リボソームRNA合成開始複合体を形成するためには、UBF(Upstream Binding Factor)とSL-1の2種類のDNA結合蛋白質(複合体)が必要である。 UBFのDNA結合活性は、1番目のHMG-boxが必須であり、残りの5つのHMG-boxが補強していた。他の蛋白性因子とはC末の酸性アミノ酸に富むAcidic Tailを介して相互作用をしている。核移行シグナルは、4番目のHMG-boxに存在し、31の塩基性アミノ酸に富む領域であった。核小体への濃縮は、1番目のHMG-boxおよびAcidic Tailの領域は必須であるが、特別な配列が存在するわけではなく、リボソームRNA遺伝子のプロモーター領域に結合し、他の蛋白性因子と相互作用をして安定なリボソームRNA合成開始複合体を核小体で形成する結果得られる現象であることが明確となった。 UBFのゲノム遺伝子の転写開始点から-1200ntの領域に数カ所に分散してプロモーター活性が見られた。この領域にはGCボックス配列及び数種のserum response配列が存在し、TATAボックス及びCATボックスの配列は存在しない。増殖刺激により、UBFの転写量が約4倍に上昇した。以上の事から、UBF遺伝子は、増殖刺激に対応して発現誘導されるハウスキーピング遺伝子の一つであり、数種の特異的配列により発現制御されていることが明らかになった。一方、SL-1はTATA結合蛋白質(TBP)を含む少なくとも5種の蛋白質(TFA)からなる複合体活性であった。UBFはTFAを介して結合していると推定された。TBPの抗体により、in vitro rRNA合成が阻害されることから、TBPがrRNAのプロモーターに結合することがrRNA合成開始複合体の形成の第一段階と考えられる。
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