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2015 年度 実績報告書

ncRNAネオタクソノミのための大規模解析基盤の開発

計画研究

研究領域ノンコーディングRNAネオタクソノミ
研究課題/領域番号 26113008
研究機関東京医科歯科大学

研究代表者

淺原 弘嗣  東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (70294460)

研究期間 (年度) 2014-07-10 – 2019-03-31
キーワードncRNA
研究実績の概要

ハイコンテンツ顕微鏡システム、遺伝子ライブラリー、ゲノム編集技術などの新しい技術、戦略を開発・導入し、これらシステムを領域内で共有することで既知ncRNAタクソンの拡張、さらにはそれぞれのncRNAタクソンが作る複合体の同定と挙動の解析、さらには新規ncRNAタクソンの探索を目指す。また、最近注目を浴びているゲノム編集技術であるをncRNAの機能解析用に最適化し、新規に同定されたncRNAの機能を細胞・個体レベルで高速に遺伝学的に解析する手法を開発し、領域内で広く共有する事で、ncRNAネオタクソノミ研究を飛躍的に加速させる。具体的には、計画に従って、以下の4テーマにおいて研究を推進しており、成果を得つつある。(1)ハイコンテンツ顕微鏡の顕微鏡観察技術の確立においては、複数の新規タンパク質が刺激下における細胞内挙動を変化させ、細胞内で構造体を取ることを見出しており、RNAと構造体が持つ生理的機能について検討を行っている。(2) 遺伝子編集技術のncRNA機能解析への最適化については、CRISPR-Cas9システムを用いてmiRNAの欠損やncRNA配列中にpolyA配列などの導入によるncRNAの不安定化誘導を行った。 (3) miRNAターゲット解析においては、全長cDNA(ヒト)5000種が組み込まれているルシフェラーゼレポーターライブラリーを活用し、乳がん発症に関与するmiRNAや軟骨恒常性に関与するmiRNAの新規ターゲット遺伝子の解析を行った。(4) ncRNAを利用した治療戦略においてはmiRNAを用いた関節炎の治療手法の開発を行った。以上の成果を基に、次年度の研究を計画に基づき行う予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

(1) ハイコンテンツ顕微鏡の顕微鏡観察技術の確立:ハイコンテンツ顕微鏡システムを用いてGFPタグ遺伝子ライブラリーの中からRNA関連タンパク質(1200種)やプリオンライクファミリータンパク質(60種)を抽出し、各タンパク質の炎症刺激下・ヒートショック刺激下における細胞内挙動について解析を行った。(2) 遺伝子編集技術のncRNA機能解析への最適化:培養細胞やマウス受精卵に対してCRISPR-Cas9システムを用いてmiRNAの欠損やncRNA配列中にpolyA配列などの導入によるncRNAの不安定化誘導の検討を行った。また同システムを応用してゲノム特異的なクロマチンの濃縮の最適化を行いった。(3) miRNAターゲット解析:全長cDNA(ヒト)5000種が組み込まれているルシフェラーゼレポーターライブラリー、マイクロアレイやデータベースを相補的に活用し、乳がん発症に関与するmiR-34aや軟骨恒常性に関与するmiR-455の新規ターゲット遺伝子の解析を行った。(4) ncRNAを利用した治療戦略:miR-455ノックアウトマウスの解析からmiR-455が軟骨の恒常性維持に必須であることが明らかとなった。そこでmiR-455を用いた変形性関節症(OA)の治療を目指し、関節への核酸導入法の検討を行った。

今後の研究の推進方策

(1) ハイコンテンツ顕微鏡の顕微鏡観察技術の確立: 昨年の解析に基づき、複数の新規タンパク質が刺激下における細胞内挙動を変化させ、細胞内で構造体を取ることが確認された構造体についてRNA依存性の有無と構造体が持つ生理的機能について詳細な解析を進める。(2) 遺伝子編集技術のncRNA機能解析への最適化:ノックアウトマウスを用いて、ncRNAの個体レベルでの解析を進める。また、ゲノム特異的なクロマチンの濃縮のシステムを用いて組織発生や炎症制御に関わる遺伝子の転写調節に関わるncRNAの同定と解析を進める。(3)miRNAターゲット解析:この手法の感度を更にあげることで、miRNAのターゲット探索における研究戦略としての有用性を示す。(4)ncRNAを利用した治療戦略:蛍光ラベル前駆体miRNAを用いて膝靭帯切断による変形性関節症モデルマウスの関節への導入の最適化を行い、現在はmiR-455 mimicを用いて変形性関節症モデルでの治療奏効について解析する。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (7件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] スクリプス研究所(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      スクリプス研究所
  • [国際共同研究] カリフォルニア大学 サンディエゴ校(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      カリフォルニア大学 サンディエゴ校
  • [雑誌論文] Gtf2ird1-dependent Mohawk (Mkx) expression regulates mechanosensing properties of tendon2016

    • 著者名/発表者名
      Kayama T, Mori M, Ito Y, Matsushima T, Nakamichi R, Suzuki H, Ichinose S, Saito M, Marumo K, Asahara H
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 36 ページ: 1297-309

    • DOI

      10.1128/MCB.00950-15

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] MicroRNAs in Chronic Inflammation2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, S. Mokuda, K. Miyata, T. Matsushima and H. Asahara
    • 雑誌名

