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同一の個体の中でもIFNに抵抗して残存するquasispeciesとIFN投与により消失するquasispeciesが存在する。IFN抵抗性quasispecies3例の全塩基配列を決定し、同じ患者でIFN投与後に消失したquasispeciesの塩基配列と比較検討した。その結果、変異の集積は特にNS5Aの領域で顕著であった。アミノ酸配列に置き換えたとき、HCV-Jプロトタイプと同配列のquasispeciesは残存し、変異のあるquasispeciesが消失することがわかった。そこで治療前にこの領域がアミノ酸変異を多く有するmutant type(アミノ酸変異数4個以上)を保有している患者、変異を全く認めないwild typeを保有している患者を比べると、前者では全例がIFN著効、後者では全例がIFN無効例であった。また少数の変異を認めるintermediate type(アミノ酸変異数1-3個)では一部が著効であった。従来よりウイルス量がIFN効果と関連すると考えられているが、mutant typeではウイルス量が少なく、多変量解析でもウイルス量は従属因子であることが示された。また例外的な症例が存在し、mutant typeでもIFNの無効なものがみつかっているが、それらの個体では、direct sequencingでは検出し得ない少量のwild typeがminor cloneとして存在していることもわかった。これらの検討はIFN-αで行われたが、IFN-βでもほぼ同様の結果であった。
また2a型、2b型でも変異の多いものに感染しているほうがIFNの著効率が高いことがわかった。
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