1996 年度実績報告書

遺伝子系統樹・種系統樹データベースの開発

研究課題

研究課題/領域番号	07554046
応募区分	試験
研究機関	国立遺伝学研究所
研究代表者	斎藤成也国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)
研究分担者	伊藤元己千葉大学, 理学部, 助教授 (00193524) 田村浩一郎東京都立大学, 理学部, 助手 (00254144) 今西規国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (80270461)
キーワード	分子進化 / 分子系統樹 / 生物分類 / Tree View / Dendro Maker
研究概要	本年度は,各自が担当雑誌に発表された分子系統樹の収集と入力を集中的に行った。斎藤成也は,前年度に入力を開始した分子進化の2雑誌(Molecular Phylogenetics and Evolution,Molecular Biology and Evolution)の創刊号から最新号まのすべての系統樹を収集し,スキャナーで読みこんだほか,新たにJournal of Molecular Evolutionの入力を開始した。田村浩一郎は,遺伝学雑誌,Genetics,Zoological Scienceに発表された分子系統樹の収集と入力を,1980年以降発行のものについて行った。今西規は,NatureとScienceの1990年以降発行のものについて系統樹の収集と入力を行った。伊藤元己はAmerican Journal of Botany,Journal of Plant Research,Evolution,Systematic Botanyに1980年以降に発行された系統樹の収集と入力を行った。これらのデータはすべてスキャナーで画像とりこみを行い,論文タイトル,巻号頁,著者名を入力して,HTML化し,WWWで見れるようにした。こうして作成しつつある分子系統樹データベースの名称を“Jungle"と命名した。現在これらのデータベースは,各自の持つワークステーションやパソコンに分散して置かれているが,来年度中に斎藤成也が本科研費で購入したワークステーション(S4/20L)に移して集中管理する予定である。なお,今西と伊藤はテキスト検索のためツールを準備した。また,JungleのホームページURLは,http://smiler.lab.nig.ac.jp/jungle/jungle.htmlである。

研究成果

(8件)

すべてその他

すべて文献書誌 (8件)

[文献書誌] Saitou N.and Yamamoto F.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4(印刷中). (1997)
[文献書誌] Ogasawara K.et al.: "Extensive polymorphism of ABO blood group gene : 1. Three major lineages of the alleles for the common ABO phenotypes" Human Genetics. 97. 777-783 (1996)
[文献書誌] Ogasawara K.et al.: "Molecular genetic analysis of the variant phenotypes of ABO blood group system" Blood. 88・7. 2732-2737 (1996)
[文献書誌] Sumiyama K.et al.: "Evolution of class III POU genes : amplification of characteristic amino acid residues by G+C pressure in mammals" Journal of Molecular Evolution. 43・3. 170-178 (1996)
[文献書誌] Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus" Molecular Phylogenetics and Evolution. 5・3. 548-556 (1996)
[文献書誌] Kitano T.et al.: "The phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers" Genes and Genetic Systems. 72(印刷中). (1997)
[文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.(ed.),Methods in Enzymology,Vol.266" Academic Press,Inc.,Orlando, 736 (1996)
[文献書誌] Saitou N.: "Molecular Biology and Human Diversity" Cambridge University Press,Cambridge, 305 (1996)

1996 年度 実績報告書

遺伝子系統樹・種系統樹データベースの開発

研究代表者

斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)

研究成果

[文献書誌] Saitou N.and Yamamoto F.: "Evolution of primate ABO blood group genes and their homologous genes" Molecular Biology and Evolution. 14・4(印刷中). (1997)

[文献書誌] Ogasawara K.et al.: "Extensive polymorphism of ABO blood group gene : 1. Three major lineages of the alleles for the common ABO phenotypes" Human Genetics. 97. 777-783 (1996)

[文献書誌] Ogasawara K.et al.: "Molecular genetic analysis of the variant phenotypes of ABO blood group system" Blood. 88・7. 2732-2737 (1996)

[文献書誌] Sumiyama K.et al.: "Evolution of class III POU genes : amplification of characteristic amino acid residues by G+C pressure in mammals" Journal of Molecular Evolution. 43・3. 170-178 (1996)

[文献書誌] Ohtsuka H.et al.: "The presence/absence polymorphism and evolution of p53 pseudogene within the genus Mus" Molecular Phylogenetics and Evolution. 5・3. 548-556 (1996)

[文献書誌] Kitano T.et al.: "The phylogenetic relationship of the genus Oncorhynchus species inferred from nuclear and mitochondrial markers" Genes and Genetic Systems. 72(印刷中). (1997)

[文献書誌] Saitou N.: "Doolittle R.(ed.),Methods in Enzymology,Vol.266" Academic Press,Inc.,Orlando, 736 (1996)

[文献書誌] Saitou N.: "Molecular Biology and Human Diversity" Cambridge University Press,Cambridge, 305 (1996)

1996 年度実績報告書

斎藤成也国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587)