| 研究課題/領域番号 |
06680326
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
宮野 悟 九州大学, 理学部, 教授 (50128104)
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| 研究分担者 |
下園 真一 九州工業大学, 情報工学部, 助手 (70243988)
篠原 歩 九州大学, 理学部, 助教授 (00226151)
正大 隆義 九州大学, 理学部, 助教授 (50226304)
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| キーワード | 探索 / アルゴリズム / ゲノム情報 / 近似アルゴリズム / 計算量理論 |
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| 研究概要 |
平成6年度は次の課題に重点をおいて研究を行った。
1.探索問題の定式化:ゲノムデータに関する探索の諸問題を計算の問題として捉ええるための定式化を試みた。正負の例に無矛盾な正規パターンを探索する問題については、遺伝的アルゴリズムを用いることにより、効率な探索が可能であることが明らかになっている。また、アルファベットのインデックス化については、効率のよい多項式時間近似アルゴリズムとその近似率の評価に成功している。
2.探索の並列化の研究:探索の効率化として最も期待されている方法に並列化がある。1で定式化された問題は、効率の良い並列化は困難なように思われるが、まだ証明に成功していない。
3.探索方式の現実的検討:1の研究のためには、実際にゲノムデータを整理・統合する必要がある。設備備品として計上したマッキントッシュにより、ゲノムデータを整理・統合化して用いることができる環境を整備している。
上記の研究成果を考慮し、今後次のような課題に取り組む必要がある。
・探索の並列化の研究:並列探索の計算量については、問題の定式化ができた段階であり、理論的にさらに追求する必要がある。
・探索問題の定式化:個々の問題については平成6年度に定式化を行い、これらの問題については遺伝的アルゴリズムおよび近似アルゴリズムを開発したが、さらに一般的に探索問題を取り扱うときの理論的枠組の構築が不可欠である。したがって、平成7年度では、この点を理論的に追求する必要が生じている。
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