| 研究課題/領域番号 |
04305005
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| 研究機関 | 電気通信大学 |
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研究代表者 |
溝渕 潔 電気通信大学, 電気通信学部, 教授 (00092346)
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| 研究分担者 |
井口 八郎 京都大学, 理学部, 助教授 (20028195)
水野 猛 名古屋大学, 農学部, 教授 (10174038)
磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)
中田 篤男 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (80029769)
由良 隆 京都大学, ウイルス研究所, 教授 (20027311)
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| キーワード | ゲノム解析 / 大腸菌 / 整列クローン / 高速塩基配列解析法 |
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| 研究概要 |
大腸菌ゲノムは470万塩基対(4700kb,分子量3x10^9)からなる環状DNAであり、そこには3000から4000の遺伝子が存在すると推定されている。これまで、約1400余りの遺伝子が検出され、そのうち800遺伝子の塩基配列が個々別に解析されてきた。その結果、断片的ではあるが延べ1800kb(全体の38-40%)に相当する部分が明らかにされている。しかし、連続する長大な塩基配列となると、大腸菌染色体0-6.2分と84.5-86.5分にそれぞれ対応する300kbと91kbがわが国と米国の研究グループによって解析されたにすぎない。本研究は6.2-13分領域に対応する300kbの塩基配列を決定することをめざして実施されている。本年度はまず、この領域に対応する大腸菌ゲノム整列クローン(小原クローン)#130-160を用いて、正確な物理地図を作成し、それをすでに塩基配列の決定されているDNA断片を対応させることにより、未だに解析されていない領域のマップを作成した。次いで、かくクローンから塩基配列解析のために必要な多数のサブクローンを作製してその一部については塩基配列の解析に着手した。
一方、ゲノム解析のためには長大なシーケンスを迅速に解析できる手法の開発が必須である。このため、ミニトランスポゾンTn5とPCRを併用し、サブクローニングすることなしに直接小原クローンをシーケンスする方法の開発に成功した。また、これとは別に、ショットガン法によるランダムシーケンシング法の検討も行った。さらに、大腸菌ゲノムデータベースの構築のため、解析シフトの整備を行い、得られたデータを集中的に解析・管理する方策についても検討を行った。
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