| 研究概要 |
蛋白質の立体構造データベースPDB(Protein Data Bank)を文献やアミノ酸部分シークエンスなどをキーワードにして検索する汎用のシステムUNIXワークステーション上で構築することがこの研究の目的である。
平成4年度においては、DEC社のVAXコンピュータ上で動作する蛋白質立体構造データベース検索システムを完成させた。この検索システムではPIR(Protein Identification Resource)の蛋白質一次構造検索システムPSQ(Protein Sequence Query)コマンドを使った。このためにPDBデータをPSQコマンドで検索できる形式のデータベース構築システムをC言語で作成した。C言語を用いたのは各種コンピュータの間での移植性が優れているからである。PDBとPIRにおいては蛋白質のシークエンスの扱いが異なるが、両者のクロスレファレンスをとるためのテーブルを作成することによって解決できた。この検索システムにおいては、蛋白質名,著者,分解能などの文字データによる検索ができる他に、アミノ酸部分シークエンスを与えてそのシークエンスを持つ蛋白質の座標データを取り出すことができる。
本年度においてVAXコンピュータ上での検索システムを完成させたが、次年度においてUNIXワークステーション上でのシステムを構築する予定である。
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