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同一の個体の中でもインターフェロンに抵抗して残存するウイルスとインターフェロン投与により消失するウイルスが存在する。そこでインターフェロン抵抗性ウイルス3例の全塩基配列を決定し、同じ患者でインターフェロン投与後に消失したウイルスの塩基配列と比較検討した。その結果、変異の集積は特にNS5Aの領域で顕著であった。アミノ酸配列に置き換えたとき、HCV-Jプロトタイプと同配列のウイルスは残存し、変異のあるウイルスが消失することがわかった。そこで治療前にこの領域がアミノ酸変異を多く有する変異株(アミノ酸変異数4個以上)を保有している患者、変異を全く認めない野生株を保有している患者を比べると、前者では全例がインターフェロン著効、後者では全例がインターフェロン無効例であった。また少数の変異を認める中間型(アミノ酸変異数1-3個)では一部が著効であった。従来よりウイルス量がインターフェロン効果と関連すると考えられているが、変異株ではウイルス量が少なく、多変量解析でもウイルス量は従属因子であった。また変異株でもインターフェロンの無効なものがみつかっているが、それらの個体では、直接塩基決定法では検出し得ない少量の野生株が存在していることもわかった。これらの検討はα型インターフェロンで行われたが、β型インターフェロンでもほぼ同様の結果であった。また2a型、2b型でもアミノ酸変異の多いものに感染しているほうが、インターフェロンの著効率が高いこともわかった。
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