HIVとC型肝炎ウイルスの分子進化機構の解明

1996 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 07404043
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)
• 研究分担者: 溝上 雅史 名古屋市立大学, 医学部, 助手 (40166038) ; 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424)
• キーワード: HIV / C型肝炎ウイルス / 分子進化 / B型肝炎ウイルス / GBウイルス / 系統樹 / サブタイプ / 塩基置換

研究概要

本研究は、HIVおよびHCVの専用データベースを構築することであり、また、必要に応じて、それらのウイルスゲノムや遺伝子の塩基配列を自ら決定することである。本年度は、HCVデータベースの作成に成功した。これは、HCV遺伝子の配列データだけでなく、分子系統樹も自動的に作成できる画期的なシステムである。インタフェースはJAVAで書かれ、非常に取扱が簡単になっている。基本的には、インターネット上にWeb Siteとして置かれ、すでに稼働している。
また、平成9年3月7日に京都国際会館で開催された国際HCVシンポジウムにおいて、このHCVデータベースの一部をCD-ROM化し、「HCV Database」として約700人(日本人200人、外国人500人程度)の研究者に配布した。このCD-ROM化に要する費用を本研究費で計上していなかったため、一部厚生省の非A非B肝炎ウイルス研究班より援助を得た。この業績に対して、国際的にも高い評価を浴びた。また、特に溝上雅史グループが主導しているHCV遺伝子の配列決定実験が順調に進行しており、研究代表者もそれを支援することを含めて、当初予定していなかったレブコ超低温槽をはじめとするいくつかの実験関係の備品を購入した。また、HCVに進化的に非常に近いHGV(G型肝炎ウイルス)が世界各地で単離されており、それにもこの研究の対象を拡げる必要があることを確認した。HIVデータベースの構築も順調であるが、臨床データの取扱に工夫を要するため、さらに研究を続行している。

研究成果

• [文献書誌] Ohba,K.: "Evolutionary relationship of hepatitis C,pesti-,flavi-,plantviruses,and newly discovered GB hepatitis agents." FEBS Lett.378. 232-234 (1996)
• [文献書誌] Endo,T.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mol.Biol.Evol.13・5. 685-690 (1996)
• [文献書誌] Shiga,H.: "Identification of multiple HIV-1 cytotoxic T-cell epitopes presented by human leukocyte antigen B35 molecules." AIDS. 10. 1075-1083 (1996)
• [文献書誌] Tateno,Y.: "DNA data bank of Japan in the age of information biology." Nucl.Acids Res.25・1. 14-17 (1997)
• [文献書誌] Gojobori,T.: "Bio Japan '96'" Japan Bioindustry Association,Japan Health Sciences Foundation,Society for Techno-innovation of Agriculature,Forestry and Fisheries, 548 (1996)
• [文献書誌] Koike,T.: "Proceeding of the seventh workshop on Genome Informatics 1996,Tokyo" Universal Academy Press, 284 (1996)