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1990 年度 研究成果報告書概要

CPU一体化3次元グラフィックス装置を活用した蛋白質の構造の迅速な精密化システム

研究課題

研究課題/領域番号 01880031
研究種目

試験研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体物性学
研究機関長岡技術科学大学

研究代表者

三井 幸雄  長岡技術科学大学, 工学部, 教授 (40012637)

研究分担者 石黒 正路  サントリー(株)生物医学研究所, 室長
永嶋 伸也  味の素(株)中央研究所, 生任研究員
中村 和郎  長岡技術科学大学, 工学部, 助教授 (00012675)
NAGASHIMA Nobya  Principal investigator Central Research Institute, Ajinomoto Ltd.
研究期間 (年度) 1989 – 1990
キーワードコンピュ-タ-・グラフィックス / 蛋白質の構造 / X線解析 / 蛋白結晶子 / 蛋白質の構造の精密化
研究概要

1.CPU一体化3次元グラフィックス装置“IRIS"を購入し、基本性能テストを行った。 現在、図形表示プログラムQUANTA、分子動力学計算プログセムCHARMMが自由に使える状態となっている。
2.今までVector Generalディスプレイ上で動いていた“FRODO"と称する電子密度適合プログラムをIRISに移動することに成功した。 これにより、蛋白質の電子密度分布図の解釈が飛躍的に容易になった。
3.マウスのβーインタ-フェロンについては、3.OA分解能の電子密度分布図の算出に成功し、世界ではじめて、その立位構造を解明することが出来た。 また、分子動力学を併用したプログラムであるXPLORを動かして、この構造の徹底的な精密化を行うことに成功した。
4.リボヌクレア-ゼMsについては、その3'GMPとの複合体の立体構造を解明し、2.5A分解能で精密化することに成功した。 更にGpC,ApCとの複合体について同様な研究を行い、リボヌクレア-ゼの分子識別の機構を解明することが出来た。
5.上記の3.のマウスのβーインタ-フェロンを基にして、上記の1.のQUANTA,CHARMMの支援のもとに、ヒトβーインタ-フェロンま構造を類推することが出来た。
6.タンパク性プロテア-ゼ・インヒビタ-SSIとその標的酸素サブチリシとの複合体は分子量が約8万となる。したがって、従来、その構造精密化は、極めて困難であったが、今回の研究によって確立した上記の1.,2.のシステムにより、その完全な構造精密化に成功した。

  • 研究成果

    (10件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (10件)

  • [文献書誌] Y.Takeuchi,Y.Mitsui: "Structural and Functional Aspects of ProteinーProtein Interaction" GBF Monographs,Vol.12“Advances in Protein Desigm". 177-1783 (1989)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Y.Takeuchi,S.Kojima,K.Miura,Y.Mitsui: "Molecular Recognition at the Interface between Subtilism and SSI" Protein Engineering(M.Ikehara ed.)Japan Scientific Societies Press. 103-108 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Y.Takeuchi,S.Kojima,K.Miura,Y.Mitsui: "Molecular Recognition at the Active Site of Subtilis in BPN´" Protein Engineering. (1991)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Y.Takeuchi,K.T.Nakamura,Y.Mitsui: "Refined Crystal structure of the Complex of Subtilisin and SSI" J.Mol.Biol.(1991)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 三井 幸雄,石川 弘紀,竹内 康雄: "タンパク質の立体構造と機能" 現代化学、増刊19「プロテイン・エンジニアリング」. 145-160 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 熊谷 泉,竹内 康雄,三井 幸雄,三浦 謹一郎: "プロテア-ゼとプロテア-ゼ・インヒビタ-" シリ-ズ 分子生物学の進歩 3.蛋白質の件能構増. 219-241 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Y. Takeuchi, Y. Mitsui et al.: "Structural and functional aspects of protein - protein interaction." Advances in Protein Design. 177-183 (1989)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Y. Takeuchi, S. Kojima, K. Miwa, Y. Mitsui et al.: "Molecular recognition at the interface between subtilisin and SSI." Protein Engineering. 103-108 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Y. Takeuchi, S. Kojima, K. Miwa, Y. Mitsui et al.: "Molecular recognition at the active site of subtilisin BPN'" Protein Engineering.

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Y. Takeuchi, K. T. Nakamura, Y. Mitsui et al.: "Refined crystal structure of the complex of subtilisin and SSI" J. Mol. Biol.

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 1993-08-12  

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