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代表的ヘルペスウイルスである単純ヘルペスウイルス1型(HSV-1)は、155kbのDNAをゲノムとする大型のウイルスであり、生命現象の素過程を研究するための系として広く利用されている。特に、ゲノムの両端とL-S結合部に存在するa配列は、組換えのホットスポットであり、組換え機序の解明の研究系である。
a配列はdirect repeat(DR)とユニーク(U)な配列とからなり、その標準的な構成はDR1-Ub-(DR2)_n-DR4 stretch-Uc-DRIである。となりあったa配列はDR1を共有する。UbとUcとの間での組換えにより生じた、DR1-Ub-(DR2)_<14>-DR4 stretch-Uc^d-Ub^d-(DR2)_5-DR4 stretch-Uc-DR1の構造の変異a配列を持つ、HSV-1株GN29を分離した。このGN29のDNAを解析している際に、a配列とハイブリダイズする新たなバンドの存在を示す結果を得た。そこで、この新たなバンドに相当するDNAをクローニングし、そのDNA塩基配列を決定した。これらの新たなバンドのDNAは、a配列の切断により生じたものだった。これらのDNAの末端部は、ランダムに存在するのではなく、a配列上のいくつかの特定の領域1)DR1、2)DR2、3)DR4 stretch、4)GN29の特異な組換えに関連した部位、に主に存在していた。
ここでの結果は、新たなDNAの末端部は、a配列上のrecombinogenicと推定される領域に存在することを示す。つまり、DNA切断と組換えとの関連性を示し、a配列の組換え機序としてのdouble-strand-break repair modelを支持する。
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