遺伝子構造データ解析のためのソフトウエアの開発

1994 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 05558024
• 研究機関: 統計数理研究所
• 研究代表者: 長谷川 政美 統計数理研究所, 予測制御研究系, 教授 (60011657)
• 研究分担者: 矢野 隆昭 昭和大学, 教養部, 助教授 (70081792) ; 岸野 洋久 東京大学, 教養学部, 助教授 (00141987) ; 橋本 哲男 統計数理研究所, 教育情報センター, 助教授 (50208451)
• キーワード: 分子系統樹 / 最尤法 / DNA / RNA / 蛋白質 / 確率モデル / 置換確率行列

研究概要

配列データから分子系統樹を推定するための最尤法を開発し、プログラム・パッケージMOLPHYとして一般に公開した。その中には、DNAやRNAの塩基配列データから分子系統樹を推定するためのプログラムnucMLと、蛋白質のアミノ酸配列データから推定するためのプログラムProtMLとが含まれる。いずれのプログラムにおいても、塩基置換あるいはアミノ酸置換に関する確率モデルを仮定しなければならないが、これらはなるべく実際の進化の過程で起こっている置換パターンを反映したものでなければならない。今年度は、実際のデータから最尤法によって置換確率行列を推定する方法を確立し、従来よりも現実的なモデルを構築した。これらのモデルをnucMLやProtMLに組み込み、より信頼できるプログラムを実現した。その他にも、補助的なプログラムを整備して、使いやすいプログラム・パッケージにした。現在、国内・国外あわせて200ケ所ほどの研究機関で使われている。

研究成果

• [文献書誌] Hashimoto,T.: "Protein phylogeny jwes a robust estimation for early divergences" Molecular Biology and Evolution. 11. 65-71 (1994)
• [文献書誌] Hasegawa,M.: "Accuracies of the simple methods for estimeting the bootstrap probability" Molecular Biology and Evolution. 11. 142-145 (1994)
• [文献書誌] Cao,Y.: "Phylogenetic place of guinea‐pigs" Molecular Biology and Evolution. 11. 593-604 (1994)
• [文献書誌] Yokobori,S.: "Relationship among coelacanths,lungfishes and tetrapods" Journal of Molecular Evolution. 38. 602-609 (1994)
• [文献書誌] Cao,Y.: "Phylogenetic relationships among eutherian orders" Journal of Molecular Evolution. 39. 519-527 (1994)
• [文献書誌] Adachi,J.: "Phylogeng of whales" Molecular Biology and Evolution. 12. 177-179 (1995)