DNAデータベースを中心とする生命情報学データベースの構築に関する研究

1997 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 07041155
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (50162136)
• 研究分担者: 今西 規 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 助手 (80270461) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (80231372) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (10093288) ; 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報センター, 教授 (00202424)
• キーワード: データベース / DNA / タンパク質 / DDBJ / GenBank / 生命情報学 / EMBL

研究概要

今年度は,研究代表者の五條堀孝と各研究分担者が,以下の国々を訪問して調査研究を行った。
(1)五條堀孝,舘野義男,西川建,菅原秀明が5月に米国のベセスダにあるNCBIで開催されたDDBJ/BMBL/GenBank国際DNAデータベースの諮問委員会に出席した。それにさきだち,舘野義男,菅原秀明,小林薫,宮崎智が同じくNCBIで開催された国際DNAデータベースのデータバンク実務者会議に出席した。
(2)五條堀孝が7月に,斎藤成也が8月に,米国のシアトル,サンフランシスコ,ヒユ-ストンの研究機関を訪問し,生命情報データベースの利用について研究調査を行った。
(3)五條堀孝が3月にフランスのパリにある研究機関を訪問し,DNAデータベースの利用について研究調査を行った。
(4)菅原秀明が4月と2月に,宮崎智が2月にオーストラリアのシドニーにある研究機関を訪問し,生命情報データベースの利用と構築・運営に関する実務調査を行った。
(5)宮崎智が8月にギリシャのアテネにある研究機関を,舘野義男が12月と2月に英国のケンブリッジ近郊にあるEBIを,今西規が3月に米国のNCBIをそれぞれ訪れ,DNAデータベースの構築・運営に関する実務調査を行った。
以上の研究調査から得られた情報は,それぞれDDBJの日常業務である,塩基配列データベースを中心とする様々な生命情報データベースの構築と運営を改善発展するために用いられた。

研究成果

• [文献書誌] Futatsuki T.: "Efficient Computation of Sequence Analysis in a Vector-Parallel Computer for the Study of Molecular Evolution" Universal Academy Press,Tokyo. 264-265 (1997)
• [文献書誌] Gojobori T.: "International DNA databanking activities at the National Institute of Genetics" Japanese Science Monthly. 50. 352-367 (1997)
• [文献書誌] Kurihara T.: "Molecular evolution of myelin proteolipid protein" Biochemical and Biophysical Research Communications. 237. 559-561 (1997)
• [文献書誌] Gready J.E.: "Predicted structure of the extracellular region of Ligand-gated ion-channel receptors shows SH2-like and SH3-like domains forming the ligand binding site." Prot.Sci.6. 983-998 (1997)
• [文献書誌] Ito M.: "Prediction of protein secondary structure using the 3D-1D compatibility algorithm." CABIOS. 13. 415-423 (1997)
• [文献書誌] Sanokawa R.: "Is structural flexibility of antigen-binding loops involved in the affinity maturation of anti-DNA antibodies?" Intenational Immunology. 9. 771-777 (1997)
• [文献書誌] Mizokami M.: "Constrained evolution with respect to gene overlap of Hepatitis B virus" J.Mol.Evol.44・1. S83-S90 (1997)
• [文献書誌] Mizuki N.: "Major histocompatibility complex class II allelles in Kazak and Han populations in the Silk Route of northwestern China" Tissue Antigents. 50. 527-534 (1997)
• [文献書誌] Tateno Y.: "DNA Data Bank of Japan in the age of information biology" Nucl.Acids Res.25. 14-17 (1997)
• [文献書誌] Tateno Y.: "Genome biology and DNA data bank." Protein,Nucleic Acid and Enzyme. 42. 3052-3061 (1997)
• [文献書誌] Tateno Y.: "Evolutionary motif and its biological and structural significance" J.Mol.Evol.44・1. S38-S43 (1997)
• [文献書誌] Saitou N.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4. 399-411 (1997)
• [文献書誌] 斉藤 成也: "遺伝子は35億年の夢を見る-バクテリアから人間の進化まで-" 大和書房,東京, 229 (1997)
• [文献書誌] 斉藤 成也: "環太平洋人類集団の過去と未来.福田一郎・劉剛編著,「文明と遺伝」" 勉誠社.東京, 310 (1997)