diseases2018

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      EMBO workshop on "Molecular Biology of Mitochondrial Gene Expression" in 2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA修飾によるエピトランスクリプトーム制御と疾患2018

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      日本筋学会第4回学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic regulation of tRNA modification under physiological and pathological conditions2018

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      27th tRNA conference
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Metabolic regulation of RNA modification associated with human disease2018

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 学会等名
      熊大発生医学研HIGOセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA modification, a chemical diversity for biological function2018

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Suzuki
    • 学会等名
      The 2nd Joint Australia-Japan joint RNA meeting 2018
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] RNA修飾の変動と生命現象/実験医学 2018年12月号2018

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勉
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-2514-7
  • [図書] シュードウリジン化/生体の科学2018年10月号 (増大号) タンパク質・核酸の分子修飾2018

    • 著者名/発表者名
      北川 翔・鈴木 勉
    • 総ページ数
      1
    • 出版者
      医学書院
    • ISBN
      ISSN 0370-9531
  • [図書] ヒドロキシル化/生体の科学2018年10月号 (増大号) タンパク質・核酸の分子修飾2018

    • 著者名/発表者名
      鈴木 健夫・鈴木 勉
    • 総ページ数
      1
    • 出版者
      医学書院
    • ISBN
      ISSN 0370-9531
  • [備考] 意外な小分子がRNAの化学修飾に関与していた-酢酸イオンを基質とするtRNAアセチル化酵素の発見

    • URL

      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/articles/z0508_00075.html

  • [備考] 炭酸ガスに敏感なRNAの化学修飾―tRNA修飾とワールブルク効果の関係性

    • URL

      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/articles/z0508_00026.html

  • [備考] メチルは端だが役に立つ? ―mRNA のキャップ構造における m6A 修飾酵素の同定

    • URL

      https://www.t.u-tokyo.ac.jp/shared/press/data/setnws_201811270918295542170205_190437.pdf#search=%27%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%81%AF%E7%AB%AF%27

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公開日: 2019-12-27  

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