ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究(総括班)

1993 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 04261102
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
• 研究分担者: 鈴木 義昭 基礎生物学研究所, 教授 (50132733) ; 米澤 明憲 東京大学, 理学系研究科, 教授 (00133116) ; 美宅 成樹 東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542) ; 高木 利久 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (30110836) ; 松原 謙一 大阪大学, 細胞生体工学センター, 教授 (20037394)
• キーワード: ゲノム解析 / 配列解析 / 蛋白質・核酸の構造と機能 / データベース / ネットワーク

研究概要

重点領域研究「ゲノム情報」総括班では、6月24日と2月15日に総括班会議を開催し、研究計画の取りまとめと調整、研究の進捗状況に対する助言、研究成果の評価を行った。また本5カ年計画が終了後、ヒトゲノム計画の第2期の中で情報関連研究体制をどうするかについての討論も行った。総括班の定期的な活動として、まず生物系研究者と計算機系研究者の交流を図ることを目的としたチュートリアルは7月7日に福岡のホテル海の中道で開催し、10名の講師が講義を行った。続いて班員による研究成果発表会を公開で開催し、3泊4日の泊り込み合宿の参加者は約120名であった。もう1つの公開行事であるゲノム情報ワークショップは12月13〜15日に横浜パシフィコで開催した。8件の招待講演、20件の口頭発表、24件のポスター発表、20件のワークステーション発表、それに15件の企業展示が行われた。今回からの新しい試みとして、口頭発表はすべて英語にしたこと、英語の投稿論文の査読を行い、Proceedings of Genome Informatics Workshop IVとして発行したことがある。参加者は約300名であった。学会関連活動としては、生物物理学会の年会にゲノム情報のセッションが設けられた。さらに、11月に神戸で開催された国際ヒトゲノム会議その他で、本領域がヒトゲノム解析センターとの協力の下に開発したシステムのデモンストレーションを行った。これまでのゲノム情報ニュースレターは、今年度よりA4版で一部英文のゲノム情報ニュースとして衣替えを行い、第1号を10月に発行して約1200名に配布した。ゲノム研究ネットワーク「ゲノムネット」の整備としては、東京-京都間を512KBPSへスピードアップを行った。ゲノムネットのデータベースサービスは安定して稼動しており、ホモロジー検索を中心に1カ月に約4000件の利用がある。

研究成果

• [文献書誌] Ishikawa,M.,Toya,T.,Hoshida,M.,Nitta,K.,Ogiwara,A.,Kanehisa,M.: "Multiple sequence alignment by parallel simulated annealing." CABIOS. 9. 267-273 (1993)
• [文献書誌] Fujibuchi,W.,Kanehisa,M.: "A method to extract functional motifs for transcriptional regulation in eukaryotic sequences." Bull.Inst.Chem.Res.,Kyoto Univ.71. 317-326 (1993)
• [文献書誌] Ohkubo,Z.,Kanehisa,M.: "Characterization of spatially close peptide segments in proteins." Bull.Inst.Chem.Res.,Kyoto Univ.71. 327-337 (1993)
• [文献書誌] Sakamoto,N.,Takagi,T.,Sakaki,T.: "Development of overlapping oligonucleotide database and application to signal sequence search of the human genome." CABIOS. 9. 427-434 (1993)
• [文献書誌] Satou,K.,Furuichi,E.,Takiguchi,K.,Takagi,T.,Kuhara,S.: "A deductive database system PACADE for analyzing 3-D and secondary structures of protein." CABIOS. 9. 259-266 (1993)
• [文献書誌] Suwa,M.,Mitaku,S.,Kuroda,Y.: "Theoretical analysis of amino acid sequence of human dystrophin." Biophys.Biochem.Res.Commun.191. 782-789 (1993)
• [文献書誌] Takagi,T.,Imai,H.,Miyano,S.,Mitaku,S.,Kanehisa,M.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop IV" Universal Academy Press,Inc., 465 (1993)