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1998 年度 研究成果報告書概要

蛋白質の高次構造に基づくシグナル認識機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 06276103
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関横浜市立大学

研究代表者

西村 善文  横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)

研究分担者 森川 耿右  (株)生物分子工学研究所, 構造解析部門, 部門長 (80012665)
相本 三郎  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (80029967)
稲垣 冬彦  (財)東京都臨床医学総合研究所, 生理活性物質研究部門, 部長 (70011757)
白川 昌宏  奈良先端大学院大学, バイオサイセンス研究科, 助教授 (00202119)
片平 正人  横浜国立大学, 工学部, 助教授 (70211844)
研究期間 (年度) 1994 – 1998
キーワード蛋白質 / 高次構造 / 構造生物学 / NMR / X線結晶 / 転写因子 / シグナル伝達 / 分子認識
研究概要

総括班においては次のような活動を行った。ニュースを平成6年度から9年度の4年間で13回発行し,班員の研究活動を迅速に知らせた。平成6年度には分子生物学会でのシンポジウム「蛋白質立体構造のシグナル伝達機構と転写調節機構における役割」と公開シンポジウム「シグナル伝達と転写調節における蛋白質の高次構造」を,平成7年度には生物物理学会でシンポジウム「蛋白質の分子認識機構」とワークショップ「NMRとX線による蛋白質の構造解析法」を,平成8年度には「第1回構造生物学シンポジウム」と分子生物学会・生化学会合同年会でのシンポジウム「構造生物学の新しい展望」と公開シンポジウム「蛋白質の高次構造と分子認識」と生物物理学会でのシンポジウム「蛋白質による分子認識の構造生物学」を,平成9年度には公開シンポジウム「シグナル伝達とDNA・RNA認識における構造生物学」と第2回構造生物学シンポジウムと生物物理学会でのシンポジウム「分子認識と反応制御の構造生物学」を,平成10年度には公開シンポジウム「蛋白質の高次構造に基づくシグナル認識」を開催した。さらに第13回「大学と科学」公開シンポジウムで特に本領域研究者を中心に「遺伝子産物(タンパク質)の形を見る:構造生物学とは何か?」を講演し2日間で延べ約1000人の多数の聴衆に本領域研究の成果の一部を紹介した。また本領域研究の総括班班員を編者にして本領域研究の班員が中心に執筆した「構造生物学のフロンティア」という標題の本を雑誌の臨時増刊号として出版した。蛋白質の構造解析には大型の装置がいるので本重点研究ではグラフィックス・ワークステーション,600NMzNMR装置,600MHzNMR分光器,500MHzNMR装置,ペプチド合成器,X線結晶解析装置を重点的に配置した。

  • 研究成果

    (58件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (58件)

