DNAシ-ケンサ-による塩基配列決定の高速化

1989 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 01880029
• 研究種目: 試験研究
• 研究機関: 神戸大学
• 研究代表者: 磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)
• 研究分担者: 浦野 元 アロカ株式会社, 研究所, 研究員 ; 小原 周 神戸大学, 遺伝子実験施設, 助手 (00204272) ; 橘 秀樹 神戸大学, 理学部, 助教授 (70126118)
• キーワード: 塩基配列決定 / DNAシ-ケンサ- / ミニトランスポゾン / 反応の自動化 / 大量デ-タの処理

研究概要

本研究は現在の分子生物学の分野で最も基本的な方法として用いられているDNAの塩基配列決定の方法を改良し、長大な領域の塩基配列決定を高速で行なうようにするための基礎を築こうとするものである。DNAの塩基配列決定に際して最も時間と労力のかかるのは、(1)対象とするDNA断片を細分してサブクロ-ニングする段階、(2)配列決定のためのサンガ-反応および電気泳動、さらに(3)電気泳動後の塩基配列デ-タを収集・解析する段階であろう。そこで、本研究では、これらの各段階について自動化・高速化を図ることにより、上述した目的を達成しようと試みた。まず(1)についてPhadnisら(Proc.Natl Acad Sci.86:5908-5912,1989)の開発したミニトランスポゾンの挿入により、サブクロ-ニングを省略して塩基配列決定を行なう方法を確立した。次に(2)については、セイコ-電子工業のロボットを利用することにより自動化できることを見いだした。さらに(3)については、(1)によって得られたラムダファ-ジクロ-ンをそのまま塩基配列決定の鋳型として用い、(2)で確立した方法で塩基配列決定反応を行ない、得られた反応生成物を日立のDNAシ-ケンサ-で解析することにより大幅な自動化・高速化を達成できる見通しがついた。次年度は、本年度の研究によって達成された方法を用いて、実際に大量の塩基配列決定を行ない、さらに得られたデ-タを高速で解析するための方法を確立していく予定である。

研究成果

• [文献書誌] Kang,W.-K: "Characterization of the gene rinK responsible for the addition of glutamic acid residues to the C-terminus of ribosomal protein S6 in Escherichid coli K12." Mol.Gen.Genet.217. 281-288 (1989)
• [文献書誌] Tanaka,S.: "Cloning and molecular characterization of the gene rimL which encodes an enzyme acetylating ribosomal protein L12 of Escherichia coli." Mol.Gen.Genet.217. 289-293 (1989)
• [文献書誌] Matsushita,Y.: "Cloning and analysis of the nuclear genes for two mitochondrial ribosomal proteins in yeast." Mol.Gen.Genet.219. 119-124 (1989)
• [文献書誌] Tanaka,Y.: "Cloning and analysis of an Escherichia coli operon containing the rpmF gene for ribosomal protein L32 and the gene for a 30 kilodalton protein." J.Bacteriol.171. 5707-5712 (1989)
• [文献書誌] Kitakawa,M: "Cloning and characterization of nuclear genes for two mitochondrial ribosomal proteins in Saccharomyces cerevisiae." Nucl.Acids Res.(1990)
• [文献書誌] Yoshikawa,A.: "Chromosome III of Saccharomyces cerevisiae:An ordered clone bank,a detailed restriction map and analysis of transcripts suggests the presence of 160 genes." Yeast. (1990)
• [文献書誌] Oh,B.-K.: "The location of a gene for a small stable(10Sa)RNA in the Escherichia coli chromosome." J.Bacteriol.(1990)
• [文献書誌] Tachibana,H.: "An initiator-terminator vector suitable for direct expression of genic segments in Escherichia coli." Protein Engineering. (1990)