超遺伝子族のデータベースの試作

1992 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 03558027
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 宮田 隆 京都大学, 理学部, 教授 (20022692)
• 研究分担者: 荻田 直史 富士通情報処理システムラボラトリー, 顧問 ; 長谷川 政美 統計数理研究所, 教授 (60011657)
• キーワード: 遺伝子族 / アラインメント / コンセンサス配列 / モチーフ / 分子系統樹 / データベース

研究概要

(1)昨年度開発した荷重モチーフによる相同性探査法を利用して、遺伝子族メンバーを新たにデータベース中に探査し、更新を計った。最終的に細胞接着に関与する3つの遺伝子族、シグナル伝達系に関与する6つの遺伝子族、rasをはじめとするGTP結合タンパク質遺伝子族、及びタンパク質キナーゼ遺伝子族を含む6つの遺伝子族、計16の異なる遺伝子族に対して、アミノ酸配列のアラインメント、コンセンサス配列、荷重モチーフ、メンバーの分子系統樹を計算し、データベース化した。このデータベースは配列のアクセッションナンバーを付記して、一般に公表する予定である。また今回データベースに収録した遺伝子族数は数において少なく、決して十分とは言い難い。今後、配列の更新と共に、遺伝子族の数の増加を計っていく。
(2)昨年度開発した局所探査法を細胞接着に関与するカドヘリン遺伝子族に応用し、レセプタータイプのチロシンキナーゼの一種retがんタンパクの細胞外ドメインにカドヘリン様配列を見つけることに成功した。このホモロジーの検出結果は同時に、この探査法がホモロジーが弱く、且つ十分長い領域に亙るホモロジーが存在しない場合でも有効な方法であることを実例で示したことになる。
(3)(2)の結果、及び昨年度のホモロジー探査の結果から、レセプタータイプのチロシンキナーゼは、細胞外ドメインの構造から、少なくとも4つの型に分類出来ることを示した。この分類は細胞内ドメインのチロシンキナーゼドメインの比較から推定された系統樹に基づく分類とほぼ一致した。

研究成果

• [文献書誌] Hayashida,H.,Kuma,K.and Miyata,T.: "Inter-chromosomal gene conversion as a possible mechanism for explaining divergence patterns of ZFY-related genes." J.Mol.Evol.35. 181-183 (1992)
• [文献書誌] Kuma,K.,Miyata,T.and Takeichi,M.: "Proto-oncogene ret has cadherin-like repeats in the extracellular region." Proc.Japan Acad.68B. 106-108 (1992)
• [文献書誌] Hasegawa,M.,Hashimoto,T.,Adachi,J.,Iwabe,N.and Miyata,T.: "Early branchings in the evolution of eukaryotes:Ancient divergence of entamoeda that lacks mitochondria revealed by protein sequence data." J.Mol.Evol.
• [文献書誌] Kuma,K.and Miyata,T.: "Temporal and Geographical patterns of dengue 1 verus evolution." J.Mol.Evol.
• [文献書誌] Kuma,K.,Iwabe,N.and Miyata,T.: "Motifs of cadherin-and fibronectin type III-related sequences and evolution of the receptor type protein tyrosine kinases:Sequence similarity between proto-oncogene ret and cadherin family." Mol.Biol.Evol.
• [文献書誌] Tokunaga,F.,Muta,T.,Iwanaga,S.,Ichinose,A.,Davie,E.W.,Kuma,K.and Miyata,T.: "Limulus hemocyte transglutaminase II:Its cDNA cloning,amino acid sequence,and tissue localization." J.Biol.chem.