  • [文献書誌] Nishikawa,T.: "Solution structure of the DNA-binding domain of human telomeric protein,hTRf1."Structure. 6. 1057-1065 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Katahira,M.: "Two metal-binding sites in a lead ribozyme bound to competitively by Pb and Mg.induced structural changes as revealed by NMR."Eur.J.Biochem.. 255. 727-733 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Nagadoi,A.: "Solution structure of the transactivation domain of ATF-2 comprising a zinc finger-like subdomain and a flexible subdomain."J.Mol.Biol.. 287. 595-609 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Ichikawa,S.: "Solution of Der f2,the Major Mite Allergen for Atopic Diseases"J.Biol.Chem.. 273. 356-360 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Li,X..: "Direct Preparation of Peptide Thioesters Using an Fmoc Solid-Phase Method."Tetrahedron Lett.. 39. 8669-8672 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Ikegami,T.: "Solution structure of the DNA-and RPA-binding domain of the human repairfactor XPA."Natrue Structural Biology. 5. 701-706 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Oda,M.: "Investigation of the pytimidine preference by the c-Myb DNA-binding domain at the initial base of the consensus sequence."J.Biol.Chem.. 272. 17966-17971 (1997)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Kondo,H.: "Escherichia coli positive regulator OmpR has a large loop structure at the putative RNA polymerase interaction site."Nature structural biology. 4. 28-31 (1997)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Young Ho Jeon: "Flexible Linker in the RNA Polymerase Alpha Subunit Facilitates the Independent Motion of the C-Terminal Activator Contact Domain."J.Mol.Biol.. 267. 953-962 (1997)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Iwasaki,W.: "Solution Structure of Midkine,a New Heparin-BindingGrowth Factor."The EMBO J.. 16. 6936-6946 (1997)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Ogura,K.: "Conformation of Shc-derived Phosphotyrosine Containing Peptide Complexed with Grb2 SH2 Domain."J.Biomolecular NMR. 10. 273-278 (1997)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Suzuki,A.: "MKBP,a novel member of the small heat shock protein family,binds and activates the myotonic dystrophy protein kinase(DMPK)."J.Cell Biol.. 140(5). 1113-1124 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Ogata,K.: "The Cavity in the Hydrophobic Core of c-Myb DNA-Binding Domain is Reserved for DNA Recognition and trans-Activation."Nature structural biology. 3. 178-187 (1996)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Kamada,K.: "Sturucture of a replication-terminator protein complexed with DNA."Nature. 383. 598-603 (1996)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Arkin,I.: "Mapping the Lipid-Exposed Surfaces of Membrane Proteins."Nature Struct,Biol.. 3. 240-243 (1996)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Nagadoi,A.: "Structural comparison of the free and DNA-bound forms of the purine repressor DNA-binding domain."Structure. 3. 1217-1224 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Hojo,H.: "Preparation of S--Protected Cysteine-Containing Peptide Thioester and Its Use for the Synthesis of the Barnase-Like Domain in DNA-Directed RNA polymarase II of Saccharomyces cerevisiae."Bull.Chem.Soc.Japan. 68. 330-336 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Mihara,H.: "Peptide Synthesis Mediated by Thiolsubtilisin Using peptide Thioester as Building Block."Chem.Lett.. 397-398 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Terasawa,H.: "Structure of the N-terminal SH3 domain of GRB2 complexed with a peptide from the guanine nucleotide releasing factor Sos."Nature Struct.Biol.. 1. 891-897 (1994)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Kohda,D.: "Solution structure and ligand-binding site of the carboxy-terminal SH3 domain of GRB2."Structure. 2. 1029-1040 (1994)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Hirao,I.: "Most compact hairpin-turn structure exerted by a short DNA fragment,d(GCGAAGC)in solution:an extraoridinary stable structure resistant to nuclease and heat."Nucleic Acids Res.. 22. 576-582 (1994)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] 西村善文 他編: "構造生物学のフロンティア"共立出版. 326 (1999)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [文献書誌] Hirao, I.: "Most compact hairpin-turn structure exerted by a short DNA fragment, d(GCGAAGC) in solution : an extraoridinary stable structure resistant to nuclease and heat"Nucleic Acids Res.. 22. 576-582 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Ogata, K.: "Solution structure of a specific DNA complex of the Myb DNA-binding domain with cooperative recognition helices"Cell. 79. 639-648 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Uno, T.: "Resonance Raman and Fourier transform infrared studies on the subunit 1 histidine mutants of the cytochrome bo complex in Escherichia coli"J. Biol. Chem.. 269. 11912-11920 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Kondo, H.: "Crystallization and X-ray studies of the DNA-binding domain of OmpR protein, a positive regulator involved in activation of osmoregulatory genes in Esherichia coli"J. Mol. Biol.. 235. 8-782 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Uno, T.: "2-Methylimidazole does not bind to (octaethylporphinato)iron(IIL) chloride in the presence of methanol : A resonance Raman study"J. Amer. Chem. Soc.. 116. 4107-4108 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Katahira, M.: "A Raman spectroscopic study on conformations of DNA oligomers : A dominant effect of an AA:TT sequence over those of AT:AT and TA:TA sequences on determining conformations of DNA duplexes"Nucleosides and Nucleotides. 13. 1467-1481 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Ogata,K.: "Comparison of the free and DNA-complexed forms of the DNA-binding domain from c-Myb"Nature Structural Biology. 2. 