• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

1990 年度 実績報告書

分子系統樹に基づく超遺伝子族の分類と進化

研究課題

研究課題/領域番号 02454001
研究機関京都大学

研究代表者

宮田 隆  京都大学, 理学部, 教授 (20022692)

キーワード遺伝子族 / ホモロジ- / 遺伝子重複 / 分子系統樹 / 遺伝子発現 / 進化
研究概要

(1)GーProteinーcoupled receptor族、Gータンパク質族、アセチルコリンレセプタ-族、Na,Ca及びKチャネル族、ATPア-ゼ(ポンプ)族、src族のそれぞれについて、メンバ-間のアラインメントを実行し、それに基づいて最近接法(NJ法)によって分子系統樹を推定した。その結果、異なる機能を持つメンバ-は、それぞれ系統樹上で一つのクラスタ-を形成し、その分岐は脊椎動物と無脊椎動物の分岐前に辿ること、かつ組織あるいは細胞特異的に発現するメンバ-の分化は脊椎/無脊椎動物の分岐後、各系統で独立に起ったことが明らかになった。さらに細胞内の異なる分画で特異的に発現しているメンバ-間では、その分岐が非常に古いことが明らかになった。これらの結果は分子系統樹上でのメンバ-間の分岐パタ-ンと組織や細胞内分画との間にある一定の相関があることを示しており、後者のような表現形の進化がメンバ-の分子系統樹に基づいて分子レベルで解明する手がかりとなるものと期待される。
(2)既存の分子系統樹推定法より高い精度を持ち、かつ推定された系統樹の信頼性を定量的にチェックし得る新しい方法を開発し、(1)で推定された系統樹のおのおのに対して応用し、信頼性をテストした。さらに既存の方法であるブ-ツストラップ法も合せて適用し、信頼性を確認した。
(3)新しい遺伝子族メンバ-を検出するための新しいコンピュ-タ法を開発した:既知のメンバ-のアラインメントから、強く保存された領域で出現するアミノ酸頻度を算出し、それに基づいて各アミノ酸座位のスコア値を決定した。このスコアシステムを利用すると、従来の方法より高い感度で相同な配列を持つメンバ-が同定できる。この方法を免疫グロブリン族に応用し、新たにウイルスから3つのメンバ-を同定した。

  • 研究成果

    (5件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (5件)

  • [文献書誌] Kuma,K.: "RNAーbinding proteinーrelated sequence in a malaria antigen,clusteredーasparagineーrich protein." FEBS Letter. 260. 67-69 (1990)

  • [文献書誌] Kono,T.: "Marine interleukin β chain:Dysregulated gene expression in lymphoma line ELー4 caused by a promoter insertion" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 87. 1806-1810 (1990)

  • [文献書誌] Kishino,H.: "Maximum likelihood inference of protein phylogeny" J.Mol.Evol.31. 151-160 (1990)

  • [文献書誌] Iwabe,N.: "Evolution of RNA polymerases and branching patterns of the three major groups of archaebacteria" J.Mol.Evol.32. 70-78 (1991)

  • [文献書誌] Kuma,K.: "Gene families and evolution:Immunoglobulin family" Current Opinion in Structural Biology. 1/3. (1991)

URL: 

公開日: 1993-08-11   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi