HIVとC型肝炎ウイルスの分子進化機構の解明

1997 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 07404043
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)
• 研究分担者: 池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (20249949) ; 溝上 雅史 名古屋市立大学, 医学部, 講師 (40166038) ; 館野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424)
• キーワード: HIV / C型肝炎ウイルス / 分子進化 / B型肝炎ウイルス / GBウイルス / 系統樹 / サブタイプ / 塩基置換

研究概要

本研究はHIV(ヒト免疫不全ウイルス)やHCV(C型肝炎ウイルス)の専用データベースを構築し、塩基配列データから分子系統樹を作成するとともに、これらの病原性ウイルスの分子進化を明らかにすることを目的とした。研究協力者とともに、HIVとHCVのデータベースのプロトタイプは本年度に完成した。特に、HCVデータベースの国際的評価は非常に高く、1997年8月にはアメリカ合衆国ニューメキシコ州で開催されたワークショップに招待を受け、HCVの国際的データベースとして我々の研究グループが一括して今後とも管理していくことが認可された。又、サブタイプの分類にしても分子系統樹を基に行うことが合意された。研究内容にはHIVやHCVとHBV(B型肝炎ウイルス)や新しく発見されたGBウイルスをその塩基配列パターンや塩基置換速度を比較し、それぞれの特徴を抽出することに成功した。さらに宿主内進化を解析する方法を確立した。このように本年度における研究目的はほぼ達成された。

研究成果

• [文献書誌] Yamaguchi,Y.: "Evolutionary mechanisms and population dynamics of the third variable envelope region of HIV within single hosts." Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.94. 1264-1269 (1997)
• [文献書誌] Okamoto,Y.: "Father-to-mother-to-infant transmission of HIV-1:clonally transmitted isolate of infant mutates more rapidly than that of the mother and rapidly loses reactivity with neutralizing antibody." Microbiol Immunol.41. 131-138 (1997)
• [文献書誌] Mizokami,M: "Constrained evolution of hepatitis B virus with overlapping genes." J.Mol.Evol.44. 83-90 (1997)
• [文献書誌] Suzuki,Y.: "The origin and evolution of ebola and marburg viruses." Mol.Biol.Evol.14. 800-806 (1997)
• [文献書誌] Tenzen,T.: "Precise switching of DNA replication timing in the GC content transition area in the human Major Histocompatibility Complex." Mol.and Celular Biology. 17. 4043-4050 (1997)
• [文献書誌] Nakamura,Y.: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases." Nucl.Acids Res.25. 244-245 (1997)