309-320 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Nagadoi, A.: "Structural comparison of the free and DNA-bound forms of the purine repressor DNA-binding domain"Structure. 3. 1217-1224 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Morikawa, S.: "Determination of the nuclear magnetic resonance solution structure of a specific DNA complex of the Myb DNA-binding domain"J. biomol. NMR. 6. 294-305 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Zheng, Z.: "Amide proton exchange rates in c-Myb DNA-binding domain"Quat. Magn. Res. in Biol. Med.. 3. 33-45 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Enari, M.: "Different apoptotic pathways mediated by Fas and the tumore-necrosis-factor receptor"Eur. J. Biochemistry. 236. 533-538 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Ogata, K.: "The Cavity in the Hydrophobic Core of c-Myb DNA-Binding Domain is Reserved for DNA Recognition and trans-Activation"Nature structural biology. 3. 178-187 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Kondo, H.: "Escherichia coli positive regulator OmpR has a large loop structure at the putative RNA polymerase interaction site"Nature structural biology. 4. 28-31 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Oda, M.: "Investigation of the pyrimidine preference by the c-Myb DNA-binding domain at the initial base of the consensus sequence"J. Biol. Chem.. 272. 17966-17971 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Izumi, Y.: "A protein kinase Cdelta-binding protein SRBC whose expression is induced by serum starvation"J. Biol. Chem.. 272. 7381-7389 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Oda, M.: "Identification of indispensable residues for specific DNA-binding in the imperfect tandem repeats of c-Myb R2R3"Protein Engineering. 10. 1407-1414 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Mogi, T.: "Substitutions of conserved aromatic amino acid residues in subunit-l perturb the metal centers of the Escherichia coli bo-type ubiquinol oxidase"Biochemistry. 37. 1632-1639 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Nishikawa, T.: "Solution structure of the DNA-binding domain of human telomeric protein, hTRf1"Structure. 6. 1057-1065 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Katahira, M.: "Two metal-binding sites in a lead ribozyme bound to competitively by Pb and Mg. Induced structural changes as revealed by NMR"Eur. J. Biochem.. 255. 727-733 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Nagadoi, A.: "Solution structure of the transactivation domain of ATF-2 comprising a zinc finger-like subdomain and a flexible subdomain"J. Mol. Biol.. 287. 595-609 (1999)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Shimizu, T.: "Crystallization and preliminary crystallographic data of vitelline membrane outer layer protein, IVMO-1"J. Mol. Biol.. 235. 793-794 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Shimizu, T.: "Crystal structure of vitelline membrane outer layer protein I (VMO-1) : a folding motif with homologous Greek key structures related by an internal three-fold symmetry"EMBO J.. 13. 1003-1010 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Ariyoshi, M.: "Preliminary crystallograhic study of Escherichia coli RuvC Protein : an endonuclease specific for Holliday junctions"J. Mol. Biol.. 241. 281-282 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Ariyoshi, M.: "Atomic structure of the RuvC resolvase : a Holliday junction-specific endonuclease from E.coli"Cell. 78. 1063-1072 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Nureki, O.: "Architectures of class-defining and specific domains of glutamyl-tRNA synthetase"SCIENCE. 267. 1958-1965 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Morikawa, K.: "Crystal structure of a pyrimidine dimer-specific excision repair enzyme from bacteriophage T4 : refinement at 1.45* and X-ray analysis of the three active site mutants"J. Mol. Biol.. 249. 360-375 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Saito, A.: "Identification of four acidic amino acids that constitute the catalytic center of the RuvC Holliday junction resolvase"Proc. Natl. Acad. Sci.. 92. 7470-7474 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Sugiyama, S.: "The 1.8A X-ray structure of the Escherichia coli PotD protein complexed with spermidine and the mechanism of polyamine binding"Protein Science. 5. 1984-1990 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Morita, E. H.: "Implications of the zinc-finger motif found in the DNA-binding domain of the human XPA protein"Genes to Cells. 1. 437-442 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Kamada, K.: "Structure of a replication-terminator protein complexed with DNA"Nature. 383. 598-603 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Kashiwagi, T.: "Proposal for new catalytic roles for tow invariantresidues in Escherichia coli ribonuclease HI"Protein Engineering. 9. 857-867 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Vassylyev, D. G.: "Precluding uracil from DNA"Structure. 4. 1381-1385 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Kashiwagi, T.: "The novel acidophilic structure of the killer toxin from halotolerant yeast demonstrates remarkable folding similarity with a fungal killer toxin"Structure. 5. 81-94 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Aritomi, M.: "Crystal structure of rat Bcl-xL"J. Biol. Chem.. 272. 27886-27892 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Nishino, T.: "Functional analyses of the domain structure in the Holliday junction binding protein RuvA"Structure. Vol.6 No.1. 11-21 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [文献書誌] Morikawa, K.: "Crystallographyic Study of Proteins involved in recombinational repair and excision repair"Prog. Nuc. Acids. Res.. (in press). (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 2001-10-23  

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