1996 年度実績報告書

分子進化学的方法論に基づく遺伝子機能予測法の開発

研究課題

研究課題/領域番号	07504009
応募区分	試験
研究機関	国立遺伝学研究所
研究代表者	五條堀孝国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)
研究分担者	内藤公敏富士通第6システム統括部, 第4システム課, 課長今西規国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (80270461) たて野義男国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424) 池村淑道国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475) 宮田隆京都大学, 理学部, 教授 (20022692)
キーワード	分子進化 / 遺伝子機能予測 / 機能的ドメイン / 分子系統樹 / セリンプロテアーゼ / MHC / 塩基配列 / シーケンシング
研究概要	本年度における研究実績は次の通りである。(1)予定していた配列モチーフデータベースはほぼ完成した。特に、DNA配列の急激な増加に対応するため、このデータベースの自動更新システムを構築するのに苦労した。しかし、それも稼働するようになり、配列モチーフデータベースもルーチン的に最新のものを作成することが可能となった。ただし、更新に要する計算時間がたとえスーパーコンピュータを利用しても、あまり軽減しないことが今後の課題である。(2)配列モチーフ抽出に不足しているDNA配列を自ら決定できる実験システムをこのグループで確立するため、そのテストケースとして、マウスやハゼ等を用いてミトコンドリアDNA抽出実験を行った。特に、未知の生物主のDNA配列を決定する際には、慎重にまずクローニングをした方がよいということがわかった。このため、急遽、購入を予定していたPCRシステムに変えて、DNAクローニングシステムを購入した。このこともあって、マウスとマハゼのミトコンドリアDNAの抽出とDNAクローニングに成功した。これらの実績をもとに、機能未知タンパク質の機能推定を神経系や筋肉系のアセチルコリンレセプターのサブユニットをはじめ、生物機能上重要と考えられるタンパク質に的を絞って研究を続行している。

研究成果
(9件)

すべてその他

すべて文献書誌 (9件)

[文献書誌] Perriere,G.: "NRSub : a non-redundant database for Bacillus subtilis." Nucl.Acids Res.24・1. 41-45 (1996)
[文献書誌] Ohba,K.: "Evolutionary relationship of hepatitis C,pesti-,flavi-,plantviruses,and newly discovered GB hepatitis agents." FEBS Lett.378. 232-234 (1996)
[文献書誌] Endo,T.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mol.Biol.Evol.13・5. 685-690 (1996)
[文献書誌] Fumihito A.: "Monophyletic origin and unique dispersal Patterns of domestic fowls." Proc.Natl.Acad.Sci.93・13. 6792-6795 (1996)
[文献書誌] Shiga,H.: "Identification of multiple HIV-1 cytotoxic T-cell epitopes presented by human leukocyte antigen B35molecules." AIDS. 10. 1075-1083 (1996)
[文献書誌] Gojobori,T.: "DNA database and its applications to the study of molecular evolution." Bio Japan′96.355-359 (1996)
[文献書誌] Imanishi,T.: "Diversity in human MHC genes among ethnic groups worldwide. In ; Etnnoepidemiology of Cancer." Gann Monograph on Cancer Research. 44. 89-96 (1996)
[文献書誌] Koike,T.: "Development of new DDBJ DNA sequence database with data annotation tool Yamato II." Proceeding of the seventh workshop on Genome Informatics 1996. 7. 157-165 (1996)
[文献書誌] Taniguchi,Y.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mammalian Genome. 7. 906-908 (1996)

1996 年度 実績報告書

分子進化学的方法論に基づく遺伝子機能予測法の開発

研究代表者

五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)

研究成果

[文献書誌] Perriere,G.: "NRSub : a non-redundant database for Bacillus subtilis." Nucl.Acids Res.24・1. 41-45 (1996)

[文献書誌] Ohba,K.: "Evolutionary relationship of hepatitis C,pesti-,flavi-,plantviruses,and newly discovered GB hepatitis agents." FEBS Lett.378. 232-234 (1996)

[文献書誌] Endo,T.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mol.Biol.Evol.13・5. 685-690 (1996)

[文献書誌] Fumihito A.: "Monophyletic origin and unique dispersal Patterns of domestic fowls." Proc.Natl.Acad.Sci.93・13. 6792-6795 (1996)

[文献書誌] Shiga,H.: "Identification of multiple HIV-1 cytotoxic T-cell epitopes presented by human leukocyte antigen B35molecules." AIDS. 10. 1075-1083 (1996)

[文献書誌] Gojobori,T.: "DNA database and its applications to the study of molecular evolution." Bio Japan′96.355-359 (1996)

[文献書誌] Imanishi,T.: "Diversity in human MHC genes among ethnic groups worldwide. In ; Etnnoepidemiology of Cancer." Gann Monograph on Cancer Research. 44. 89-96 (1996)

[文献書誌] Koike,T.: "Development of new DDBJ DNA sequence database with data annotation tool Yamato II." Proceeding of the seventh workshop on Genome Informatics 1996. 7. 157-165 (1996)

[文献書誌] Taniguchi,Y.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mammalian Genome. 7. 906-908 (1996)

1996 年度実績報告書

五條堀孝国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)