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リバース・イムノジェネティックス法を用いてHLA-B^*3501抗原によって提示される10種類のHIV-1 CTLエピトープを明らかにした。またこれらのエピトープを認識するCTLクローンを作製し、CTLエピトープの同定を試みた。10種類のHIV-1エピトープ(pol蛋白:6種類、nef蛋白:2種類、env蛋白:2種類)のうち1種類のpol蛋白上のエピトープを除く9種類のエピトープに対してCTLクローンを作製することができた。これらのCTLクローンは、ペプチド結合させた標的細胞だけでなく、対応するHIV-1蛋白遺伝子を組み込んだワクチニアウイルスを感染させた細胞を特異的に障害した。またすべてのCTLクローンは、0.1nMから10nMのペプチド濃度で50%以上の細胞障害活性を示した。このことよりこの9つのペプチドはCTLのエピトープとして認識されていることが明らかになった。これらの研究からリバース・イムノジェネティックス法はHIV-1のCTLエピトープの同定にきわめて有効であると考えられた。
さらにHLA-B^*5101とHLA-A^*2402分子によって提示されるCTLエピトープを同定するために、これらのHLAクラスI分子に結合するHIV-1およびHCV蛋白由来のそれぞれ303種類、172種類の8-merから11-merまでのペプチドを合成し、結合するペプチドを調べた。HLA-B^*5101に結合する50種類のペプチドとHLA-A^*2402分子に結合する131種類のペプチドを同定した。これらの結合ペプチドを用いてCTLエピトープの同定を現在試みている。
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