1995 年度実績報告書

遺伝子系統樹・種系統樹データベースの開発

研究課題

研究課題/領域番号	07554046
研究種目	試験研究(B)
研究機関	国立遺伝学研究所
研究代表者	斎藤成也国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)
研究分担者	伊藤元巳千葉大学, 理学部, 助教授 (00193524) 田村浩一郎東京都立大学, 理学部, 助手 (00254144) 今西規国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (80270461)
キーワード	分子進化 / 分子系統樹 / 生物分類 / Tree View / Dendro Maker
研究概要	分子系統樹データの収集と入力:斎藤データ収集を効率的に行うため,対象とする生物を特定せずに,分子進化の2雑誌(Molecular Phylogenetics and Evolution&Molecular Biology and Evolution)が創刊されてから現在までに発表された全論文から,前者から204件,後者から670件の系統樹を抜き出してスキャナーで読み込み,系統樹描画ソフトウェア用の準備ファイルを作成した。系統樹描画ソフトウェアの開発:田村準備段階で開発済みであった,MS-DOS環境で作動する′TreeView′をプロトタイプにして,新たにWindows環境で作動するWindows版の′TreView′を開発した。Windows版では,MS-DOS版で実現していた樹形の編集等の機能に加え,枝の幅やフォントの設定,市販の図形描画ソフトウェアに読み込み可能なメタファイルの出力,複数系統樹の同時読み込み等の新しい機能も追加した。さらに,全ての機能をマウスによって簡単に操作できるようにし,系統樹データベースをより使いやすいものにするための改良を行った。分子系統樹データの収集と入力:今西 Nature,Science,PNASのうち,Natureの1990-1995年分は系統樹データ133件のpick upが終了している。それらは文献情報と画像情報をパソコンの入力済みである。また,系統樹ファイルのフォーマット変換のためのソフトを開発した。このソフトにより,DendroMaker formatとNew Hampshire formatの相互変換を実現している。植物系統樹データの収集と入力:伊藤主に植物関係の系統樹データの収集と入力を行った.対象としたjournalは以下の4雑誌である.Americal Journal of Botany,Journal of Plant Research(Botanical Magazin Tokyo),Evolution,Systematic Botany。約200個の系統樹の入力を行った。

研究成果

(7件)

すべてその他

すべて文献書誌 (7件)

[文献書誌] Ishida N.et al.: "Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equus with a special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii's wild horse and domestic horse" Journal of Molecular Evolution. 41. 180-188 (1996)
[文献書誌] Oota H.et al.: "A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences." American Journal of Physical Anthropology. 98. 133-145 (1995)
[文献書誌] Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus." Molecular Phylogenetics and Evolution. 5(印刷中). (1996)
[文献書誌] Kashiwase K.et al.: "A new HLA-A9 subtype lacking the Bw4 epitope:Ancestral or revertant allele?" Human Immunology. 42. 221-226 (1995)
[文献書誌] Shiina T.et al.: "Isolation and characterization of cDNA clones for Japanese quail(Coturnix japonica)major histocompatibility complex(MhcCoja)class I molecules." Immunogenetics. 42. 13-216 (1995)
[文献書誌] OOta S.et al.: "ICLP'95 Workshop on Parallel Logic Programming Chikawama T.et al.eds.28HD01:1995" Department of Electronic Engineering,University of Tokyo, 72
[文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.ed.,Methods in Enzymology,Vol.226," Academic Press,Inc.,Orlando(印刷中), (1996)

1995 年度 実績報告書

遺伝子系統樹・種系統樹データベースの開発

研究代表者

斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)

研究成果

[文献書誌] Ishida N.et al.: "Mitochondrial DNA sequences of various species of the genus Equus with a special reference to the phylogenetic relationship between Przewalskii's wild horse and domestic horse" Journal of Molecular Evolution. 41. 180-188 (1996)

[文献書誌] Oota H.et al.: "A genetic study of 2,000-year-old human remains from Japan using mitochondrial DNA sequences." American Journal of Physical Anthropology. 98. 133-145 (1995)

[文献書誌] Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus." Molecular Phylogenetics and Evolution. 5(印刷中). (1996)

[文献書誌] Kashiwase K.et al.: "A new HLA-A9 subtype lacking the Bw4 epitope:Ancestral or revertant allele?" Human Immunology. 42. 221-226 (1995)

[文献書誌] Shiina T.et al.: "Isolation and characterization of cDNA clones for Japanese quail(Coturnix japonica)major histocompatibility complex(MhcCoja)class I molecules." Immunogenetics. 42. 13-216 (1995)

[文献書誌] OOta S.et al.: "ICLP'95 Workshop on Parallel Logic Programming Chikawama T.et al.eds.28HD01:1995" Department of Electronic Engineering,University of Tokyo, 72

[文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.ed.,Methods in Enzymology,Vol.226," Academic Press,Inc.,Orlando(印刷中), (1996)

1995 年度実績報告書

斎藤成也国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)