      Chronic Inflammation

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation analysis of human myoblasts during in vitro myogenic differentiation: de novo methylation of promoters of muscle-related genes and its involvement in transcriptional down-regulation2015

    • 著者名/発表者名
      Miyata K, Miyata T, Nakabayashi K, Okamura K, Naito M, Kawai T, Takada S, Kato K, Miyamoto S, Hata K, Asahara H
    • 雑誌名

      Hum Mol Genet

      巻: 24 ページ: 410-23

    • DOI

      10.1093/hmg/ddu457

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transcription factor Mohawk controls tenogenic differentiation of bone marrow mesenchymal stem cells in vitro and in vivo2015

    • 著者名/発表者名
      Otabe K, Nakahara H, Hasegawa A, Matsukawa T, Ayabe F, Onizuka N, Inui M, Takada S, Ito Y, Sekiya I, Muneta T, Lotz M, Asahara H
    • 雑誌名

      J Orthop Res

      巻: 33 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1002/jor.22750

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] TALEN-Mediated Gene Disruption on Y Chromosome Reveals Critical Role of EIF2S3Y in Mouse Spermatogenesis2015

    • 著者名/発表者名
      Matsubara Y, Kato T, Kashimada K, Tanaka H, Zhi Z, Ichinose S, Mizutani S, Morio T, Chiba T, Ito Y, Saga Y, Takada S, Asahara H
    • 雑誌名

      Stem Cells Dev

      巻: 24 ページ: 1164-70

    • DOI

      10.1089/scd.2014.0466

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] MicroRNA 140 Promotes Expression of Long Noncoding RNA NEAT1 in Adipogenesis2015

    • 著者名/発表者名
      Gernapudi R, Wolfson B, Zhang Y, Yao Y, Yang P, *Asahara H, Zhou Q
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 36 ページ: 30-8

    • DOI

      10.1128/MCB.00702-15

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 骨・関節を守るmiRNA2015

    • 著者名/発表者名
      森 雅樹、浅原 弘嗣
    • 雑誌名

      実験医学増刊 ノンコーディングRNAテキストブック

      巻: 33 ページ: 126-131

    • 査読あり
  • [雑誌論文] CRISPR/Cas9によるゲノム編集2015

    • 著者名/発表者名
      千葉 朋希、浅原 弘嗣
    • 雑誌名

      実験医学増刊 ノンコーディングRNAテキストブック

      巻: 33 ページ: 200-205

    • 査読あり
  • [学会発表] 歯根膜恒常性維持の新たなメカニズム-転写因子Mohawk homeobox(Mkx)の機能解明-2015

    • 著者名/発表者名
      幸田直己、篠原正浩、伊藤義明、市野瀬志津子、森山啓司、浅原弘嗣
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県、神戸市)
    • 年月日
      2015-12-03 – 2015-12-03
  • [学会発表] 脊椎動物の体軸形成において、Lin28a/let-7経路はポリコーム遺伝子発現制御を介してHoxコードを調節している2015

    • 著者名/発表者名
      佐藤天平、浅原弘嗣
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県、神戸市)
    • 年月日
      2015-12-02 – 2015-12-02
  • [学会発表] 新規先天性四肢形成障害関連遺伝子Bhlha9の機能解析2015

    • 著者名/発表者名
      片岡健輔、松島隆英、浅原弘嗣
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県、神戸市)
    • 年月日
      2015-12-02 – 2015-12-02
  • [学会発表] Inflammatory signal regulation at RNA level2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Asahara,Tomoki Chiba,Kentaro Abe,Yoshiaki Ito
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県、神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01 – 2015-12-01
  • [学会発表] Functional analysis of microRNA/target gene interaction and its requirement of the axial body patterning2015

    • 著者名/発表者名
      Tempei Sato、Hiroshi Asahara
    • 学会等名
      第17回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      ライフォート札幌(北海道、札幌市)
    • 年月日
      2015-07-16 – 2015-07-16
  • [学会発表] 正常な骨格筋分化には筋前駆細胞におけるde novo DNAメチル化が必要である2015

    • 著者名/発表者名
      内藤昌志、森雅樹、田中栄、浅原弘嗣
    • 学会等名
      第1回日本骨免疫学会
    • 発表場所
      ホテルブリーズベイマリーナ(沖縄県、京都郡)
    • 年月日
      2015-07-01 – 2015-07-01
  • [学会発表] 歯根膜における転写因子Mkxの機能解析2015

    • 著者名/発表者名
      幸田直己、篠原正浩、伊藤義晃、市野瀬志津子、森山啓司、浅原弘嗣
    • 学会等名
      第1回日本骨免疫学会
    • 発表場所
      ホテルブリーズベイマリーナ(沖縄県、京都郡)
    • 年月日
      2015-07-01 – 2015-07-01
  • [備考] 東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科 システム発生・再生医学分野

    • URL

      http://www.tmd.ac.jp/grad/syst/asahsyst/index.html

  • [産業財産権] 肝がんモデルマウスおよび肝がん治療用の医薬2015

    • 発明者名
      淺原 弘嗣、 伊藤 義晃
    • 権利者名
      淺原 弘嗣、 伊藤 義晃
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      JP2015/230477
    • 出願年月日
      2015-11-26

URL: 

公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-01-28  

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