| 研究分担者 |
森 浩禎 奈良先端科学技術大学院大学, 助教授 (90182203)
水野 猛 名古屋大学, 農学部, 教授 (10174038)
堀内 嵩 基礎生物学研究所, 教授 (60108644)
中村 義一 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (40114590)
饗場 弘二 名古屋大学, 理学部, 教授 (20025662)
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| 研究概要 |
大腸菌ゲノムは470万塩基対(4,700kb)から成る一個の環状DNA分子であり、そこには約4,000遺伝子が存在すると推定されている。これまで1,500余りの遺伝子が同定され、断片的にゲノムの約50%に相当する延べ2,300kbの塩基配列が明らかにされている。しかしながら、連続する長大な塩基配列の解析となると、染色体領域で0〜6.2、81.5〜92.5分にそれぞれ対応する274、500kbが解析されたに過ぎない。本研究は、(1)大腸菌整列クローン(小原クローン)#130〜161を用いて6.2〜12分に対応する300kbの連続する塩基配列を決定すること、(2)これまでの解析結果を基にしてゲノム解析データベースを作成すること、そして、これらの結果から、将来大腸菌ゲノム解析を組織的に実施するための方策を確立することを目的とした。本年度の成果は以下の通りである。(1)解析した32クローンのうち2クローンを除いて約324kbに対応する領域の解析がほぼ完了した。ギャップについては現在早期に解析を終わらせ、最終的に600kbの連続したものを完成するよう努めている。(2)ゲノム解析データベースの作成についてはGenBankに登録された塩基配列データ(Release78)を基にして遺伝子地図と小原クローンとを対応させ、次いで小原クローンの物理地図と塩基配列を対応させることにより現在のゲノム解析状況が一目でわかるデータベースを作成した。また、塩基配列から予測されるORFの機能の検索も行った。これらの結果は今後の解析に指針を与えるとともに、新たなデータベース作成の基礎となるものである。これらの結果から将来如何なる方策が最も効率よく大腸菌ゲノム解析を可能にするかの検討も行った。大腸菌ゲノムの解析は現在の技術で解析可能であるが、得られたデータの質を組織的に検討できる体制を整えることが最も重要である。
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